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- PDB-8dn7: The crystal structure of the Pisum sativum Toc75 POTRA domains in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dn7
タイトルThe crystal structure of the Pisum sativum Toc75 POTRA domains in complex with fab ax9
要素
  • Protein TOC75, chloroplastic
  • fabax9 Heavy Chain
  • fabax9 Light Chain
キーワードMembrane Protein/Immune System / Membrane Protein / Chloroplast / Membrane Protein-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast outer membrane / protein-transporting ATPase activity / intracellular protein transport
類似検索 - 分子機能
Chloroplast envelope protein translocase, IAP75 / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TOC75, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (マメ科)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Srinivasan, K. / Noinaj, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM127896-01 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Characterization of synthetic antigen binding fragments targeting Toc75 for the isolation of TOC in A. thaliana and P. sativum.
著者: Srinivasan, K. / Erramilli, S.K. / Chakravarthy, S. / Gonzalez, A. / Kossiakoff, A. / Noinaj, N.
履歴
登録2022年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Protein TOC75, chloroplastic
C: Protein TOC75, chloroplastic
D: fabax9 Heavy Chain
A: fabax9 Heavy Chain
B: fabax9 Light Chain
H: fabax9 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,1806
ポリマ－171,1806
非ポリマー00
水7,602422
1
E: Protein TOC75, chloroplastic
D: fabax9 Heavy Chain
H: fabax9 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5903
ポリマ－85,5903
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6380 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24820 Å2
手法PISA
2
C: Protein TOC75, chloroplastic
A: fabax9 Heavy Chain
B: fabax9 Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,5903
ポリマ－85,5903
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.212, 43.430, 169.606
Angle α, β, γ (deg.)94.200, 94.210, 104.440
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 194 or resid 196 through 231))
21(chain D and (resid 5 through 132 or (resid 133...
12(chain B and (resid 3 through 10 or resid 12 or resid 14 through 158 or resid 160 through 216))
22(chain H and (resid 3 through 10 or resid 12...
13(chain C and (resid 114 or (resid 115 and (name...
23(chain E and resid 114 through 228)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111VALVALLEULEU(chain A and (resid 5 through 194 or resid 196 through 231))AD5 - 1945 - 194
121SERSERSERSER(chain A and (resid 5 through 194 or resid 196 through 231))AD196 - 231196 - 231
211VALVALTHRTHR(chain D and (resid 5 through 132 or (resid 133...DC5 - 1325 - 132
221LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 5 through 132 or (resid 133...DC133133
231VALVALCYSCYS(chain D and (resid 5 through 132 or (resid 133...DC5 - 2325 - 232
241VALVALCYSCYS(chain D and (resid 5 through 132 or (resid 133...DC5 - 2325 - 232
251VALVALCYSCYS(chain D and (resid 5 through 132 or (resid 133...DC5 - 2325 - 232
261VALVALCYSCYS(chain D and (resid 5 through 132 or (resid 133...DC5 - 2325 - 232
112ILEILESERSER(chain B and (resid 3 through 10 or resid 12 or resid 14 through 158 or resid 160 through 216))BE3 - 103 - 10
122LEULEULEULEU(chain B and (resid 3 through 10 or resid 12 or resid 14 through 158 or resid 160 through 216))BE1212
132ALAALAGLNGLN(chain B and (resid 3 through 10 or resid 12 or resid 14 through 158 or resid 160 through 216))BE14 - 15814 - 158
142GLYGLYGLUGLU(chain B and (resid 3 through 10 or resid 12 or resid 14 through 158 or resid 160 through 216))BE160 - 216160 - 216
212ILEILESERSER(chain H and (resid 3 through 10 or resid 12...HF3 - 103 - 10
222LEULEULEULEU(chain H and (resid 3 through 10 or resid 12...HF1212
232ALAALAALAALA(chain H and (resid 3 through 10 or resid 12...HF14 - 2614 - 26
242SERSERGLNGLN(chain H and (resid 3 through 10 or resid 12...HF27 - 2827 - 28
252ILEILECYSCYS(chain H and (resid 3 through 10 or resid 12...HF3 - 2173 - 217
262ILEILECYSCYS(chain H and (resid 3 through 10 or resid 12...HF3 - 2173 - 217
272ILEILECYSCYS(chain H and (resid 3 through 10 or resid 12...HF3 - 2173 - 217
113ALAALAALAALA(chain C and (resid 114 or (resid 115 and (name...CB114115
123ASPASPASPASP(chain C and (resid 114 or (resid 115 and (name...CB115116
133ALAALALYSLYS(chain C and (resid 114 or (resid 115 and (name...CB114 - 231115 - 232
143ALAALALYSLYS(chain C and (resid 114 or (resid 115 and (name...CB114 - 231115 - 232
153ALAALALYSLYS(chain C and (resid 114 or (resid 115 and (name...CB114 - 231115 - 232
163ALAALALYSLYS(chain C and (resid 114 or (resid 115 and (name...CB114 - 231115 - 232
173ALAALALYSLYS(chain C and (resid 114 or (resid 115 and (name...CB114 - 231115 - 232
213ALAALAASPASP(chain E and resid 114 through 228)EA114 - 228115 - 229

