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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8di7 | ||||||
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タイトル | CMY-2 | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE / antibiotic / b-lactamase / CMY-2 / class C / apo crystal structure | ||||||
機能・相同性 | ![]() antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ahmadvand, P. / Call, D.R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of CMY-2 and its interactions with ampicillin and the cephalosporins - ceftiofur, DFC, DFC-dimer, DFC-cysteine, and nitrocefin 著者: Ahmadvand, P. / Call, D.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 255.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 103.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1zc2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39754.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 300 mM Ammonium sulfate, 20% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→61.04 Å / Num. obs: 113721 / % possible obs: 96.26 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 1 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.958 Å / Rmerge(I) obs: 0.2667 / Num. unique obs: 11281 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.202 / Rrim(I) all: 0.3372 / % possible all: 94.56 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ZC2 解像度: 1.89→61.04 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 59.81 Å2 / Biso mean: 24.1485 Å2 / Biso min: 7.4 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.89→61.04 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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