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万見
- PDB-8dhu: Crystal structure of LARP-DM15 from Drosophila melanogaster bound... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dhu
タイトルCrystal structure of LARP-DM15 from Drosophila melanogaster bound to m7GpppC
要素La-related protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / LARP / DM15
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle assembly involved in male meiosis / extrinsic component of mitochondrial outer membrane / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / mitochondrion inheritance / positive regulation of mitochondrial DNA replication / poly-pyrimidine tract binding / male meiotic nuclear division / RNA cap binding / positive regulation of cytoplasmic translation / mRNA stabilization ...spindle assembly involved in male meiosis / extrinsic component of mitochondrial outer membrane / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / mitochondrion inheritance / positive regulation of mitochondrial DNA replication / poly-pyrimidine tract binding / male meiotic nuclear division / RNA cap binding / positive regulation of cytoplasmic translation / mRNA stabilization / negative regulation of cytoplasmic translation / positive regulation of translation / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DM15 / Tandem repeat in fly CG14066 (La related protein), human KIAA0731 and worm R144.7. Unknown function. / La domain containing protein / La domain / Domain in the RNA-binding Lupus La protein; unknown function / La-type HTH domain / La-type HTH domain profile. / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-91P / La-related protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.295 Å
データ登録者Nguyen, E. / Berman, A.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
American Cancer Society 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2024
タイトル: Comparative analysis of the LARP1 C-terminal DM15 region through Coelomate evolution.
著者: Nguyen, E. / Sosa, J.A. / Cassidy, K.C. / Berman, A.J.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年9月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: La-related protein 1
B: La-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9154
ポリマ－37,1282
非ポリマー7882
水91951
1
A: La-related protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5641
ポリマ－18,5641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: La-related protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3523
ポリマ－18,5641
非ポリマー7882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.808, 60.737, 129.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 La-related protein 1 / dLarp


分子量: 18563.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: larp, CG42551 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VAW5
#2: 化合物 ChemComp-91P / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-7-methyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-ium-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate / dinucleotide triphosphate cap analog m7GpppC / 2-アミノ-6-オキソ-7-メチル-9-[5-O-[[[(5′-シチジリルオキシ)ホスホニル]オキシ]ホスホニル]-β(以下略)


分子量: 763.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H30N8O18P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.27 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.05 M Bicine, pH 9, 2.5% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.295→44.01 Å / Num. obs: 17090 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 49.52 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01978 / Rrim(I) all: 0.02797 / Net I/σ(I): 17.01
反射 シェル解像度: 2.295→2.377 Å / Rmerge(I) obs: 0.2632 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique obs: 1695 / CC1/2: 0.8 / Rrim(I) all: 0.3722

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
AutoProcessデータ削減
AutoProcessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5V87

5v87


解像度: 2.295→44.01 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2749 1709 10 %
Rwork0.2196 15379 -
obs-17088 99.65 %
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.295→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2570 0 50 51 2671
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.22063626
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7354342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.34231400.29191260X-RAY DIFFRACTION99.72
2.36-2.440.31291410.27111263X-RAY DIFFRACTION99.93
2.44-2.530.31511390.2711257X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.630.31181400.2521269X-RAY DIFFRACTION99.93
2.63-2.750.28061420.23131271X-RAY DIFFRACTION99.44
2.75-2.890.34111390.23811257X-RAY DIFFRACTION99.64
2.89-3.070.3191410.23731259X-RAY DIFFRACTION99.72
3.07-3.310.31581410.23761273X-RAY DIFFRACTION99.86
3.31-3.640.28441430.21831290X-RAY DIFFRACTION99.44
3.64-4.170.27831440.19011289X-RAY DIFFRACTION99.79
4.17-5.250.18561450.16941304X-RAY DIFFRACTION99.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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