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万見
- PDB-8dnj: Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound with AstraZ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dnj
タイトルCrystal structure of human KRAS G12C covalently bound with AstraZeneca WO2020/178282A1 compound 76
要素Isoform 2B of GTPase KRas
キーワードSIGNALING PROTEIN / Inhibitor / GTPase
機能・相同性small monomeric GTPase / Ca2+ pathway / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-U4U / Isoform 2B of GTPase KRas
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Mohr, C.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Comput.Aided Mol.Des. / 年: 2022
タイトル: Modeling receptor flexibility in the structure-based design of KRAS G12C inhibitors.
著者: Zhu, K. / Li, C. / Wu, K.Y. / Mohr, C. / Li, X. / Lanman, B.
履歴
登録2022年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 2B of GTPase KRas
B: Isoform 2B of GTPase KRas
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,09112
ポリマ－63,4023
非ポリマー2,6899
水3,585199
1
A: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0304
ポリマ－21,1341
非ポリマー8963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0304
ポリマ－21,1341
非ポリマー8963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Isoform 2B of GTPase KRas
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0304
ポリマ－21,1341
非ポリマー8963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.594, 112.162, 57.821
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Isoform 2B of GTPase KRas / K-Ras 2 / Ki-Ras / c-K-ras / c-Ki-ras


分子量: 21133.867 Da / 分子数: 3 / 変異: C51S,C80L,C118S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: G12C variant / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KRAS, KRAS2, RASK2 / Variant: VAR_006839 G12C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01116-2, small monomeric GTPase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-U4U / 1-[(5S,9P,12aR)-9-(2-chloro-6-hydroxyphenyl)-8-ethynyl-10-fluoro-3,4,12,12a-tetrahydro-6H-pyrazino[2,1-c][1,4]benzoxazepin-2(1H)-yl]propan-1-one


分子量: 428.884 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClFN2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.001M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.5, 30% PEG 4000, 10% Ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→112.11 Å / Num. obs: 43236 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.948 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 1.81→1.84 Å / 冗長度: 5.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1996 / CC1/2: 0.564 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSv3データ収集
DIALSv1.14.13データ削減
xia2v0.5.092データスケーリング
PHASERv2.8.3位相決定
REFMACv5.8.0267精密化
Cootv0.8.9.1モデル構築
PDB_EXTRACTv3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6OIM

6oim


解像度: 1.81→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU B: 7.927 / SU ML: 0.214 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2889 2186 5.1 %RANDOM
Rwork0.2392 ---
obs0.2418 40836 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.31 Å2 / Biso mean: 25.834 Å2 / Biso min: 12.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.32 Å20 Å2-0.21 Å2
2---2.2 Å2-0 Å2
3---3.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.81→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4034 0 177 199 4410
Biso mean--21.04 29 -
残基数----506
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0134316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0153980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.7165826
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1341.6129091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5925505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.57122.489237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.62615751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2931531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024770
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02953
LS精密化 シェル解像度: 1.81→1.857 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 155 -
Rwork0.361 2960 -
all-3115 -
obs--97.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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