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Yorodumi- PDB-8dil: Crystal structure of putative nitroreductase from Salmonella enterica -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 8dil | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of putative nitroreductase from Salmonella enterica | ||||||
Components | Putative NAD(P)H nitroreductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / nitroreductase / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Skarina, T. / Mesa, N. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
| Funding support | 1items
| ||||||
Citation | Journal: to be publishedTitle: Crystal structure of putative nitroreductase from Salmonella enterica Authors: Chang, C. / Skarina, T. / Mesa, N. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 8dil.cif.gz | 536.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb8dil.ent.gz | 361.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 8dil.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 8dil_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 8dil_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
| Data in XML | 8dil_validation.xml.gz | 54.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 8dil_validation.cif.gz | 73.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/8dil ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/di/8dil | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 3bm1S S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 6 molecules ABCDEF
| #1: Protein | Mass: 20151.158 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (bacteria)Strain: SL1344 Gene: ydjA, SL1344_1231, G1W50_15780, G1W53_02785, G1W54_02785, G1W56_06140, G1W59_21080, G1W62_10980, G1W63_02785, G1W64_08545, G1W67_10975, G1W72_21920, G1W73_21040, G1W84_21635, G1W85_21645, G1W86_ ...Gene: ydjA, SL1344_1231, G1W50_15780, G1W53_02785, G1W54_02785, G1W56_06140, G1W59_21080, G1W62_10980, G1W63_02785, G1W64_08545, G1W67_10975, G1W72_21920, G1W73_21040, G1W84_21635, G1W85_21645, G1W86_02465, G1W87_16195, G1W89_05570, G1W92_14510, G1X00_22250, G1X03_02785, G1X04_04115, G1X09_05880, G1X10_02785, G1X11_22300, G1X12_22270, G1X13_05880, G1X15_08330, G1X17_05880, G1X18_22295, G1X19_16140, G1X23_02770, G1X29_05880, G1X31_22115, G1X32_05465, G1X38_02785, G1X42_14510, G1X44_10725, G1X46_21425, G1X47_05450, G1X49_02785, G1X50_08005, G1X51_05880, G1X52_08550, G1X57_14905, G1X61_10985, G1X64_10730, G1X66_02785, G1X67_10730, G1X68_02785, G1X69_06145, G1X71_05885, G1X76_02785, G1X80_02785, G1X84_05470, G1X85_02785, G1X86_16255, G1X87_08025, G1X94_05450, G1X96_16260, G1X98_22215, G1X99_08560, G1Y02_05470, G1Y04_10720, G1Y11_08890 Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 907 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-FMN / #3: Chemical | ChemComp-CIT / #4: Chemical | ChemComp-PGE / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-PEG / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | N |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.31 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 20% PEG3350, 0.2M Lithium Citrate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97926 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 19, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97926 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 1.8→50 Å / Num. obs: 95785 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 6 % / Biso Wilson estimate: 19.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 5 / Num. measured all: 571955 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 3BM1 Resolution: 1.8→45.09 Å / SU ML: 0.2265 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 30.0166 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 26.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→45.09 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. SL1344 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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