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- PDB-8dmb: Structure of Desulfovirgula thermocuniculi IsrB (DtIsrB) in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dmb
タイトルStructure of Desulfovirgula thermocuniculi IsrB (DtIsrB) in complex with omega RNA and target DNA
要素
  • Ubiquitin-like protein SMT3,IsrB protein,monomeric superfolder Green Fluorescent Protein
  • non-target DNA
  • omega RNA
  • target DNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA / Endonuclease / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex / Transposon / CRISPR / IS200/IS605
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / SUMO is proteolytically processed / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of transcription cofactors / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / septin ring / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / SUMOylation of DNA replication proteins / SUMOylation of SUMOylation proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / ubiquitin-like protein ligase binding / protein sumoylation / condensed nuclear chromosome / protein tag activity / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Ubiquitin-like protein SMT3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Desulfovirgula thermocuniculi (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Seiichi, H. / Kappel, K. / Zhang, F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the OMEGA nickase IsrB in complex with ωRNA and target DNA.
著者: Seiichi Hirano / Kalli Kappel / Han Altae-Tran / Guilhem Faure / Max E Wilkinson / Soumya Kannan / F Esra Demircioglu / Rui Yan / Momoko Shiozaki / Zhiheng Yu / Kira S Makarova / Eugene V ...著者: Seiichi Hirano / Kalli Kappel / Han Altae-Tran / Guilhem Faure / Max E Wilkinson / Soumya Kannan / F Esra Demircioglu / Rui Yan / Momoko Shiozaki / Zhiheng Yu / Kira S Makarova / Eugene V Koonin / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: RNA-guided systems, such as CRISPR-Cas, combine programmable substrate recognition with enzymatic function, a combination that has been used advantageously to develop powerful molecular technologies. ...RNA-guided systems, such as CRISPR-Cas, combine programmable substrate recognition with enzymatic function, a combination that has been used advantageously to develop powerful molecular technologies. Structural studies of these systems have illuminated how the RNA and protein jointly recognize and cleave their substrates, guiding rational engineering for further technology development. Recent work identified a new class of RNA-guided systems, termed OMEGA, which include IscB, the likely ancestor of Cas9, and the nickase IsrB, a homologue of IscB lacking the HNH nuclease domain. IsrB consists of only around 350 amino acids, but its small size is counterbalanced by a relatively large RNA guide (roughly 300-nt ωRNA). Here, we report the cryogenic-electron microscopy structure of Desulfovirgula thermocuniculi IsrB (DtIsrB) in complex with its cognate ωRNA and a target DNA. We find the overall structure of the IsrB protein shares a common scaffold with Cas9. In contrast to Cas9, however, which uses a recognition (REC) lobe to facilitate target selection, IsrB relies on its ωRNA, part of which forms an intricate ternary structure positioned analogously to REC. Structural analyses of IsrB and its ωRNA as well as comparisons to other RNA-guided systems highlight the functional interplay between protein and RNA, advancing our understanding of the biology and evolution of these diverse systems.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02022年10月19日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年6月4日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年6月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
P: Ubiquitin-like protein SMT3,IsrB protein,monomeric superfolder Green Fluorescent Protein
W: omega RNA
X: target DNA
Y: non-target DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,5466
ポリマ－188,4974
非ポリマー492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SDS-PAGE analysis, Denatured-PAGE analysis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like protein SMT3,IsrB protein,monomeric superfolder Green Fluorescent Protein


分子量: 84080.859 Da / 分子数: 1 / 変異: H584L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母), (組換発現) Desulfovirgula thermocuniculi (バクテリア), (組換発現) synthetic construct (人工物)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SMT3, YDR510W, D9719.15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12306
#2: RNA鎖 omega RNA


分子量: 91748.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Desulfovirgula thermocuniculi (バクテリア)
#3: DNA鎖 target DNA


分子量: 9593.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 non-target DNA


分子量: 3075.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN
配列の詳細Chimeric construct consisting of initiating methionine (residue -149) followed by an expression tag ...Chimeric construct consisting of initiating methionine (residue -149) followed by an expression tag from -148 to -99, followed by protein SMT3 (-98 to -1), then a linker resdiue (0), then IsrB protein (residues 1 to 353), a linker from residues 354 to 355, and then msfGFP from 356 to 591. Residue 584 (in the msfGFP) was mutated from His to Leu during cloning.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: DtIsrB-wRNA-tgDNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 1.2 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 58188 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0059239
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.90413808
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.8524251
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0511722
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.014751

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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