PDB-8dj2: Intramolecular ester bond-containing repeat domain from Chlamydia...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dj2

タイトル

Intramolecular ester bond-containing repeat domain from Chlamydia trachomatis adhesin

要素

Adhesin

キーワード

CELL ADHESION / adhesin repeat domain / intramolecular ester bond / Ig-like domain

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #3930 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Choksi, Z.N. / Young, P.G. / Squire, C.J.

資金援助

ニュージーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Intramolecular ester bond-containing repeat domain from Chlamydia trachomatis adhesin
著者: Choksi, Z.N. / Young, P.G. / Squire, C.J.

履歴

登録	2022年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dj2.cif.gz	168.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dj2.ent.gz	102.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8dj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dj/8dj2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adhesin

B: Adhesin

ヘテロ分子

31.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adhesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.050, 91.050, 88.752
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1001- GOL

#1: タンパク質	Adhesin 分子量: 15516.914 Da / 分子数: 2 / 断片: intramolecular ester bond containing repeat domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア) プラスミド: pPROEXT-Hta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 1.3 M sodium citrate, pH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→45.53 Å / Num. obs: 60739 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 26.6 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2798 / CC_1/2: 0.294

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: alphafold prediction

解像度: 1.5→19.945 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 7.078 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.066 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	895	1.489 %
R_work	0.1772	59227	-
all	0.178	-	-
obs	-	60122	99.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.591 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.782 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.782 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-9.563 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.945 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2050	0	21	277	2348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.012	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.016	1934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.006	1.634	2913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.384	1.562	4501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.741	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.907	10	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.088	10	305
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.858	10	82
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.045	0.2	355
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.056	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	337
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.138	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.31	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.116	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.234	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.725	3.177	1182
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.726	3.174	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.604	4.769	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.603	4.77	1471
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.146	3.569	971
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.145	3.569	972
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.091	5.176	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.09	5.177	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.338	49.35	2295
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.088	45.904	2235
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	11.691	3	4087

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.5-1.539	0.368	82	0.339	4255	0.339	4343	0.944	0.95	99.8618	0.326
1.539-1.581	0.266	57	0.314	4201	0.314	4258	0.982	0.965	100	0.292
1.581-1.626	0.333	46	0.281	4092	0.281	4139	0.944	0.974	99.9758	0.255
1.626-1.676	0.256	74	0.264	3946	0.264	4020	0.977	0.979	100	0.234
1.676-1.73	0.321	76	0.237	3826	0.238	3902	0.945	0.983	100	0.205
1.73-1.791	0.27	47	0.223	3755	0.223	3802	0.975	0.987	100	0.188
1.791-1.858	0.23	47	0.204	3596	0.204	3643	0.958	0.988	100	0.171
1.858-1.933	0.252	75	0.192	3457	0.193	3532	0.978	0.99	100	0.167
1.933-2.018	0.225	38	0.178	3361	0.178	3399	0.992	0.991	100	0.161
2.018-2.115	0.171	51	0.174	3194	0.174	3245	0.978	0.991	100	0.166
2.115-2.228	0.239	44	0.173	3035	0.174	3079	0.977	0.989	100	0.172
2.228-2.362	0.241	48	0.168	2888	0.169	2936	0.979	0.989	100	0.174
2.362-2.522	0.212	26	0.182	2759	0.182	2785	0.981	0.987	100	0.194
2.522-2.721	0.281	35	0.185	2540	0.187	2575	0.956	0.984	100	0.208
2.721-2.975	0.229	33	0.173	2370	0.174	2403	0.979	0.984	100	0.205
2.975-3.317	0.176	32	0.169	2172	0.169	2204	0.99	0.984	100	0.202
3.317-3.812	0.245	20	0.148	1934	0.149	1954	0.961	0.988	100	0.183
3.812-4.627	0.171	28	0.13	1659	0.131	1687	0.982	0.99	100	0.175
4.627-6.374	0.165	27	0.16	1327	0.16	1354	0.988	0.988	100	0.219
6.374-19.945	0.219	9	0.197	860	0.197	869	0.97	0.968	100	0.265

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)