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- PDB-8dil: Crystal structure of putative nitroreductase from Salmonella enterica -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dil

タイトル

Crystal structure of putative nitroreductase from Salmonella enterica

要素

Putative NAD(P)H nitroreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / nitroreductase / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素 / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chang, C. / Skarina, T. / Mesa, N. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of putative nitroreductase from Salmonella enterica
著者: Chang, C. / Skarina, T. / Mesa, N. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2022年6月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dil.cif.gz	536.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dil.ent.gz	361.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dil.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dil_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dil_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	8dil_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	8dil_validation.cif.gz	73.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/8dil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/8dil	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3bm1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: IDP97158

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Putative NAD(P)H nitroreductase

B: Putative NAD(P)H nitroreductase

C: Putative NAD(P)H nitroreductase

D: Putative NAD(P)H nitroreductase

E: Putative NAD(P)H nitroreductase

F: Putative NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

127 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: Putative NAD(P)H nitroreductase

B: Putative NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

C: Putative NAD(P)H nitroreductase

D: Putative NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

E: Putative NAD(P)H nitroreductase

F: Putative NAD(P)H nitroreductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.588, 72.719, 172.854
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.940, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb

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要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Putative NAD(P)H nitroreductase 分子量: 20151.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌) 株: SL1344 遺伝子: ydjA, SL1344_1231, G1W50_15780, G1W53_02785, G1W54_02785, G1W56_06140, G1W59_21080, G1W62_10980, G1W63_02785, G1W64_08545, G1W67_10975, G1W72_21920, G1W73_21040, G1W84_21635, G1W85_21645, ...遺伝子: ydjA, SL1344_1231, G1W50_15780, G1W53_02785, G1W54_02785, G1W56_06140, G1W59_21080, G1W62_10980, G1W63_02785, G1W64_08545, G1W67_10975, G1W72_21920, G1W73_21040, G1W84_21635, G1W85_21645, G1W86_02465, G1W87_16195, G1W89_05570, G1W92_14510, G1X00_22250, G1X03_02785, G1X04_04115, G1X09_05880, G1X10_02785, G1X11_22300, G1X12_22270, G1X13_05880, G1X15_08330, G1X17_05880, G1X18_22295, G1X19_16140, G1X23_02770, G1X29_05880, G1X31_22115, G1X32_05465, G1X38_02785, G1X42_14510, G1X44_10725, G1X46_21425, G1X47_05450, G1X49_02785, G1X50_08005, G1X51_05880, G1X52_08550, G1X57_14905, G1X61_10985, G1X64_10730, G1X66_02785, G1X67_10730, G1X68_02785, G1X69_06145, G1X71_05885, G1X76_02785, G1X80_02785, G1X84_05470, G1X85_02785, G1X86_16255, G1X87_08025, G1X94_05450, G1X96_16260, G1X98_22215, G1X99_08560, G1Y02_05470, G1Y04_10720, G1Y11_08890 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3NAL3, 酸化還元酵素

#1: タンパク質

Putative NAD(P)H nitroreductase

分子量: 20151.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (サルモネラ菌)
株: SL1344
遺伝子: ydjA, SL1344_1231, G1W50_15780, G1W53_02785, G1W54_02785, G1W56_06140, G1W59_21080, G1W62_10980, G1W63_02785, G1W64_08545, G1W67_10975, G1W72_21920, G1W73_21040, G1W84_21635, G1W85_21645, ...
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3NAL3, 酸化還元酵素

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非ポリマー , 6種, 907分子

#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 874 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2M Lithium Citrate

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データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97926 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 95785 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 19.51 Å² / R_merge(I) obs: 0.128 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.14 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 571955

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.8-1.83	4.3	0.643	4627	0.789	0.322	0.723	0.926	94.2
1.83-1.86	4.6	0.525	4655	0.91	0.256	0.587	0.942	96.2
1.86-1.9	4.8	0.546	4679	0.857	0.264	0.609	0.946	97.5
1.9-1.94	4.7	0.481	4600	0.883	0.235	0.538	0.98	95.2
1.94-1.98	5.4	0.421	4759	0.937	0.193	0.465	0.965	98.7
1.98-2.03	5.9	0.374	4906	0.98	0.167	0.411	1.01	99.7
2.03-2.08	6	0.33	4786	0.975	0.146	0.362	0.991	99.6
2.08-2.13	6.1	0.307	4852	0.972	0.135	0.336	1.022	99.4
2.13-2.2	6.1	0.28	4811	0.974	0.122	0.307	1.029	99.3
2.2-2.27	6.2	0.238	4777	0.984	0.103	0.26	1.035	98.4
2.27-2.35	5.8	0.222	4695	0.982	0.099	0.244	1.049	96.4
2.35-2.44	6.5	0.195	4792	0.991	0.082	0.212	1.041	99.4
2.44-2.55	6.6	0.178	4847	0.99	0.075	0.193	1.042	99.8
2.55-2.69	6.6	0.155	4866	0.99	0.065	0.168	1.065	99.7
2.69-2.86	6.5	0.129	4838	0.995	0.054	0.14	1.027	99.2
2.86-3.08	6.1	0.106	4744	0.993	0.046	0.116	1.003	97.3
3.08-3.39	6.9	0.094	4874	0.996	0.038	0.101	0.982	100
3.39-3.88	6.8	0.08	4889	0.996	0.033	0.087	0.91	99.3
3.88-4.88	6.4	0.073	4825	0.997	0.03	0.079	0.833	98.1
4.88-50	6.7	0.073	4963	0.995	0.03	0.079	0.801	98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BM1

