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万見
- PDB-8dj8: Crystal Structure of Calgreen 1 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dj8
タイトルCrystal Structure of Calgreen 1 protein
要素Calgreen One
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Florescent Protein
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Corynactis californica (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Hung, L.-W. / Nguyen, H.B. / Waldo, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and Function of Engineered Variants of GFP-type Green Fluorescent protein from Corynactis californica (tentative)
著者: Nguyen, H.B. / Hung, L.-W. / Waldo, G.S.
履歴
登録2022年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.02024年7月10日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_conn
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.12024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calgreen One


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1031
ポリマ－25,1031
非ポリマー00
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)81.156, 81.156, 84.977
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-447-

HOH

21A-451-

HOH

31A-452-

HOH

41A-461-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Calgreen One


分子量: 25103.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynactis californica (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate, pH 5.6 20% (v/v) 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97941 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月1日
回折測定詳細: 0.50 degrees, 1.4 sec, detector distance 260.00 mm
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.09 / 数: 246296
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 19593 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.57 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/av σ(I): 26.442 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.403 / Num. unique obs: 839 / Rsym value: 0.668 / % possible all: 77
Cell measurementReflection used: 246296

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.20.4487精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A46

2a46


解像度: 2→36.62 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 19.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1978 1865 10.13 %
Rwork0.1686 16548 -
obs0.1716 18413 93.24 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.3 Å2 / Biso mean: 35.4953 Å2 / Biso min: 19.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→36.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1699 0 0 164 1863
Biso mean---41.84 -
残基数----211
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.060.27951120.2451930104270
2.06-2.120.22141170.2231113123084
2.12-2.180.23981410.20331203134489
2.18-2.260.22961310.19221235136692
2.26-2.350.22641460.18471234138092
2.35-2.460.24431340.16591279141394
2.46-2.590.1981470.16661287143496
2.59-2.750.20751510.17011321147297
2.75-2.960.20751430.17621338148198
2.96-3.260.21291540.17071370152499
3.26-3.730.14861550.155713601515100
3.73-4.70.18371630.140314011564100
4.7-36.620.19551710.17421477164899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.12770.49411.78661.9230.39893.2490.1217-0.4889-0.35950.2850.01240.00960.4510.0021-0.12790.34540.04360.0580.28910.03390.252412.739-8.9378.962
22.64970.40350.40622.0780.27762.7398-0.0587-0.0615-0.03680.04830.0391-0.0680.105-0.01760.00680.20490.02940.02090.18680.00220.218914.533-2.8761.58
33.14931.1270.88564.18891.55433.8183-0.19890.1734-0.1138-0.49180.1838-0.246-0.11870.21450.0040.1909-0.00630.02120.2031-0.0110.229120.692-1.818-6.438
42.72131.66520.55085.78380.72882.6428-0.1735-0.085-0.2660.02660.1636-0.20890.40020.2620.06420.24490.06820.03170.3163-0.04190.307524.407-4.6282.655
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 7:50 )A7 - 50
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 51:139 )A51 - 139
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 140:183 )A140 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 184:219 )A184 - 219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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