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- PDB-8dj1: Crystal structure of NavAb V126T as a basis for the human Nav1.7 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dj1
タイトルCrystal structure of NavAb V126T as a basis for the human Nav1.7 Inherited Erythromelalgia S241T mutation
要素Ion transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Voltage-gated sodium channel Ion transport protein
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R01 NS015751 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)R35 NS111573 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL112808 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Structural basis for severe pain caused by mutations in the S4-S5 linkers of voltage-gated sodium channel Na V 1.7.
著者: Wisedchaisri, G. / Gamal El-Din, T.M. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2022年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4168
ポリマ－29,7911
非ポリマー4,6247
水724
1
A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,66332
ポリマ－119,1654
非ポリマー18,49828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-x-1,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1,x,z1
crystal symmetry operation4_545y,-x-1,z1
Buried area41450 Å2
ΔGint-250 kcal/mol
Surface area42200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.441, 123.441, 191.074
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Space group name HallI42
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z
#3: y,-x,z
#4: x,-y,-z
#5: -x,y,-z
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#11: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#12: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#13: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ion transport protein


分子量: 29791.270 Da / 分子数: 1 / 変異: V126T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aliarcobacter butzleri RM4018 (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-CPS / 3-[(3-CHOLAMIDOPROPYL)DIMETHYLAMMONIO]-1-PROPANESULFONATE / CHAPS


分子量: 614.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H58N2O7S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.86 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 / 詳細: 1.8 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Citrate pH 5.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月13日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 13526 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 60.2 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Rmerge(I) obs: 1.917 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 659 / CC1/2: 0.479 / Rpim(I) all: 0.891

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MWA

6mwa


解像度: 3.1→39.7 Å / SU ML: 0.3562 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 24.9322
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 561 4.9 %
Rwork0.2136 10898 -
obs0.2157 11459 83.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1936 0 218 4 2158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252207
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55382990
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0434357
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049332
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7415423
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.420.3399870.26091299X-RAY DIFFRACTION41.25
3.42-3.910.26431600.21623028X-RAY DIFFRACTION94.77
3.91-4.920.23381580.18773231X-RAY DIFFRACTION99.01
4.92-39.70.25881560.22763340X-RAY DIFFRACTION97.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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