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- PDB-8dla: ClpP2 from Chlamydia trachomatis bound by MAS1-12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dla
タイトルClpP2 from Chlamydia trachomatis bound by MAS1-12
要素ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / Protease / Chlamydia trachomatis / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...ClpP, Ser active site / Endopeptidase Clp serine active site. / ClpP, histidine active site / Endopeptidase Clp histidine active site. / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Clp protease proteolytic subunit /Translocation-enhancing protein TepA / Clp protease / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UER / ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Azadmanesh, J. / Struble, L.R. / Seleem, M.A. / Ouellette, S. / Conda-Sheridan, M. / Borgstahl, G.E.O.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1P20GM121316-01A1 米国
Department of Defense (DOD, United States)PRMRP#PR172445 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)5P30CA036727-33 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: The structure of caseinolytic protease subunit ClpP2 reveals a functional model of the caseinolytic protease system from Chlamydia trachomatis.
著者: Azadmanesh, J. / Seleem, M.A. / Struble, L. / Wood, N.A. / Fisher, D.J. / Lovelace, J.J. / Artigues, A. / Fenton, A.W. / Borgstahl, G.E.O. / Ouellette, S.P. / Conda-Sheridan, M.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
H: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
I: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
J: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
K: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
L: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
M: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
N: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,49232
ポリマ－309,00114
非ポリマー3,49218
水8,467470
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.000, 98.010, 97.970
Angle α, β, γ (deg.)97.160, 114.150, 114.160
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
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d_14ens_1(chain "N" and (resid 2 through 10 or resid 12...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
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NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
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2given(0.982589662505, 0.184975530524, -0.0173668721045), (-0.101725320202, 0.613862685844, 0.78283111982), (0.155465476454, -0.767435115196, 0.62199182438)5.40787073853, -15.1999993784, -20.2845225529
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8given(-0.912146261805, -0.298512731955, -0.28085467049), (-0.304871217404, 0.036165549155, 0.951706674272), (-0.273939295965, 0.953720190578, -0.123996210469)87.3449883699, -21.1064375808, 50.2185449221
9given(-0.982715705127, -0.182765518807, 0.0294382069966), (-0.18298556844, 0.934933376569, -0.303999774867), (0.0280379143032, -0.304132120158, -0.952217164753)88.7525931954, 11.8200135759, 19.1164895814
10given(0.943561087625, -0.0333046448231, 0.329519763524), (0.315602784419, -0.211297856551, -0.92506653722), (0.100435832184, 0.976854142874, -0.1888613967)-2.85897173185, -30.0026326364, 33.6723165335
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12given(-0.980583190411, 0.100953993773, -0.168121675654), (0.0959992130168, -0.50044357161, -0.860430347404), (-0.170999291763, -0.859863083738, 0.481035050117)97.9405155105, -26.7308958122, -4.55123716487
13given(0.90759030027, 0.144427470945, 0.394234134104), (0.306577179742, -0.869512620621, -0.387244413055), (0.286862823868, 0.472322462114, -0.833439387157)2.06578057205, -51.4449324897, 22.7275643108

-
要素

#1: タンパク質
ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit 2 / Endopeptidase Clp 2


分子量: 22071.467 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
遺伝子: clpP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3KKY8, endopeptidase Clp
#2: 化合物
ChemComp-UER / 1-{4-[(4-chlorophenyl)methyl]piperazin-1-yl}-2-methyl-2-[5-(trifluoromethyl)pyridine-2-sulfonyl]propan-1-one


分子量: 489.939 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H23ClF3N3O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 470 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 46.6% v/v pH 7.0 TacsimateTM (Hampton Research) and 0.5 mM polyoxotungstate [TeW6O24]6- (TEW) (Jena Biosciences)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→33.09 Å / Num. obs: 63377 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 1.9 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 2.66→2.86 Å / Num. unique obs: 3388 / CC1/2: 0.556

