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- PDB-8dio: Crystal structure of LARP1-DM15 from Danio rerio bound to m7GpppC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dio
タイトルCrystal structure of LARP1-DM15 from Danio rerio bound to m7GpppC
要素La ribonucleoprotein 1, translational regulator
キーワードRNA BINDING PROTEIN / LARP1 / DM15
機能・相同性Chem-91P / 2-amino-7-methyl-1,7-dihydro-6H-purin-6-one / :
機能・相同性情報
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nguyen, E. / Berman, A.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
American Cancer Society 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2024
タイトル: Comparative analysis of the LARP1 C-terminal DM15 region through Coelomate evolution.
著者: Nguyen, E. / Sosa, J.A. / Cassidy, K.C. / Berman, A.J.
履歴
登録2022年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La ribonucleoprotein 1, translational regulator
B: La ribonucleoprotein 1, translational regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6154
ポリマ－37,6872
非ポリマー9292
水1,44180
1
A: La ribonucleoprotein 1, translational regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6072
ポリマ－18,8431
非ポリマー7631
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: La ribonucleoprotein 1, translational regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0092
ポリマ－18,8431
非ポリマー1651
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.950, 59.702, 60.381
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.307, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 La ribonucleoprotein 1, translational regulator


分子量: 18843.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: larp1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1R0U5
#2: 化合物 ChemComp-91P / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate / dinucleotide triphosphate cap analog m7GpppC


分子量: 763.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30N8O18P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MY6 / 2-amino-7-methyl-1,7-dihydro-6H-purin-6-one


分子量: 165.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H7N5O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50 mM HEPES, pH 7, 0 or 100 mM NaCl, 2 mM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.18 Å / Num. obs: 13814 / % possible obs: 91.78 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 19.43 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0145 / Net I/σ(I): 28.43
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 1391 / CC1/2: 0.998 / CC star: 1 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
AutoProcessデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V87

5v87


解像度: 2.3→47.18 Å / SU ML: 0.2395 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.8655
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2601 1375 9.96 %
Rwork0.2068 12435 -
obs0.2123 13810 91.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.53 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2498 0 61 80 2639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01242659
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.29223586
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0487342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0105457
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.0762348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.380.32261410.22891250X-RAY DIFFRACTION93.8
2.38-2.480.28221340.22541250X-RAY DIFFRACTION92.82
2.48-2.590.29021350.22081231X-RAY DIFFRACTION92.17
2.59-2.730.27131320.22851221X-RAY DIFFRACTION89.6
2.73-2.90.29991330.23841168X-RAY DIFFRACTION87.55
2.9-3.120.30311430.23081273X-RAY DIFFRACTION94.53
3.12-3.440.29111420.21071273X-RAY DIFFRACTION93.34
3.44-3.930.21271400.18361241X-RAY DIFFRACTION91.64
3.93-4.950.21261400.17241237X-RAY DIFFRACTION90.59
4.96-47.180.2521350.20871291X-RAY DIFFRACTION91.94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -3.13743205247 Å / Origin y: 16.1561648962 Å / Origin z: -15.2470063745 Å
111213212223313233
T0.148864278925 Å20.0219108961262 Å20.0531662158618 Å2-0.16752512186 Å2-0.0451218625778 Å2--0.107989263328 Å2
L2.1853079048 °2-0.848246864199 °21.67422070514 °2-2.56689831002 °2-1.39578220638 °2--2.32654394412 °2
S0.0193434930881 Å °0.36630350096 Å °0.0733889572394 Å °-0.14362994033 Å °-0.121947917986 Å °-0.0969737518353 Å °0.0292666252577 Å °0.253569097302 Å °0.0656620719558 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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