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万見
- PDB-8dhf: DHODH IN COMPLEX WITH LIGAND 11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dhf
タイトルDHODH IN COMPLEX WITH LIGAND 11
要素Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE/INHIBITOR / DIHYDROOROTATE DEHYDROGENASE / DHODH / OXIDOREDUCTASE / INHIBITOR / OXIDOREDUCTASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydroorotate dehydrogenase, class 2 / Dihydroorotate dehydrogenase signature 1. / Dihydroorotate dehydrogenase signature 2. / Dihydroorotate dehydrogenase, conserved site / : / Dihydroorotate dehydrogenase domain / Dihydroorotate dehydrogenase / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / OROTIC ACID / Chem-T6L / Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Shaffer, P.L.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: N -Heterocyclic 3-Pyridyl Carboxamide Inhibitors of DHODH for the Treatment of Acute Myelogenous Leukemia.
著者: Cisar, J.S. / Pietsch, C. / DeRatt, L.G. / Jacoby, E. / Kazmi, F. / Keohane, C. / Legenski, K. / Matico, R. / Shaffer, P. / Simonnet, Y. / Tanner, A. / Wang, C.Y. / Wang, W. / Attar, R. / ...著者: Cisar, J.S. / Pietsch, C. / DeRatt, L.G. / Jacoby, E. / Kazmi, F. / Keohane, C. / Legenski, K. / Matico, R. / Shaffer, P. / Simonnet, Y. / Tanner, A. / Wang, C.Y. / Wang, W. / Attar, R. / Edwards, J.P. / Kuduk, S.D.
履歴
登録2022年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,57221
ポリマ－39,9851
非ポリマー2,58820
水3,027168
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: scanning transmission electron microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.850, 90.850, 123.667
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial / DHOdehase / Dihydroorotate oxidase


分子量: 39984.664 Da / 分子数: 1 / 断片: TRUNCATED / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHODH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone)

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非ポリマー , 7種, 188分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-ORO / OROTIC ACID / オロチン酸


分子量: 156.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N2O4
#4: 化合物 ChemComp-T6L / (6M)-N-(2-chloro-6-fluorophenyl)-6-[4-ethyl-3-(hydroxymethyl)-5-oxo-4,5-dihydro-1H-1,2,4-triazol-1-yl]-5-fluoro-2-{[(2S)-1,1,1-trifluoropropan-2-yl]oxy}pyridine-3-carboxamide


分子量: 521.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H17ClF5N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.8
詳細: 0.10 M Sodium Acetate pH 4.8, 2.30 M (NH4)2SO4, 30% Glycerol, 18% (w/v) PEG 4000, 0.1M Trisodium Citrate pH 5.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.999880850315 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999880850315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→78.68 Å / Num. obs: 56905 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.04 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.06 / Χ2: 0.989 / Net I/σ(I): 15.79
反射 シェル解像度: 1.78→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 3.02 / Num. unique obs: 18432 / CC1/2: 0.854 / Rrim(I) all: 0.559 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1D3G

1d3g


解像度: 1.78→78.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 3.703 / SU ML: 0.058 / SU R Cruickshank DPI: 0.0793 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1808 2690 4.8 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
obs0.1625 53931 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 113.45 Å2 / Biso mean: 33.061 Å2 / Biso min: 15.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.11 Å2-0 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→78.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2707 0 170 169 3046
Biso mean--44.66 45.71 -
残基数----355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192921
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5672.0373958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.26936521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0125368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28923.162117
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85915474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8231527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2450
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02622
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.826 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 209 -
Rwork0.301 3926 -
all-4135 -
obs--99.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5360.1866-0.47563.69030.5664.3544-0.0912-0.2933-0.02540.23210.02730.55120.0824-0.54680.06380.2901-0.05750.06050.24020.04460.119422.603-23.43924.724
20.59480.15490.09541.72790.41561.6408-0.05970.0746-0.0107-0.09730.024-0.0073-0.0066-0.00740.03570.1322-0.022-0.00440.1106-0.00250.001534.586-14.7947.809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 69
2X-RAY DIFFRACTION2A74 - 396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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