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Protein TOC75, chloroplastic / 75 kDa chloroplast outer envelope protein / 75 kDa translocon at the outer-envelope membrane of ...75 kDa chloroplast outer envelope protein / 75 kDa translocon at the outer-envelope membrane of chloroplasts / Import intermediate-associated protein of 75 kDa


分子量: 35527.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: TOC75, IAP75, OEP75 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q43715
#2: 抗体 fabax9 Heavy Chain


分子量: 26466.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 fabax9 Light Chain


分子量: 23596.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 422 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Sodium Hepes pH 7, 18% PEG 12,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 69080 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rpim(I) all: 0.082 / Rrim(I) all: 0.148 / Net I/σ(I): 11.58
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Num. unique obs: 7224 / CC1/2: 0.275 / CC star: 0.657 / Rpim(I) all: 0.668 / % possible all: 88.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.20_4459精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BJZ, 5UAY

5bjz

5uay


解像度: 2→41.66 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 1953 2.83 %
Rwork0.2109 66963 -
obs0.2122 68916 85.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.5 Å2 / Biso mean: 41.3612 Å2 / Biso min: 12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→41.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8460 0 0 422 8882
Biso mean---39.64 -
残基数----1106
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1893X-RAY DIFFRACTION12.88TORSIONAL
12D1893X-RAY DIFFRACTION12.88TORSIONAL
21B1853X-RAY DIFFRACTION12.88TORSIONAL
22H1853X-RAY DIFFRACTION12.88TORSIONAL
31C1027X-RAY DIFFRACTION12.88TORSIONAL
32E1027X-RAY DIFFRACTION12.88TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.050.33281450.32084848499385
2.05-2.10.32831260.30164845497188
2.1-2.160.30951550.28264846500185
2.16-2.230.29491110.26454487459881
2.23-2.310.32151430.27374549469281
2.31-2.410.31441410.25465093523490
2.41-2.510.29591450.25094941508689
2.51-2.650.31531540.25184903505788
2.65-2.810.34561550.24614803495886
2.81-3.030.26491360.23264654479083
3.03-3.340.27191270.21944341446877
3.34-3.820.24511500.1874720487085
3.82-4.810.18411300.15284841497186
4.81-41.660.20271350.16385092522791
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0847-0.0432-0.0540.02280.02950.02240.05270.054-0.00880.06830.0398-0.08130.3034-0.20730.00010.2818-0.046-0.06340.40090.02340.3161-45.1322-7.372429.3872
20.03040.0184-0.02050.0242-0.05070.0379-0.10130.48490.0885-0.09490.2489-0.1247-0.08190.0977-0.03830.1478-0.040.1260.9203-0.02810.3894-26.9929-10.560715.6431
30.19260.16370.15520.2580.08740.412-0.1316-0.0764-0.119-0.14760.14480.1559-0.20420.5290.03050.2480.0794-0.05030.54730.00740.2251-32.6744-11.990525.904
40.1084-0.0632-0.24220.2316-0.04360.775-0.1186-0.08920.0789-0.1848-0.53690.64060.23260.0165-0.05170.14470.078-0.04180.4179-0.23120.4912-54.2471-6.279226.8748
50.1342-0.01420.31090.1095-0.02860.28190.05960.1459-0.046-0.3333-0.33450.3484-0.22250.2672-0.04590.33980.0599-0.08750.2765-0.08770.2994-46.08651.397422.9118
60.04030.00550.02520.0195-0.00580.06720.1865-0.2752-0.08890.1339-0.02120.2324-0.0312-0.0314-00.38330.007-0.02990.3135-0.01410.2343-40.5359-0.115427.0283
70.126-0.0371-0.01290.0272-0.00690.149-0.27830.1617-0.4045-0.03130.3502-0.2336-0.22120.0144-0.00020.30430.0711-0.0180.2362-0.03090.3207-19.7802-20.04-124.9982
80.0260.0007-0.01270.0048-0.00110.01010.1191-0.0051-0.054-0.0229-0.02390.01380.0776-0.114-0.00010.96480.07720.20660.7727-0.15420.8176-21.6833-8.719-114.4065