3bm1

解像度: 1.8→45.09 Å / SU ML: 0.2265 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.0166
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2741	4370	4.75 %
R_work	0.2281	87652	-
obs	0.2302	92022	93.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.09 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8099	0	402	874	9375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0029	8731
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5611	11784
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0442	1224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0052	1533
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.1856	3281

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3882	75	0.3102	1639	X-RAY DIFFRACTION	52.42
1.82-1.84	0.3315	105	0.2877	2206	X-RAY DIFFRACTION	70.5
1.84-1.86	0.2981	130	0.2669	2424	X-RAY DIFFRACTION	78.3
1.86-1.89	0.3435	112	0.2667	2635	X-RAY DIFFRACTION	85.79
1.89-1.91	0.2684	122	0.2745	2802	X-RAY DIFFRACTION	89.36
1.91-1.94	0.2998	153	0.2579	2803	X-RAY DIFFRACTION	89.66
1.94-1.96	0.2925	165	0.2512	2910	X-RAY DIFFRACTION	94.64
1.96-1.99	0.2968	143	0.2406	2977	X-RAY DIFFRACTION	97.87
1.99-2.02	0.2828	143	0.239	3079	X-RAY DIFFRACTION	97.93
2.02-2.06	0.3348	128	0.2433	3050	X-RAY DIFFRACTION	98.09
2.06-2.09	0.2367	150	0.2397	3013	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.09-2.13	0.2888	158	0.2401	3134	X-RAY DIFFRACTION	98.15
2.13-2.17	0.2377	146	0.2293	2957	X-RAY DIFFRACTION	98.41
2.17-2.22	0.2844	178	0.2255	3061	X-RAY DIFFRACTION	97.85
2.22-2.26	0.257	161	0.2263	2987	X-RAY DIFFRACTION	96.77
2.26-2.32	0.2772	143	0.222	2973	X-RAY DIFFRACTION	96.74
2.32-2.38	0.2764	164	0.2225	3005	X-RAY DIFFRACTION	95.74
2.38-2.44	0.2703	151	0.2195	3054	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.44-2.51	0.2994	185	0.2255	3062	X-RAY DIFFRACTION	98.51
2.51-2.59	0.2981	162	0.2311	3024	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.59-2.68	0.2803	161	0.2381	3092	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.69-2.79	0.3167	167	0.2454	3078	X-RAY DIFFRACTION	98.45
2.79-2.92	0.2869	157	0.2266	3040	X-RAY DIFFRACTION	98.37
2.92-3.07	0.2696	150	0.2187	3008	X-RAY DIFFRACTION	96.19
3.07-3.27	0.2683	152	0.2279	3103	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.27-3.52	0.2811	155	0.2192	3097	X-RAY DIFFRACTION	99.03
3.52-3.87	0.23	109	0.205	3164	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.87-4.43	0.2445	148	0.1988	3030	X-RAY DIFFRACTION	97.16
4.43-5.58	0.2512	160	0.2137	3132	X-RAY DIFFRACTION	99.01
5.58-45.09	0.2525	137	0.2441	3113	X-RAY DIFFRACTION	95.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ

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32	32	chain 'D' and (resid 162 through 183 )	D	D	162 - 183	162 - 174
33	33	chain 'E' and (resid 1 through 9 )	E	E	1 - 9	1 - 9
34	34	chain 'E' and (resid 10 through 23 )	E	E	10 - 23	10 - 23
35	35	chain 'E' and (resid 24 through 35 )	E	E	24 - 35	24 - 35
36	36	chain 'E' and (resid 36 through 44 )	E	E	36 - 44	36 - 44
37	37	chain 'E' and (resid 45 through 69 )	E	E	45 - 69	45 - 69
38	38	chain 'E' and (resid 70 through 94 )	E	E	70 - 94	70 - 94
39	39	chain 'E' and (resid 95 through 103 )	E	E	95 - 103	95 - 103
40	40	chain 'E' and (resid 104 through 139 )	E	E	104 - 139	104 - 139
41	41	chain 'E' and (resid 140 through 161 )	E	E	140 - 161	140 - 161
42	42	chain 'E' and (resid 162 through 183 )	E	E	162 - 183	162 - 174
43	43	chain 'F' and (resid 1 through 9 )	F	F	1 - 9	1 - 9
44	44	chain 'F' and (resid 10 through 23 )	F	F	10 - 23	10 - 23
45	45	chain 'F' and (resid 24 through 35 )	F	F	24 - 35	24 - 35
46	46	chain 'F' and (resid 36 through 51 )	F	F	36 - 51	36 - 51
47	47	chain 'F' and (resid 52 through 68 )	F	F	52 - 68	52 - 68
48	48	chain 'F' and (resid 69 through 94 )	F	F	69 - 94	69 - 94
49	49	chain 'F' and (resid 95 through 103 )	F	F	95 - 103	95 - 103
50	50	chain 'F' and (resid 104 through 139 )	F	F	104 - 139	104 - 139
51	51	chain 'F' and (resid 140 through 152 )	F	F	140 - 152	140 - 152
52	52	chain 'F' and (resid 153 through 161 )	F	F	153 - 161	153 - 161
53	53	chain 'F' and (resid 162 through 183 )	F	F	162 - 183	162 - 174

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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