PDB-8dhi: Crystal Structure of Clostridioides difficile Protein Tyrosine Ph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dhi

タイトル

Crystal Structure of Clostridioides difficile Protein Tyrosine Phosphatase at pH 8.5

要素

TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / phosphatase

機能・相同性

Tyrosine/serine-protein phosphatase IphP-type / Tyrosine phosphatase family / phosphoprotein phosphatase activity / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Tyrosine specific protein phosphatases domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Clostridioides difficile 6050 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.588 Å

データ登録者

Lountos, G.T. / Tropea, J.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Clostridioides difficile Protein Tyrosine Phosphatase at pH 8.5
著者: Lountos, G.T. / Tropea, J.E.

履歴

登録	2022年6月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dhi.cif.gz	224.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dhi.ent.gz	179 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dhi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dhi_validation.pdf.gz	424.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dhi_full_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示
XML形式データ	8dhi_validation.xml.gz	24 KB	表示
CIF形式データ	8dhi_validation.cif.gz	36.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dhi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/8dhi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ywfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (3) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein

B: TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein

57.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.250, 42.736, 86.859
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.530, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TYR_PHOSPHATASE_2 domain-containing protein 分子量: 28969.008 Da / 分子数: 2 変異: First three glycine residues are non-native, remnants of linker 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridioides difficile 6050 (バクテリア) プラスミド: pJT510 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q185E4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris, pH 8,.5, 0.2 M magnesium chloride, 25% (w/v) polyethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2021年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.588→50 Å / Num. obs: 67967 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 25.4
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / R_merge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3352 / CC_1/2: 0.79 / R_pim(I) all: 0.354

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YWF

1ywf

解像度: 1.588→38.021 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2042	3321	4.89 %
R_work	0.1738	64629	-
obs	0.1753	67950	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.76 Å² / B_iso mean: 26.9477 Å² / B_iso min: 11.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.588→38.021 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3924	0	0	558	4482
B_iso mean	-	-	-	36.7	-
残基数	-	-	-	-	478

