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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dn0 | ||||||
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タイトル | E.coli DsbA in complex with N-(2-fluorophenyl)-5-methylisoxazole-3-carboxamide | ||||||
要素 | Thiol:disulfide interchange protein DsbA | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / Inhibitor / complex / disulfide oxidoreductase / fragments / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to antibiotic / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / outer membrane-bounded periplasmic space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.57 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, G. / Heras, B. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: E.coli DsbA in complex with N-(2-fluorophenyl)-5-methylisoxazole-3-carboxamide 著者: Wang, G. / Heras, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dn0.cif.gz | 177.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dn0.ent.gz | 138.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dn0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8dn0_validation.pdf.gz | 988.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8dn0_full_validation.pdf.gz | 991.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8dn0_validation.xml.gz | 21.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8dn0_validation.cif.gz | 32.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/8dn0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1fvkS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 21155.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: dsbA, dsf, ppfA, b3860, JW3832 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEG4 |
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-非ポリマー , 5種, 498分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 化合物 | ChemComp-CU / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.34 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 11-13% PEG 8000, 5-7.5% glycerol, 1 mM copper(II) chloride, 100 mM sodium cacodylate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.26→53.54 Å / Num. obs: 119812 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 15.95 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.133 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 442863 / Scaling rejects: 184 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1FVK 解像度: 1.57→37.326 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 19.6 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 76.02 Å2 / Biso mean: 23.1402 Å2 / Biso min: 7.57 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.57→37.326 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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