PDB-8dk6: Structure of hepatitis C virus envelope N-terminal truncated glyc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dk6

タイトル

Structure of hepatitis C virus envelope N-terminal truncated glycoprotein 2 (E2) (residues 456-713) from J6 genotype

要素

2A12 Fab Heavy chain
2A12 Fab light chain
Envelope glycoprotein E2

キーワード

VIRAL PROTEIN / Hepatitis C virus glycoprotein 2 (E2)

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / viral nucleocapsid ...
類似検索 - 分子機能

Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Hepatitis C virus isolate HC-J6 (C型肝炎ウイルス)

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Kumar, A. / Rohe, T. / Elrod, E.J. / Khan, A.G. / Dearborn, A.D. / Kissinger, R. / Grakoui, A. / Marcotrigiano, J.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Regions of hepatitis C virus E2 required for membrane association.
著者: Kumar, A. / Rohe, T.C. / Elrod, E.J. / Khan, A.G. / Dearborn, A.D. / Kissinger, R. / Grakoui, A. / Marcotrigiano, J.

履歴

登録	2022年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年8月30日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dk6.cif.gz	290.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dk6.ent.gz	194.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dk6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dk6_validation.pdf.gz	737.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dk6_full_validation.pdf.gz	746.1 KB	表示
XML形式データ	8dk6_validation.xml.gz	23.9 KB	表示
CIF形式データ	8dk6_validation.cif.gz	33.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/8dk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/8dk6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4webS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (33) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

E: Envelope glycoprotein E2

H: 2A12 Fab Heavy chain

L: 2A12 Fab light chain

ヘテロ分子

77.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.970, 125.540, 157.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁
Space group name Hall	P22ab(z,x,y)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質

Envelope glycoprotein E2

分子量: 29111.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Hepatitis C virus isolate HC-J6 (C型肝炎ウイルス)
Cell (発現宿主): Gnti- HEK293 produced / 細胞株 (発現宿主): Mammalian cell-line / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A2I6PIY1

#2: 抗体

2A12 Fab Heavy chain

分子量: 23462.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hyridoma / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: 抗体

2A12 Fab light chain

分子量: 24343.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hyridoma / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#4: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.87 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 8.3, Cryoprotectant used 30% Ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→48.97 Å / Num. obs: 35577 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 39.1 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.109 / R_pim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.45→2.58 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5166 / CC_1/2: 0.571 / R_pim(I) all: 0.334 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PHENIX	1.14_3260	精密化
iMOSFLM	7.0.077	データ削減
SCALA	7.0.077	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WEB

4web

解像度: 2.45→48.39 Å / SU ML: 0.2762 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.774 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2318	3268	5.04 %
R_work	0.2031	61617	-
obs	0.2046	35524	94.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4396	0	28	180	4604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0028	4549
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.6822	6221
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0446	705
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	788
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.2525	2673

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.49	0.3088	145	0.2812	2648	X-RAY DIFFRACTION	95.13
2.49-2.53	0.291	143	0.2761	2667	X-RAY DIFFRACTION	94.87
2.53-2.57	0.3312	138	0.2633	2776	X-RAY DIFFRACTION	95.14
2.57-2.61	0.2994	153	0.2662	2665	X-RAY DIFFRACTION	94.91
2.61-2.66	0.3154	138	0.2707	2665	X-RAY DIFFRACTION	94.63
2.66-2.71	0.2767	143	0.2641	2721	X-RAY DIFFRACTION	94.52
2.71-2.77	0.2302	127	0.2549	2688	X-RAY DIFFRACTION	94.78
2.77-2.83	0.2734	139	0.245	2668	X-RAY DIFFRACTION	95.06
2.83-2.89	0.2545	124	0.2301	2760	X-RAY DIFFRACTION	93.61
2.89-2.96	0.2772	149	0.2246	2583	X-RAY DIFFRACTION	92.8
2.96-3.04	0.2527	133	0.2116	2636	X-RAY DIFFRACTION	91.93
3.04-3.13	0.2683	130	0.2211	2696	X-RAY DIFFRACTION	94.96
3.13-3.23	0.2331	134	0.22	2793	X-RAY DIFFRACTION	96.12
3.23-3.35	0.228	127	0.2277	2685	X-RAY DIFFRACTION	95.94
3.35-3.48	0.292	139	0.2124	2749	X-RAY DIFFRACTION	95.03
3.48-3.64	0.251	134	0.2004	2664	X-RAY DIFFRACTION	94.53
3.64-3.83	0.2626	169	0.1886	2668	X-RAY DIFFRACTION	93.97
3.83-4.07	0.1709	134	0.1746	2660	X-RAY DIFFRACTION	92.98
4.07-4.39	0.1829	112	0.1586	2622	X-RAY DIFFRACTION	91.47
4.39-4.83	0.1573	170	0.1501	2627	X-RAY DIFFRACTION	93.3
4.83-5.53	0.1775	166	0.1575	2632	X-RAY DIFFRACTION	94.24
5.53-6.96	0.2311	178	0.2076	2708	X-RAY DIFFRACTION	95.78
6.96-48.39	0.2363	143	0.1991	2636	X-RAY DIFFRACTION	93.07

