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- PDB-8dkt: Crystal Structure of Septin1 - Septin2 heterocomplex from Drosoph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dkt
タイトルCrystal Structure of Septin1 - Septin2 heterocomplex from Drosophila melanogaster
要素
  • Septin-1
  • Septin-2
キーワードCELL CYCLE / Septin
機能・相同性
機能・相同性情報


growth of a germarium-derived egg chamber / imaginal disc development / cellularization / septin complex / imaginal disc-derived wing morphogenesis / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / cell division site / cleavage furrow ...growth of a germarium-derived egg chamber / imaginal disc development / cellularization / septin complex / imaginal disc-derived wing morphogenesis / cytoskeleton-dependent cytokinesis / septin ring / regulation of exocytosis / cell division site / cleavage furrow / protein localization / spindle / microtubule cytoskeleton / synaptic vesicle / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / GTP binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Septin-1 / Septin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者de Freitas, A.F. / Leonardo, D.A. / Cavini, I.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/02897-1 ブラジル
引用ジャーナル: Cytoskeleton (Hoboken) / 年: 2023
タイトル: Conservation and divergence of the G-interfaces of Drosophila melanogaster septins.
著者: de Freitas Fernandes, A. / Leonardo, D.A. / Cavini, I.A. / Rosa, H.V.D. / Vargas, J.A. / D'Muniz Pereira, H. / Nascimento, A.S. / Garratt, R.C.
履歴
登録2022年7月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-1
B: Septin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,9265
ポリマ－63,9352
非ポリマー9913
水70339
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5700 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area22730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.577, 149.423, 155.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Septin-1 / DIFF6 protein homolog / Protein innocent bystander


分子量: 31558.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sep1, Diff6, iby, CG1403 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P42207
#2: タンパク質 Septin-2


分子量: 32377.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Sep2, CG4173 / プラスミド: pET Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P54359

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非ポリマー , 4種, 42分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.16 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol; 0.1 M MES/imidazole pH 6.5; 0.02 M of each sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium l-tartrate, sodium oxamate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→42.56 Å / Num. obs: 15075 / % possible obs: 43.2 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 57.29 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.144 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.38→2.747 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 1.548 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 9267 / CC1/2: 0.632 / Rpim(I) all: 0.459 / Rrim(I) all: 1.616 / % possible all: 6.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6UPQ

6upq


解像度: 2.38→42.56 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 750 4.98 %
Rwork0.2168 14316 -
obs0.2188 15066 43.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.89 Å2 / Biso mean: 69.4938 Å2 / Biso min: 22.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→42.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4094 0 61 39 4194
Biso mean--53.56 46.07 -
残基数----526
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.38-2.560.265290.38412152243
2.56-2.820.4586420.373375679812
2.82-3.220.3857840.32861702178626
3.22-4.060.29522450.25264817506273
4.06-42.560.22213700.188268267196100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.06161.2574-0.97130.482-1.23374.15390.09340.37330.0707-1.6808-0.12830.281-0.5858-0.15860.04551.0113-0.031-0.17360.3403-0.030.3318-24.468713.4537-29.307
22.96681.5241-0.45993.54170.09191.8561-0.10230.02040.0706-0.3741-0.0104-0.2351-0.60790.01790.060.70540.0112-0.06080.18-0.00840.2753-21.413912.8658-15.1612
35.48971.2277-0.64732.18970.09871.94140.43370.05330.33630.0575-0.16780.2848-0.5853-0.394-0.24320.97790.1547-0.20110.2745-0.02840.3993-30.5620.7384-17.5449
40.36660.00021.02872.12231.09413.4138-0.0398-0.0188-0.43220.0876-0.55331.33450.3459-1.09670.42220.5044-0.1627-0.03720.3896-0.18210.866-41.6269-14.2017-9.7652
57.23615.12260.28784.6023-0.48211.09070.04250.1523-1.59010.2725-0.2011-0.4650.6305-0.35210.14740.655-0.167-0.03370.3189-0.1430.504-33.1967-14.9967-12.2461
60.57161.61-0.28664.7347-0.33421.13340.4303-0.58740.01660.9287-0.1544-0.69610.5735-0.2429-0.15730.6656-0.2574-0.07660.4586-0.12860.772-32.2878-31.8336-12.8071
71.3034-3.0481-1.87419.22413.6912.932-0.4157-0.82510.42841.3911-0.10511.37670.6577-0.05510.44710.7562-0.28070.00970.6336-0.13860.9458-41.2199-37.0819-10.7081
81.78691.3205-0.19531.69780.0051.4873-0.18080.8479-0.4628-0.5678-0.23180.0275-0.068-0.36850.26210.3687-0.0676-0.18120.5761-0.18490.6477-35.4181-11.6533-23.7131
92.59630.145-0.7051.3496-0.92383.5458-0.56170.2864-0.4001-0.59320.0960.78060.135-1.0651-0.13330.4864-0.1254-0.3740.6711-0.21140.8554-44.4013-13.6895-30.8177
101.6127-0.1448-0.21550.01070.020.0262-0.1280.35680.0935-0.3575-0.28191.2267-0.1212-1.10710.37490.44190.1158-0.17670.9157-0.14720.9976-54.85060.6221-19.0226
111.76910.1332-0.33960.3201-0.16362.2548-0.22540.0725-0.19090.1691-0.23380.6820.6985-0.6353-0.12510.5595-0.3465-0.14530.5506-0.24141.1628-40.9055-29.1555-21.718
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 34 through 99 )A34 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 219 )A100 - 219
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 220 through 304 )A220 - 304
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 41 through 89 )B41 - 89
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 90 through 116 )B90 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 117 through 135 )B117 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 136 through 150 )B136 - 150
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 151 through 191 )B151 - 191
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 192 through 243 )B192 - 243
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 244 through 271 )B244 - 271
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 272 through 308 )B272 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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