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Yorodumi- PDB-8dk6: Structure of hepatitis C virus envelope N-terminal truncated glyc... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8dk6 | ||||||
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Title | Structure of hepatitis C virus envelope N-terminal truncated glycoprotein 2 (E2) (residues 456-713) from J6 genotype | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN / Hepatitis C virus glycoprotein 2 (E2) | ||||||
Function / homology | Function and homology information host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / lipid droplet / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity ...host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / lipid droplet / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / viral nucleocapsid / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / symbiont entry into host cell / ribonucleoprotein complex / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Hepatitis C virus isolate HC-J6 Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Kumar, A. / Rohe, T. / Elrod, E.J. / Khan, A.G. / Dearborn, A.D. / Kissinger, R. / Grakoui, A. / Marcotrigiano, J. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2023 Title: Regions of hepatitis C virus E2 required for membrane association. Authors: Kumar, A. / Rohe, T.C. / Elrod, E.J. / Khan, A.G. / Dearborn, A.D. / Kissinger, R. / Grakoui, A. / Marcotrigiano, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8dk6.cif.gz | 290.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8dk6.ent.gz | 194.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8dk6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8dk6_validation.pdf.gz | 737.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8dk6_full_validation.pdf.gz | 746.1 KB | Display | |
Data in XML | 8dk6_validation.xml.gz | 23.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8dk6_validation.cif.gz | 33.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/8dk6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dk/8dk6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4webS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29111.113 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Hepatitis C virus isolate HC-J6 / Cell (production host): Gnti- HEK293 produced / Cell line (production host): Mammalian cell-line / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: A0A2I6PIY1 |
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#2: Antibody | Mass: 23462.875 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell (production host): Hyridoma / Production host: Homo sapiens (human) |
#3: Antibody | Mass: 24343.871 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell (production host): Hyridoma / Production host: Homo sapiens (human) |
#4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#5: Water | ChemComp-HOH / |
Has ligand of interest | N |
Has protein modification | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.14 Å3/Da / Density % sol: 60.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.3 Details: 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 20% w/v PEG 3350, pH 8.3, Cryoprotectant used 30% Ethylene glycol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 0.979 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 8, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→48.97 Å / Num. obs: 35577 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 4 % / Biso Wilson estimate: 39.1 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 8.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.58 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 5166 / CC1/2: 0.571 / Rpim(I) all: 0.334 / % possible all: 99.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4WEB Resolution: 2.45→48.39 Å / SU ML: 0.2762 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 25.774 / Stereochemistry target values: CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→48.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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