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.588-1.611	0.3162	127	0.2585	2577	96
1.611-1.6351	0.243	131	0.236	2683	100
1.6351-1.6606	0.2251	123	0.2231	2695	100
1.6606-1.6878	0.2892	140	0.234	2652	100
1.6878-1.7169	0.2226	135	0.2182	2697	100
1.7169-1.7482	0.2516	152	0.1946	2635	100
1.7482-1.7818	0.221	141	0.1905	2702	100
1.7818-1.8182	0.2081	138	0.1834	2658	100
1.8182-1.8577	0.2113	131	0.1774	2735	100
1.8577-1.9009	0.2022	166	0.179	2629	100
1.9009-1.9484	0.2205	133	0.1787	2698	100
1.9484-2.0011	0.2324	142	0.1851	2652	100
2.0011-2.06	0.185	137	0.1753	2716	100
2.06-2.1265	0.2122	132	0.1694	2718	100
2.1265-2.2025	0.193	124	0.1675	2658	100
2.2025-2.2906	0.2062	133	0.1678	2712	100
2.2906-2.3949	0.2026	136	0.1677	2712	100
2.3949-2.5211	0.2294	142	0.1804	2699	100
2.5211-2.679	0.2192	145	0.1804	2707	100
2.679-2.8858	0.2031	137	0.1784	2709	100
2.8858-3.1761	0.225	152	0.1814	2691	100
3.1761-3.6354	0.1736	139	0.156	2732	100
3.6354-4.579	0.1596	137	0.14	2757	100
4.579-38.02	0.2107	148	0.1796	2805	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6605	0.3771	0.0732	4.1434	-4.6015	8.6526	0.0112	0.0288	-0.0469	-0.0753	0.1373	0.2297	-0.0148	-0.1835	-0.179	0.0523	-0.0163	-0.0031	0.1459	0.0055	0.1603	6.9557	-4.1762	30.7225
2	2.7435	0.3546	-0.6388	3.2344	-1.1554	2.7404	-0.0555	0.1303	0.321	-0.0661	0.0901	0.0781	-0.448	-0.1477	-0.0643	0.188	-0.0015	-0.0363	0.1073	0.0073	0.1551	13.4588	12.9271	26.396
3	0.7973	-0.073	-0.0201	1.0493	0.5484	3.019	-0.0097	0.1435	0.0432	-0.1543	0.047	-0.1225	-0.0887	0.1555	-0.0307	0.1294	-0.0298	0.0149	0.1364	0.0123	0.1574	21.7355	1.3759	19.0235
4	0.5066	-0.1778	0.3284	2.7578	-3.4041	6.0374	-0.0711	0.0616	-0.0146	-0.1799	0.2327	0.1819	0.0494	-0.4135	-0.1804	0.1071	-0.0267	-0.006	0.1286	-0.0064	0.1245	10.4064	-1.7775	17.7466
5	1.8067	-1.1991	2.3497	2.2584	-2.5313	5.592	0.1115	0.1742	-0.1023	-0.3305	0.0074	0.0484	0.3021	-0.0168	-0.1584	0.1349	-0.024	0.0216	0.1345	-0.0174	0.1272	18.247	-7.1479	15.8234
6	3.9033	-4.8224	0.1422	6.5529	-0.2385	6.8551	-0.0957	-0.1751	-0.0456	0.4079	0.1424	-0.1342	0.0648	0.1116	-0.0384	0.1321	-0.0429	-0.0011	0.0924	0.022	0.1306	16.2473	-9.0629	41.4757
7	3.2207	-0.3883	0.1074	2.8758	-0.0288	2.5199	0.1315	0.1815	-0.4766	-0.3231	-0.0299	-0.094	0.4734	0.3223	-0.064	0.2284	0.071	-0.0289	0.1722	-0.0238	0.2033	-13.1516	-7.7359	23.4759
8	1.1238	0.6472	-1.1546	4.7505	-3.9615	6.1122	-0.1314	0.5897	-0.1867	-0.5488	0.3553	0.1141	0.3996	-0.5223	-0.2507	0.2626	-0.0803	-0.0851	0.4062	-0.0726	0.2986	-26.3025	-2.4576	7.3766
9	2.568	-0.0026	0.5303	0.6378	-0.3243	3.3286	0.0891	0.1377	-0.1468	-0.1322	-0.0031	0.07	0.2348	0.0338	-0.1055	0.1298	0.0095	-0.016	0.1004	0.0025	0.1462	-23.0726	0.7989	22.8817
10	2.579	-3.5649	-3.1519	8.246	4.7026	4.2675	0.0366	-0.0472	0.1148	-0.1112	0.1789	-0.2198	-0.2471	0.3202	-0.3481	0.1095	-0.0364	-0.0165	0.2082	0.0132	0.1637	-11.2065	3.9907	9.7887
11	2.0955	-0.4595	-3.1305	0.5943	1.2474	6.2009	0.1415	0.2911	0.1024	-0.1904	-0.0704	0.0076	-0.4207	-0.346	-0.103	0.1607	0.0374	-0.0167	0.1691	0.0216	0.1473	-23.2868	8.4282	15.0989
12	8.8124	-3.1121	1.2626	7.1582	0.5346	3.6847	-0.2158	-0.6309	0.0682	0.433	0.2697	-0.0058	0.0781	0.3342	-0.0452	0.1475	0.0069	-0.0264	0.1993	-0.0324	0.1112	-17.4673	6.7989	40.7796

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 20 )	A	1 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 21 through 68 )	A	21 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 144 )	A	69 - 144
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 145 through 185 )	A	145 - 185
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 186 through 233 )	A	186 - 233
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 234 through 246 )	A	234 - 246
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 68 )	B	1 - 68
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 69 through 101 )	B	69 - 101
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 102 through 160 )	B	102 - 160
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 161 through 185 )	B	161 - 185
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 186 through 233 )	B	186 - 233
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 234 through 246 )	B	234 - 246

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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