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- PDB-8dhj: Crystal structure of Clostridioides difficile Protein Tyrosine Ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dhj
タイトルCrystal structure of Clostridioides difficile Protein Tyrosine Phosphatase at pH 7.5
要素TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / phosphatase
機能・相同性Tyrosine/serine-protein phosphatase IphP-type / Tyrosine phosphatase family / phosphoprotein phosphatase activity / dephosphorylation / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Tyrosine specific protein phosphatases domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Clostridioides difficile 6050 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.483 Å
データ登録者Lountos, G.T. / Tropea, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Clostridioides difficile Protein Tyrosine Phosphatase at pH 7.5
著者: Lountos, G.T. / Tropea, J.E.
履歴
登録2022年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein
B: TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,66311
ポリマ－57,9382
非ポリマー7259
水9,692538
1
A: TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3496
ポリマ－28,9691
非ポリマー3805
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3145
ポリマ－28,9691
非ポリマー3454
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.459, 42.677, 86.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.420, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein


分子量: 28969.008 Da / 分子数: 2
変異: First three glycine residues are non-native, remnants of linker
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile 6050 (バクテリア)
プラスミド: pJT510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q185E4
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 538 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.2 magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→50 Å / Num. obs: 82376 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 2.6 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 1.48→1.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.531 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4129 / CC1/2: 0.679 / Rpim(I) all: 0.41

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YWF

1ywf


解像度: 1.483→36.229 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1993 3962 5.08 %
Rwork0.1563 74099 -
obs0.1585 78061 93.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 129.47 Å2 / Biso mean: 21.2777 Å2 / Biso min: 5.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.483→36.229 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3858 0 34 538 4430
Biso mean--30.96 33.62 -
残基数----473
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4831-1.50120.2852740.193128446
1.5012-1.52020.2037830.1823167959
1.5202-1.54020.24941080.1758203172
1.5402-1.56130.2581320.1625230383
1.5613-1.58360.21231270.1548260992
1.5836-1.60730.21861470.1528271898
1.6073-1.63240.18941330.1506282099
1.6324-1.65910.19271440.14882792100
1.6591-1.68780.18131510.13922792100
1.6878-1.71840.21461540.13942831100
1.7184-1.75150.18851590.14192763100
1.7515-1.78720.17641400.13672861100
1.7872-1.82610.18141640.14342780100
1.8261-1.86860.1971540.14512810100
1.8686-1.91530.19551590.14612785100
1.9153-1.96710.18941430.1483281999
1.9671-2.0250.21531480.1444283599
2.025-2.09030.20281670.1484278099
2.0903-2.1650.20751420.145281199
2.165-2.25170.1731440.1419283899
2.2517-2.35420.18851450.1411278199
2.3542-2.47830.18121480.1544281999
2.4783-2.63350.1811390.1601278998
2.6335-2.83670.21411480.166282098
2.8367-3.12210.22851670.1652275197
3.1221-3.57350.19661380.1532280997
3.5735-4.50090.16371520.1463273195
4.5009-36.220.24181520.2105265889

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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