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- PDB-8dkf: Antibody DH1030.1 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dkf
タイトルAntibody DH1030.1 Fab fragment
要素
  • DH1030.1 Heavy chain
  • DH1030.1 Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody / Fab fragment
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Gobeil, S. / Acharya, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DH1030.1 glycan reactive Ab
著者: Gobeil, S.M. / Williams, W. / Henderson, R.C. / Janowska, K. / Speakman, M. / Huang, X. / Beaudoin, E. / Martin, M. / Stalls, V. / Manne, K. / Mansouri, K. / Edwards, R.J. / Sempowski, G. / ...著者: Gobeil, S.M. / Williams, W. / Henderson, R.C. / Janowska, K. / Speakman, M. / Huang, X. / Beaudoin, E. / Martin, M. / Stalls, V. / Manne, K. / Mansouri, K. / Edwards, R.J. / Sempowski, G. / Saunders, K. / Wiehe, K. / Haynes, B.F. / Acharya, P.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_planes
Item: _pdbx_validate_planes.type
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: DH1030.1 Heavy chain
L: DH1030.1 Light chain
A: DH1030.1 Heavy chain
B: DH1030.1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9974
ポリマ－97,9974
非ポリマー00
水7,728429
1
H: DH1030.1 Heavy chain
L: DH1030.1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9992
ポリマ－48,9992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
2
A: DH1030.1 Heavy chain
B: DH1030.1 Light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9992
ポリマ－48,9992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area20090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.190, 103.120, 109.846
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: 抗体 DH1030.1 Heavy chain


分子量: 24947.818 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 DH1030.1 Light chain


分子量: 24050.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.57 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% (v/v) MPD 100 mM Sodium acetate/ Acetic acid pH 4.5 25% (w/v) PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 85926 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.7 % / Biso Wilson estimate: 29.19 Å2 / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.129 / Χ2: 3.182 / Net I/σ(I): 36.67
反射 シェル解像度: 1.79→1.83 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.846 / Mean I/σ(I) obs: 1.93 / Num. unique obs: 4207 / CC1/2: 0.93 / CC star: 0.982 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.902 / Χ2: 0.542 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6PDU

6pdu


解像度: 1.79→43.52 Å / SU ML: 0.258 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.4945
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2737 1990 2.33 %
Rwork0.2389 83478 -
obs0.2397 85468 98.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.79→43.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6796 0 0 429 7225
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00796973
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88779498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511050
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01621229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.7182975
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.79-1.840.40471220.39755402X-RAY DIFFRACTION90.19
1.84-1.890.40471480.35895956X-RAY DIFFRACTION99.46
1.89-1.940.36431380.31745968X-RAY DIFFRACTION99.66
1.94-2.010.33061480.29465946X-RAY DIFFRACTION99.62
2.01-2.080.32891400.28765995X-RAY DIFFRACTION99.66
2.08-2.160.30421410.27945983X-RAY DIFFRACTION99.56
2.16-2.260.31721420.27365991X-RAY DIFFRACTION99.45
2.26-2.380.33961420.25916010X-RAY DIFFRACTION99.64
2.38-2.530.28421480.25165992X-RAY DIFFRACTION99.59
2.53-2.720.25861400.25596022X-RAY DIFFRACTION99.39
2.72-30.32461480.24466055X-RAY DIFFRACTION99.68
3-3.430.29311390.22236039X-RAY DIFFRACTION98.75
3.43-4.320.24191500.19716020X-RAY DIFFRACTION98
4.32-43.520.19771440.2036099X-RAY DIFFRACTION95.55

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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