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JCT

4jct


解像度: 2.66→33.09 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 57.82 / 位相誤差: 20.9041
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 2184 3.45 %
Rwork0.1735 61193 -
obs0.1749 63377 78.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→33.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21588 0 224 470 22282
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005522092
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.161429844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05343500
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01443784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.91513096
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.70713333517
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.47182428169
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.49359023231
ens_1d_5AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.59477177613
ens_1d_6AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.57181545219
ens_1d_7AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.84737793178
ens_1d_8AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.65809820204
ens_1d_9AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.7161509009
ens_1d_10AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.65721240318
ens_1d_11AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.44233474506
ens_1d_12AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.44021494084
ens_1d_13AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.47756951091
ens_1d_14AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.45630861371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.720.2792140.2792448X-RAY DIFFRACTION8.19
2.72-2.790.3685250.2517934X-RAY DIFFRACTION17.43
2.79-2.860.297510.23381916X-RAY DIFFRACTION35.63
2.86-2.950.28071240.20623289X-RAY DIFFRACTION60.59
2.95-3.040.22411510.19714509X-RAY DIFFRACTION83.83
3.04-3.150.25691660.19784950X-RAY DIFFRACTION91.8
3.15-3.280.24861800.1924942X-RAY DIFFRACTION91.88
3.28-3.430.24051460.17585041X-RAY DIFFRACTION92.77
3.43-3.610.21361710.17324971X-RAY DIFFRACTION92.59
3.61-3.830.21791540.16135044X-RAY DIFFRACTION93.1
3.83-4.130.20121720.15855015X-RAY DIFFRACTION93.01
4.13-4.540.16731620.14345036X-RAY DIFFRACTION93.52
4.54-5.20.17611710.15345100X-RAY DIFFRACTION93.8
5.2-6.540.18831620.19855078X-RAY DIFFRACTION93.98
6.54-33.090.1951840.17365071X-RAY DIFFRACTION94.06
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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20.6580222695260.2506971687640.05093645264471.607192515110.06825943335760.999860311712-0.06169527779040.123513380941-0.168586443945-0.3314192313730.1877452581690.216631616875-0.0944482090075-0.2746773150850.02510475488880.132420102324-0.00794088242508-0.03476624104640.2794352025040.09119418253390.24398673300920.566794753-1.7881729184527.5146250948
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60.650723887016-0.118041920257-0.1052396983280.3350034111520.02795820948990.515509851815-0.130092631496-0.08544957517180.152202307874-0.0713648109205-0.01201698541210.2634913013470.0600322852172-0.214703416734-0.2575416700350.0370087950743-0.150417005203-0.2296195639920.39695702665-0.1707191057640.23888464165433.0011885742-38.2197899048-16.0023793244
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90.8365671242920.5856553291710.7761590251.97989181818-0.3700194559292.21255696516-0.05054563207970.04303365282810.092038443014-0.00524949135825-0.148846720057-0.08754605930080.1093452043880.1832908099440.04006869724950.120036077482-0.0006112103256240.04320839158340.2911094817650.01639843206770.22136697694273.5001887422-28.5255303121-10.9489287977
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111.029495752930.0999474023258-0.599386951241.999596921740.1025962919821.460015010260.125186755137-0.0158203196998-0.06026896235830.0905519576549-0.1518493643810.176523582023-0.0540425625663-0.1135557472160.03809393749430.1477971712830.0325325759246-0.05269911533580.203086843939-0.06805678287380.20738910671430.1460066533-12.8510030748-17.0297015999
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 1 - 203 / Label seq-ID: 1 - 203

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
11(chain 'A' and resid 1 through 203)AA
22(chain 'B' and resid 1 through 203)BC
33(chain 'C' and resid 1 through 203)CE
44(chain 'D' and resid 1 through 203)DH
55(chain 'E' and resid 1 through 203)EJ
66(chain 'F' and resid 1 through 203)FK
77(chain 'G' and resid 1 through 203)GL
88(chain 'H' and resid 1 through 203)HO
99(chain 'I' and resid 1 through 203)IP
1010(chain 'J' and resid 1 through 203)JQ
1111(chain 'K' and resid 1 through 203)KR
1212(chain 'L' and resid 1 through 203)LS
1313(chain 'M' and resid 1 through 203)MT
1414(chain 'N' and resid 1 through 203)NV

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る