90.18260.0513-0.1760.0702-0.12920.3696-0.1306-0.18350.27820.4077-0.26980.3593-0.54060.1054-0.00970.62210.0559-0.01490.275-0.02010.4125-36.7881-7.2916-106.6475
100.03280.03290.00070.1992-0.12510.13730.26590.31830.14850.005-0.08090.0289-0.3697-0.41490.06010.29720.15410.00030.31070.04050.2886-34.3644-12.8776-119.1115
110.17090.0056-0.17720.02770.00280.0374-0.08940.2064-0.06960.22480.17410.12880.19050.22970.00030.28440.04760.01950.28720.05820.3037-16.9535-30.0891-123.1594
12-0.01110.0054-0.05530.3760.07971.037-0.0183-0.5346-0.307-0.03010.6421-0.241-0.04970.64390.94220.05270.2605-0.1230.39840.21240.2437-10.4145-26.334-117.4791
130.1871-0.29220.21740.4999-0.28460.2581-0.18920.3970.21490.02640.0594-0.0458-0.0888-0.0781-00.2543-0.0083-0.06210.24110.0110.2734-14.7022-19.4047-121.4495
140.53620.5438-0.48040.69060.5691.0543-0.0254-0.1435-0.01580.11390.0149-0.0091-0.0228-0.2034-0.00090.12430.02390.00760.22090.02060.2371-49.7619-27.71316.7502
15-0.1018-0.213-0.09370.6962-0.41371.5492-0.04410.01650.12380.0897-0.01390.00630.42370.0269-0.31570.0905-0.0260.03910.2154-0.02010.1738-44.6295-30.3036-2.9698
160.8294-0.11160.11950.87480.42080.45290.10730.30120.22880.3893-0.3808-0.24910.9656-0.3305-0.42470.6362-0.11850.020.122-0.09030.1513-45.54-47.2883-20.0115
170.62710.627-0.5550.71170.23351.11090.08610.02620.0045-0.0507-0.02560.09560.12520.1038-0.00360.19520.05040.01510.1468-0.03280.2716-40.6747-35.2134-102.1654
180.50330.02840.3183-0.1710.33360.9229-0.05730.1240.08860.04050.012-0.01950.1808-0.1196-0.1740.21770.03630.05490.032-0.03680.2425-43.6287-30.0418-93.8858
190.5860.0274-0.81870.5185-0.31870.5831-0.44820.08740.21320.03170.1948-0.07430.2518-0.6136-0.10430.2882-0.10030.02490.4208-0.03840.2283-60.3526-35.4014-75.5046
200.67360.0507-0.8560.4512-0.60271.93590.3941-0.3403-0.06150.2852-0.6492-0.2801-1.03720.9565-0.1080.1891-0.2138-0.01070.47790.04090.2955-30.8708-18.3434-80.8326
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280.15490.2527-0.1050.3630.03160.11080.0344-0.2068-0.0840.3130.1831-0.13980.21810.30160.02420.3129-0.13050.0270.66480.01590.2161-52.8276-32.7243-54.1881
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310.13190.03450.19030.5299-0.20050.3812-0.151-0.1342-0.3049-0.34260.202-0.02230.0020.47910.05820.0974-0.05940.01390.3511-0.0190.2329-30.8817-22.7884-3.2183
320.1931-0.0127-0.08440.4960.28460.1542-0.0357-0.48670.2256-0.0345-0.27040.0967-0.78960.1888-0.25320.4074-0.84540.1308-0.796-0.00050.3225-31.1599-10.0218-5.6615
330.25370.00320.1983-0.00010.02330.13320.0981-0.06560.041-0.12860.2449-0.1199-0.53210.66470.03320.1686-0.08160.04650.2437-0.04180.2533-33.7029-20.9457-10.214
34-0.02680.09240.07010.08920.12460.1763-0.2821-0.07930.1733-0.1085-0.1065-0.0148-0.2355-0.4791-0.00010.33990.0184-0.04760.1538-0.02590.2716-44.9653-13.86334.4867
350.1537-0.08290.01660.0358-0.02970.1188-0.03110.05090.0136-0.13230.04670.0771-0.04950.33670.00730.3844-0.09610.04790.23170.00070.2055-36.8337-30.2014-28.2261
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380.23930.24540.07540.16030.10380.1540.06350.07350.4323-0.1077-0.38690.451-0.0875-0.2166-0.01040.47280.0982-0.13460.3355-0.110.3196-55.298-34.7467-34.7823
390.02440.01460.00790.00990.0071-0.00120.3321-0.3766-0.32790.48040.0417-0.06870.77010.1581-0.00010.40520.0460.05330.21690.02880.2625-35.0717-31.6651-22.4907
400.1668-0.2190.02590.25060.0118-0.037-0.2437-0.25820.359-0.3774-0.22410.20570.3532-0.6194-0.05390.4186-0.1445-0.05270.5159-0.08890.2407-58.166-43.4173-35.0194
410.376-0.2358-0.26610.15270.17380.22610.01930.1627-0.061-0.2723-0.0643-0.0026-0.1913-0.3371-0.03140.6847-0.0467-0.02780.29390.02820.2314-46.3372-39.3578-40.8753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resid 113 through 121 )E113 - 121
