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- PDB-8dlc: Crystal structure of chalcone-isomerase like protein from Vitis v... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dlc
タイトルCrystal structure of chalcone-isomerase like protein from Vitis vinifera (VvCHIL)
要素Chalcone-flavonone isomerase family protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Chalcone isomerase-fold
機能・相同性Chalcone--flavonone isomerase 3-like / intramolecular lyase activity / Chalcone-flavanone isomerase / Chalcone isomerase, orthogonal bundle domain superfamily / Chalcone isomerase, 3-layer sandwich / Chalcone isomerase / Chalcone isomerase superfamily / Chalcone-flavonone isomerase family protein
機能・相同性情報
生物種Vitis vinifera (ブドウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wolf Saxon, E. / Moorman, C. / Castro, A. / Ruiz, A. / Mallari, J.P. / Burke, J.R.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Regulatory ligand binding in plant chalcone isomerase-like (CHIL) proteins.
著者: Wolf-Saxon, E.R. / Moorman, C.C. / Castro, A. / Ruiz-Rivera, A. / Mallari, J.P. / Burke, J.R.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chalcone-flavonone isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0411
ポリマ－24,0411
非ポリマー00
水2,540141
1
A: Chalcone-flavonone isomerase family protein

A: Chalcone-flavonone isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0832
ポリマ－48,0832
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area1360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.420, 49.420, 170.851
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-400-

HOH

詳細The dimer observed crystallographically has not been proven to represent the true biological inter-subunit interaction; however, it has been shown that the protein is dimeric.

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要素

#1: タンパク質 Chalcone-flavonone isomerase family protein


分子量: 24041.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vitis vinifera (ブドウ) / 遺伝子: CHI3_0, CK203_016634 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A438J2L0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.85 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 200 mM potassium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→42.8 Å / Num. obs: 19994 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 15.8 % / Biso Wilson estimate: 22.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2818 / Rpim(I) all: 0.439

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
Cootモデル構築
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4dok

4dok


解像度: 1.9→42.8 Å / SU ML: 0.2683 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.9878
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 1982 10.01 %
Rwork0.2011 17818 -
obs0.2047 19800 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 0 141 1777
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01091700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10352304
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0082294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6526633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.950.48781380.50251189X-RAY DIFFRACTION97.07
1.95-20.27381360.25281259X-RAY DIFFRACTION100
2-2.060.22411410.21061277X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.130.2761390.23231226X-RAY DIFFRACTION99.93
2.13-2.20.20491360.19211264X-RAY DIFFRACTION100
2.2-2.290.41321290.30821192X-RAY DIFFRACTION93.89
2.29-2.390.21471410.181256X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.520.22991460.19371281X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.680.2111430.19781266X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.880.25441430.19641274X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.170.2161440.1841282X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.630.21321460.17161312X-RAY DIFFRACTION99.73
3.63-4.580.18021450.15261315X-RAY DIFFRACTION99.79
4.58-42.80.23211550.19441425X-RAY DIFFRACTION99.87
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 23.9152614717 Å / Origin y: -13.7142768208 Å / Origin z: 12.5134712215 Å
111213212223313233
T0.156147027679 Å20.00316426947134 Å20.00579988198479 Å2-0.134635278383 Å2-0.00570960490585 Å2--0.150813996248 Å2
L1.04006872096 °20.209476266215 °20.363934960785 °2-1.41948471242 °2-0.358491331476 °2--1.26634010829 °2
S-0.0142484522808 Å °-0.0200041802699 Å °0.0138171415185 Å °0.0484622382112 Å °0.0162208661259 Å °0.00630122437373 Å °-0.00576400923117 Å °0.0160150183043 Å °-0.00211410003604 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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