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万見
- PDB-8dit: Cryo-EM structure of a HOPS core complex containing Vps33, Vps16,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dit
タイトルCryo-EM structure of a HOPS core complex containing Vps33, Vps16, and Vps18
要素
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 16
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 18
  • Vacuolar protein sorting-associated protein 33
キーワードPROTEIN TRANSPORT / HOPS / membrane tethering / SNAREs / membrane fusion / endolysosomal trafficking
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å
データ登録者Port, S.A. / Farrell, P.D. / Jeffrey, P.D. / DiMaio, F. / Hughson, F.M.
資金援助 ドイツ, 米国, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)PO2195/1-1 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM071574 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM123089 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the HOPS core complex and its implication for SNARE assembly
著者: Port, S.A. / Farrell, P.D. / Jeffrey, P.D. / DiMaio, F. / Hughson, F.M.
履歴
登録2022年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vacuolar protein sorting-associated protein 33
B: Vacuolar protein sorting-associated protein 16
C: Vacuolar protein sorting-associated protein 18


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,8523
ポリマ－279,8523
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, 1:1:1 stoichiometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 33


分子量: 77119.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / プラスミド: pQLinkH-Vps33:Vps16 / 詳細 (発現宿主): co-expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+
#2: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 16


分子量: 94204.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / プラスミド: pQLinkH-Vps33:Vps16 / 詳細 (発現宿主): co-expression plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 codon+
#3: タンパク質 Vacuolar protein sorting-associated protein 18


分子量: 108527.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / プラスミド: pQLinkN-Vps18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C43

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1HOPS core complexCOMPLEXall0RECOMBINANT
2His-Vps33:Vps16COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Vps18COMPLEX#31RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.280 MDaNO
210.171 MDaNO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Chaetomium thermophilum (菌類)209285
32Chaetomium thermophilum (菌類)209285
43Chaetomium thermophilum (菌類)209285
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株プラスミド
21Escherichia coli (大腸菌)562
32Escherichia coli (大腸菌)562BL21 codon+pQLinkH-Vps33:Vps16
43Escherichia coli (大腸菌)562C43 (DE3)pQLinkN-Vps18
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
110 mMHEPESHEPES1
2150 mMsodium chlorideNaCl1
31 mMDTTDTT1
試料濃度: 0.08 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: PELCO Easiglow, 10 mA/ 10 s discharge/ 30 s hold / グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K
詳細: Blotting parameters: 30 seconds waiting time, blotting force 1, blot total 1

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 0.03 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5.6 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3590
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 3838 / 縦: 3710 / 動画フレーム数/画像: 32 / 利用したフレーム数/画像: 1-32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2EPU画像取得
4cryoSPARC2.15.0CTF補正
10cryoSPARC2.15.0初期オイラー角割当
11cryoSPARCv2.15.0最終オイラー角割当
12cryoSPARC2.15.0分類
13cryoSPARC2.15.0３次元再構成
14RELION3.1.0３次元再構成pixel refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4092244 / 詳細: blob picker 60-280A (circular)
3次元再構成解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 154917 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 5.1 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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