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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dio | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of LARP1-DM15 from Danio rerio bound to m7GpppC | |||||||||
![]() | La ribonucleoprotein 1, translational regulator | |||||||||
![]() | RNA BINDING PROTEIN / LARP1 / DM15 | |||||||||
機能・相同性 | Chem-91P / 2-amino-7-methyl-1,7-dihydro-6H-purin-6-one / : ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Nguyen, E. / Berman, A.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Comparative analysis of the LARP1 C-terminal DM15 region through Coelomate evolution 著者: Nguyen, E. / Berman, A.J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 230.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 157.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 891.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 899.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8dhuC ![]() 5v87S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18843.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: larp1 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-91P / [[( | #3: 化合物 | ChemComp-MY6 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM HEPES, pH 7, 0 or 100 mM NaCl, 2 mM DTT |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→47.18 Å / Num. obs: 13814 / % possible obs: 91.78 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0145 / Net I/σ(I): 28.43 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 1391 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / % possible all: 93.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5V87 解像度: 2.3→47.18 Å / SU ML: 0.2395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8655 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.53 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.13743205247 Å / Origin y: 16.1561648962 Å / Origin z: -15.2470063745 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |