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- PDB-8dji: Ternary complex of SUMO1 with the SIM of PML and zinc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dji
タイトルTernary complex of SUMO1 with the SIM of PML and zinc
要素
  • Protein PML
  • Small ubiquitin-related modifier 1
キーワードNUCLEAR PROTEIN / SUMO1 / PML Nuclear Bodies / Zinc / auto-inhibition / Daxx
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of calcium ion transport into cytosol / ubiquitin-like protein ligase activity / negative regulation of translation in response to oxidative stress / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / suppression of viral release by host / protein localization to nuclear pore / : / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is proteolytically processed ...regulation of calcium ion transport into cytosol / ubiquitin-like protein ligase activity / negative regulation of translation in response to oxidative stress / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / negative regulation of potassium ion transmembrane transporter activity / suppression of viral release by host / protein localization to nuclear pore / : / SUMOylation of nuclear envelope proteins / SUMO is proteolytically processed / Negative regulation of activity of TFAP2 (AP-2) family transcription factors / SUMO is conjugated to E1 (UBA2:SAE1) / negative regulation of delayed rectifier potassium channel activity / PML body organization / negative regulation of DNA binding / SUMO is transferred from E1 to E2 (UBE2I, UBC9) / negative regulation of action potential / nuclear stress granule / SUMO binding / small protein activating enzyme binding / fibroblast migration / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / SMAD protein signal transduction / SUMOylation of DNA methylation proteins / SUMOylation of immune response proteins / myeloid cell differentiation / XY body / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein-containing complex localization / maintenance of protein location in nucleus / regulation of calcium ion transmembrane transport / regulation of double-strand break repair / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / Maturation of nucleoprotein / SUMOylation of RNA binding proteins / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / oncogene-induced cell senescence / Regulation of RUNX1 Expression and Activity / negative regulation of mitotic cell cycle / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / regulation of cardiac muscle cell contraction / SUMO transferase activity / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / cobalt ion binding / Maturation of nucleoprotein / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of interleukin-1 beta production / negative regulation of protein import into nucleus / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / transcription factor binding / ubiquitin-specific protease binding / entrainment of circadian clock by photoperiod / SMAD binding / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of telomere maintenance / cellular response to cadmium ion / ubiquitin-like protein ligase binding / roof of mouth development / SUMOylation of transcription factors / SUMOylation of DNA replication proteins / protein sumoylation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of signal transduction by p53 class mediator / cell fate commitment / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / postsynaptic cytosol / potassium channel regulator activity / Regulation of IFNG signaling / transporter activator activity / nuclear pore / protein targeting / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / regulation of cell adhesion / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / response to UV / retinoic acid receptor signaling pathway / presynaptic cytosol / Regulation of PTEN localization / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of defense response to virus by host / response to cytokine / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cellular response to interleukin-4 / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SUMOylation of transcription cofactors / negative regulation of angiogenesis / SUMOylation of chromatin organization proteins / cellular response to leukemia inhibitory factor / response to gamma radiation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / SUMOylation of intracellular receptors / positive regulation of protein-containing complex assembly / circadian regulation of gene expression / Formation of Incision Complex in GG-NER / protein tag activity / regulation of circadian rhythm / negative regulation of cell growth
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3583 / PML-like, coiled-coil / PML, C-terminal domain / : / ANCHR-like B-box zinc-binding domain / Small ubiquitin-related modifier 1, Ubl domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger ...Protein of unknown function DUF3583 / PML-like, coiled-coil / PML, C-terminal domain / : / ANCHR-like B-box zinc-binding domain / Small ubiquitin-related modifier 1, Ubl domain / Rad60/SUMO-like domain / Ubiquitin-2 like Rad60 SUMO-like / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PML / Small ubiquitin-related modifier 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Lussier-Price, M. / Wahba, H.M. / Mascle, X.H. / Cappadocia, L. / Bourdeau, V. / Gagnon, C. / Igelmann, S. / Sakaguchi, K. / Ferbeyre, G. / Omichinski, J.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)70439, 130414 and 166104 カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Zinc controls PML nuclear body formation through regulation of a paralog specific auto-inhibition in SUMO1.
著者: Lussier-Price, M. / Wahba, H.M. / Mascle, X.H. / Cappadocia, L. / Bourdeau, V. / Gagnon, C. / Igelmann, S. / Sakaguchi, K. / Ferbeyre, G. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2022年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small ubiquitin-related modifier 1
B: Protein PML
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2175
ポリマ－14,0202
非ポリマー1963
水1,08160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area5460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.995, 47.156, 63.777
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Small ubiquitin-related modifier 1 / SUMO-1 / GAP-modifying protein 1 / GMP1 / SMT3 homolog 3 / Sentrin / Ubiquitin-homology domain ...SUMO-1 / GAP-modifying protein 1 / GMP1 / SMT3 homolog 3 / Sentrin / Ubiquitin-homology domain protein PIC1 / Ubiquitin-like protein SMT3C / Smt3C / Ubiquitin-like protein UBL1


分子量: 11043.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUMO1, SMT3C, SMT3H3, UBL1, OK/SW-cl.43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63165
#2: タンパク質・ペプチド Protein PML / E3 SUMO-protein ligase PML / Promyelocytic leukemia protein / RING finger protein 71 / RING-type E3 ...E3 SUMO-protein ligase PML / Promyelocytic leukemia protein / RING finger protein 71 / RING-type E3 SUMO transferase PML / Tripartite motif-containing protein 19 / TRIM19


分子量: 2976.985 Da / 分子数: 1 / Fragment: SIM / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PML, MYL, PP8675, RNF71, TRIM19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P29590, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100 mM HEPES pH 7.0, 19 to 31 % (w/v) PEG 3350, and 1-5 mM zinc chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.977 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→32 Å / Num. obs: 14192 / % possible obs: 96.58 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 5.34
反射 シェル解像度: 1.97→2.044 Å / Num. unique obs: 637 / CC1/2: 0.263

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6V7P

6v7p


解像度: 1.97→32 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 1443 10.17 %
Rwork0.2308 12749 -
obs0.2336 14192 93.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 70.06 Å2 / Biso mean: 34.7233 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.97→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数734 0 3 60 797
Biso mean--44.5 38.04 -
残基数----90
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.97-2.040.3614910.347786295362
2.04-2.130.39241290.33151077120681
2.13-2.220.29441440.30051292143695
2.22-2.340.3391550.2751355151099
2.34-2.490.32571540.256613661520100
2.49-2.680.23421560.243113501506100
2.68-2.950.27151540.240913661520100
2.95-3.370.25291500.202213791529100
3.37-4.250.19761490.178113471496100
4.25-320.23611610.218813551516100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0095-0.49310.6731.33160.13710.9263-0.03430.0462-0.07120.04290.0230.03890.03830.1081-0.00010.3143-0.02710.01210.26840.00470.24360.95077.24646.7637
20.24930.12980.15360.3063-0.11030.2789-0.0221-0.0884-0.0149-0.25080.02030.1499-0.05620.1020.00540.283-0.02420.02140.3896-0.01720.3412-7.031318.09049.7802
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA19 - 93
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB7 - 29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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