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- PDB-8di7: CMY-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8di7
タイトルCMY-2
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / antibiotic / b-lactamase / CMY-2 / class C / apo crystal structure
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Ahmadvand, P. / Call, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NA 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of CMY-2 and its interactions with ampicillin and the cephalosporins - ceftiofur, DFC, DFC-dimer, DFC-cysteine, and nitrocefin
著者: Ahmadvand, P. / Call, D.R.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Beta-lactamase
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,69011
ポリマ-159,0174
非ポリマー6727
28,9861609
1
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9463
ポリマ-39,7541
非ポリマー1922
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9463
ポリマ-39,7541
非ポリマー1922
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8502
ポリマ-39,7541
非ポリマー961
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,9463
ポリマ-39,7541
非ポリマー1922
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.939, 75.374, 97.552
Angle α, β, γ (deg.)81.190, 87.840, 69.510
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 39754.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: blaCMY-61 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3F7G9, beta-lactamase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / : SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1609 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 300 mM Ammonium sulfate, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→61.04 Å / Num. obs: 113721 / % possible obs: 96.26 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 1
反射 シェル解像度: 1.89→1.958 Å / Rmerge(I) obs: 0.2667 / Num. unique obs: 11281 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.202 / Rrim(I) all: 0.3372 / % possible all: 94.56

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZC2
解像度: 1.89→61.04 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2391 1274 1.12 %
Rwork0.2 112447 -
obs0.2004 113721 96.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 59.81 Å2 / Biso mean: 24.1485 Å2 / Biso min: 7.4 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→61.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11156 0 35 1632 12823
Biso mean--32.42 30.79 -
残基数----1436
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.89-1.970.34181300.29981227894
1.97-2.060.28851410.27921218994
2.06-2.160.26991440.25461219794
2.16-2.30.26521330.21951246296
2.3-2.480.28691490.22161260797
2.48-2.730.2821420.21861251597
2.73-3.120.23381480.20031255797
3.12-3.930.1811430.1621279899
3.93-100.20931440.15611284499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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