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resid 122 through 138 )E122 - 138
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'E' and (resid 139 through 166 )E139 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'E' and (resid 167 through 184 )E167 - 184
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 185 through 218 )E185 - 218
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 219 through 228 )E219 - 228
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 114 through 126 )C114 - 126
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 127 through 131 )C127 - 131
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 132 through 138 )C132 - 138
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 139 through 159 )C139 - 159
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 160 through 184 )C160 - 184
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 185 through 202 )C185 - 202
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 203 through 231 )C203 - 231
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 5 through 102 )D5 - 102
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 103 through 150 )D103 - 150
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 151 through 232 )D151 - 232
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 4 through 94 )A4 - 94
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 95 through 150 )A95 - 150
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 151 through 231 )A151 - 231
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 3 through 19 )B3 - 19
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 20 through 62 )B20 - 62
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 63 through 76 )B63 - 76
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 77 through 104 )B77 - 104
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'B' and (resid 105 through 116 )B105 - 116
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'B' and (resid 117 through 140 )B117 - 140
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'B' and (resid 141 through 158 )B141 - 158
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'B' and (resid 159 through 200 )B159 - 200
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'B' and (resid 201 through 216 )B201 - 216
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'H' and (resid 3 through 19 )H3 - 19
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'H' and (resid 20 through 39 )H20 - 39
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'H' and (resid 40 through 62 )H40 - 62
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 63 through 76 )H63 - 76
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 77 through 92 )H77 - 92
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 93 through 104 )H93 - 104
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 105 through 121 )H105 - 121
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 122 through 140 )H122 - 140
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'H' and (resid 141 through 153 )H141 - 153
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'H' and (resid 154 through 166 )H154 - 166
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'H' and (resid 167 through 177 )H167 - 177
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'H' and (resid 178 through 193 )H178 - 193
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 194 through 217 )H194 - 217

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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