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.98701419382	-0.699771449925	0.329269328668	5.32365742061	-0.935146391827	0.906632118951	-0.062851098798	-0.125708901488	0.0717498449957	0.0731107196063	0.234674273582	-0.188760272678	0.040858795635	-0.289915118278	-0.129079696361	0.263930298285	-0.00326931053963	-0.000352872774202	0.328429928334	-0.0620109602695	0.494584347818	46.443	-9.465	34.33
2	1.49432900674	-2.97221787413	-1.00512929383	5.88983460444	2.00627413036	0.988434164245	-0.02266484079	-0.165844444938	0.238987722021	0.373713066189	-0.0494386397263	0.672113778262	0.192201331059	-0.241040929527	0.221706044211	0.266983985668	-0.0784371323528	0.0148368027055	0.425275576657	-0.0558386930857	0.676264925874	37.892	-12.218	35.476
3	3.51172843773	-2.31122399102	-1.21852514016	2.47118629374	0.213635591079	1.37457471921	-0.0891108125508	0.0732350814159	0.111733550287	0.0953737520399	0.189579242353	-0.452643343132	-0.141013747055	0.269742951403	-0.0721643496175	0.301638967342	-0.0212638063066	-0.0368993573464	0.372381429742	-0.0292855090299	0.564425940173	65.478	17.505	45.585
4	0.0910795759837	0.473468585419	0.468755040559	2.56859520574	1.20194634558	1.46459494829	0.0751509509849	0.0602511786219	-0.0567880238766	-0.0683068069488	0.0362413966333	-0.247269373522	0.0708373636704	-0.0130828817225	-0.105811343267	0.244385535015	-0.0214438052997	0.0432482314851	0.379003252354	0.00924707742315	0.586546762097	57.283	-0.319	31.139
5	3.5417241459	1.64141917728	1.4827671699	3.07591892441	1.11313569085	2.96005387369	-0.194385996357	0.569735737306	0.160968919262	-0.62837343691	0.275507813779	-0.15099071751	-0.00177707035512	0.347188525565	-0.0918741785382	0.411889805612	-0.0141264315135	0.108913330528	0.338176457791	-0.0525941900371	0.542842318797	52.796	-12.353	18.345
6	8.02744855102	2.06243632463	1.77136047748	3.57016196643	4.23567311295	5.08837329615	0.329036908829	0.493698544422	1.24864360126	0.610518629905	0.672216907313	-0.105914465034	-1.57500763276	0.211772397601	-0.921711290825	1.11303689531	-0.00523435872583	-0.0486241013012	0.638592794301	0.232072342775	0.809243438765	50.691	10.742	89.1
7	2.31002809505	0.0434919285013	0.994075421176	5.3988237424	-3.81926679409	6.90085930915	0.15459267152	-0.356163262998	-0.0366586290014	0.843130615938	0.343290413477	0.752102663707	-0.710097691196	-1.0524113654	-0.447936351369	0.565570996411	0.0976784681104	0.119013128845	0.553115217241	0.113479729961	0.584391814752	40.904	4.167	85.847
8	6.27114141373	-2.83368047306	-0.533140197976	9.08962560289	0.0377581413884	7.84743256668	0.180098071546	-0.166679660546	0.130926688847	0.601690254228	-0.08076515417	0.428574706096	-0.522590982067	-0.727177710572	-0.131386726959	0.642415675628	0.0170298838352	-0.0241163042644	0.35732902606	0.0753607870488	0.441101557352	48.908	10.697	82.696
9	7.97226265862	-3.92066426777	1.75876126861	7.84753707479	3.74723509427	4.84338214177	-0.111221758388	-0.588930974545	-1.39744103414	0.584204718578	0.054527860092	-0.669164185025	-1.08649589432	1.04730254958	0.116359685286	0.777841566737	-0.0992012792276	-0.0786282938173	0.55136495269	0.190346702862	0.759581495068	57.773	14.185	80.268
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12	1.57047486949	1.3755932518	1.33161716441	1.55785406992	1.99426682676	3.05789126166	-0.460883976566	-0.0511169045628	-0.23751513058	0.615778051575	0.464319170819	-0.254839252457	-0.0726215993945	0.192876479763	-0.111717390807	0.566161905201	0.0660275025046	-0.0530764734071	0.324742532715	0.115350709118	0.467694922857	53.275	20.502	68.776
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15	6.29135621464	1.04535506434	-0.741206877569	5.89284594502	-3.30345287858	5.38211266882	0.204552428289	0.00616959994276	0.653186400083	0.190085479327	0.190265367522	0.673118544508	-0.358548968027	-0.135790282015	-0.379384383267	0.283049404447	0.0301144043722	0.0270697977167	0.313372948997	-0.0665239413138	0.621797274208	37.964	21.317	47.591
16	0.201272092297	0.060697756896	0.168000671477	1.66297046176	0.544778252598	0.871975785622	0.00733462601239	0.0758074982261	-0.136571295574	-0.0549721710174	-0.0579755031471	0.0052910009274	0.0156484981166	-0.0239285041153	0.0480829461813	0.193275357055	-0.0312861592916	0.0318253165712	0.329496879077	-0.0236833728387	0.434717123857	44.382	2.476	36.348

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN H AND RESID 151:199 )	H	151 - 199
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN H AND RESID 200:219 )	H	200 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN L AND RESID 1:81 )	L	1 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN L AND RESID 82:155 )	L	82 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN L AND RESID 156:218 )	L	156 - 218
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN E AND RESID 491:500 )	E	491 - 500
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN E AND RESID 501:540 )	E	501 - 540
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN E AND RESID 541:562 )	E	541 - 562
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN E AND RESID 563:601 )	E	563 - 601
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN E AND RESID 602:617 )	E	602 - 617
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN E AND RESID 618:637 )	E	618 - 637
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN E AND RESID 638:652 )	E	638 - 652
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN H AND RESID 1:17 )	H	1 - 17
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN H AND RESID 18:60 )	H	18 - 60
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN H AND RESID 61:83 )	H	61 - 83
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN H AND RESID 84:150 )	H	84 - 150

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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