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- PDB-8dmh: Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with n... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dmh
タイトルLymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody M28
要素
  • (18.5C-M28 Fab ...) x 2
  • (Glycoprotein ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Viral glycoprotein / arenavirus / LCMV / GP / antibody / neutralization / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


corrinoid adenosyltransferase activity / host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / ATP binding ...corrinoid adenosyltransferase activity / host cell Golgi membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / host cell endoplasmic reticulum membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Arenavirus glycoprotein, zinc binding domain / Arenavirus glycoprotein / Arenavirus glycoprotein / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-glycoprotein polyprotein GP complex / Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Moon-Walker, A. / Hastie, K.M. / Zyla, D.S. / Saphire, E.O.
資金援助 米国, スイス, 9件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI 142790 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 A1132244 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI14125 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R21AI137809 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31-AI154700 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32-AI125179 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI145815 米国
Swiss National Science FoundationP2EZP3_195680 スイス
Swiss National Science FoundationP500PB_210992 スイス
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2023
タイトル: Structural basis for antibody-mediated neutralization of lymphocytic choriomeningitis virus.
著者: Alex Moon-Walker / Zeli Zhang / Dawid S Zyla / Tierra K Buck / Haoyang Li / Ruben Diaz Avalos / Sharon L Schendel / Kathryn M Hastie / Shane Crotty / Erica Ollmann Saphire /
要旨: The mammarenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) is a globally distributed zoonotic pathogen that can be lethal in immunocompromised patients and can cause severe birth defects if ...The mammarenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV) is a globally distributed zoonotic pathogen that can be lethal in immunocompromised patients and can cause severe birth defects if acquired during pregnancy. The structure of the trimeric surface glycoprotein, essential for entry, vaccine design, and antibody neutralization, remains unknown. Here, we present the cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the LCMV surface glycoprotein (GP) in its trimeric pre-fusion assembly both alone and in complex with a rationally engineered monoclonal neutralizing antibody termed 18.5C-M28 (M28). Additionally, we show that passive administration of M28, either as a prophylactic or therapeutic, protects mice from LCMV clone 13 (LCMV) challenge. Our study illuminates not only the overall structural organization of LCMV GP and the mechanism for its inhibition by M28 but also presents a promising therapeutic candidate to prevent severe or fatal disease in individuals who are at risk of infection by a virus that poses a threat worldwide.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein G1
E: 18.5C-M28 Fab Light Chain
F: 18.5C-M28 Fab Heavy Chain
a: Glycoprotein G2,Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein trimerization tag
B: Glycoprotein G1
G: 18.5C-M28 Fab Light Chain
H: 18.5C-M28 Fab Heavy Chain
b: Glycoprotein G2,Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein trimerization tag
C: Glycoprotein G1
I: 18.5C-M28 Fab Light Chain
J: 18.5C-M28 Fab Heavy Chain
c: Glycoprotein G2,Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein trimerization tag
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)353,26936
ポリマ－343,81612
非ポリマー9,45324
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, Assembly of the complex was confirmed by negative stain EM and cryoEM.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Glycoprotein ... , 2種, 6分子 ABCabc

#1: タンパク質 Glycoprotein G1


分子量: 25521.160 Da / 分子数: 3 / 変異: G207C, L264R, A265R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
株: Clone 13 / 遺伝子: GPC, GP-C, Segment S
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P09991
#4: タンパク質 Glycoprotein G2,Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein trimerization tag / GP2


分子量: 42166.777 Da / 分子数: 3 / 変異: E334P,G366C,S398A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lymphocytic choriomeningitis virus (ウイルス)
株: Clone 13 / 遺伝子: GPC, GP-C, Segment S, Ta1434
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P09991, UniProt: Q9HIA7

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抗体 , 2種, 6分子 EGIFHJ

#2: 抗体 18.5C-M28 Fab Light Chain


分子量: 23306.834 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 18.5C-M28 Fab Heavy Chain


分子量: 23610.715 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

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糖 , 3種, 24分子

#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Lymphocytic choriomeningitis virus glycoprotein in complex with neutralizing antibody M28COMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2GlycoproteinCOMPLEX#1, #41RECOMBINANT
318.5C-M28 Fab Light Chain, 18.5C-M28 Fab Heavy ChainCOMPLEX#2-#31RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Lymphocytic choriomeningitis mammarenavirus (ウイルス)11623
23Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)7227
23Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)10029
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_4916 / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_4916 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 34783 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 42.79 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003214580
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.583919722
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04472277
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00392421
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.89661881

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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