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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dme | ||||||
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タイトル | CYP102A1 in Open Conformation | ||||||
![]() | Bifunctional cytochrome P450/NADPH--P450 reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / cytochrome P450 electron transfer protein dynamic CYP102A1 | ||||||
機能・相同性 | ![]() NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding ...NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / unspecific monooxygenase / aromatase activity / metabolic process / response to hormone / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / iron ion binding / heme binding / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å | ||||||
![]() | Su, M. / Xu, H. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Insight into the conformational dynamics of cytochrome P450 CYP102A1 enzyme using Cryo-EM 著者: Su, M. / Xu, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 428.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 336.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 84.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 117.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 27534MC ![]() 8dmgC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 116541.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 14581 / DSM 32 / CCUG 1817 / JCM 2506 / NBRC 15308 / NCIMB 9376 / NCTC 10342 / NRRL B-14308 / VKM B-512 / Ford 19 遺伝子: cyp102A1, cyp102, BG04_163 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P14779, unspecific monooxygenase, NADPH-hemoprotein reductase |
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-非ポリマー , 6種, 18分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/1C6.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/1C6.gif)
![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/FAD.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 化合物 | ChemComp-PG4 / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: CYP102A1 / タイプ: COMPLEX / 詳細: BM3 CYP102A / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.24 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: Fresh prepare sodium phosphate (50mM) + potassium chloride (150mM), pH7.4 and filter with 0.22um filters. |
緩衝液成分 | 濃度: 50 mM / 名称: sodium phosphate + potassium chloride / 式: K2HPO4-KH2PO4-KCL |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The CYP102A1 sample purify and concentrated to 5mg/ml. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 15 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 204254 / 対称性のタイプ: POINT |