[日本語] English
万見
- PDB-8dgx: Crystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dgx
タイトルCrystal structure of MERS-CoV spike stem helix peptide in complex with Fab of broadly neutralizing antibody CC68.109 isolated from a vaccinated COVID-19 convalescent
要素
  • Antibody CC68.109 Fab heavy chain
  • Antibody CC68.109 Fab light chain
  • Spike protein S2'
キーワードIMMUNE SYSTEM / broadly neutralizing antibody / pan-betacoronavirus / S2 stem helix / spike / SARS-CoV-2 / MERS-CoV / HCoV-HKU1 / sarbecovirus / cross-reactive / cross-neutralizing
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane fusion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Liu, H. / Wilson, I.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2023
タイトル: Broadly neutralizing anti-S2 antibodies protect against all three human betacoronaviruses that cause deadly disease.
著者: Zhou, P. / Song, G. / Liu, H. / Yuan, M. / He, W.T. / Beutler, N. / Zhu, X. / Tse, L.V. / Martinez, D.R. / Schafer, A. / Anzanello, F. / Yong, P. / Peng, L. / Dueker, K. / Musharrafieh, R. / ...著者: Zhou, P. / Song, G. / Liu, H. / Yuan, M. / He, W.T. / Beutler, N. / Zhu, X. / Tse, L.V. / Martinez, D.R. / Schafer, A. / Anzanello, F. / Yong, P. / Peng, L. / Dueker, K. / Musharrafieh, R. / Callaghan, S. / Capozzola, T. / Limbo, O. / Parren, M. / Garcia, E. / Rawlings, S.A. / Smith, D.M. / Nemazee, D. / Jardine, J.G. / Safonova, Y. / Briney, B. / Rogers, T.F. / Wilson, I.A. / Baric, R.S. / Gralinski, L.E. / Burton, D.R. / Andrabi, R.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: Antibody CC68.109 Fab heavy chain
L: Antibody CC68.109 Fab light chain
A: Antibody CC68.109 Fab heavy chain
B: Antibody CC68.109 Fab light chain
C: Spike protein S2'
D: Spike protein S2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,9226
ポリマ－100,9226
非ポリマー00
水00
1
H: Antibody CC68.109 Fab heavy chain
L: Antibody CC68.109 Fab light chain
C: Spike protein S2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4613
ポリマ－50,4613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
2
A: Antibody CC68.109 Fab heavy chain
B: Antibody CC68.109 Fab light chain
D: Spike protein S2'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4613
ポリマ－50,4613
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.997, 66.499, 94.386
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.760, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 4 through 18 or (resid 19...
21(chain H and (resid 4 through 12 or (resid 13...
12(chain B and (resid 2 through 17 or (resid 18...
22(chain L and (resid 2 through 126 or (resid 127...
13chain C
23(chain D and (resid 1228 through 1236 or (resid 1237...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LEULEUVALVAL(chain A and (resid 4 through 18 or (resid 19...AC4 - 184 - 18
121LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 4 through 18 or (resid 19...AC1919
131LEULEULYSLYS(chain A and (resid 4 through 18 or (resid 19...AC4 - 2144 - 219
141LEULEULYSLYS(chain A and (resid 4 through 18 or (resid 19...AC4 - 2144 - 219
151LEULEULYSLYS(chain A and (resid 4 through 18 or (resid 19...AC4 - 2144 - 219
161LEULEULYSLYS(chain A and (resid 4 through 18 or (resid 19...AC4 - 2144 - 219
211LEULEULYSLYS(chain H and (resid 4 through 12 or (resid 13...HA4 - 124 - 12
221LYSLYSLYSLYS(chain H and (resid 4 through 12 or (resid 13...HA1313
231LEULEULYSLYS(chain H and (resid 4 through 12 or (resid 13...HA4 - 2144 - 219
241LEULEULYSLYS(chain H and (resid 4 through 12 or (resid 13...HA4 - 2144 - 219
251LEULEULYSLYS(chain H and (resid 4 through 12 or (resid 13...HA4 - 2144 - 219
261LEULEULYSLYS(chain H and (resid 4 through 12 or (resid 13...HA4 - 2144 - 219
112ILEILEGLUGLU(chain B and (resid 2 through 17 or (resid 18...BD2 - 172 - 17
122ARGARGALAALA(chain B and (resid 2 through 17 or (resid 18...BD18 - 1918 - 19
132ILEILEARGARG(chain B and (resid 2 through 17 or (resid 18...BD2 - 2112 - 214
142ILEILEARGARG(chain B and (resid 2 through 17 or (resid 18...BD2 - 2112 - 214
152ILEILEARGARG(chain B and (resid 2 through 17 or (resid 18...BD2 - 2112 - 214
162ILEILEARGARG(chain B and (resid 2 through 17 or (resid 18...BD2 - 2112 - 214
212ILEILELYSLYS(chain L and (resid 2 through 126 or (resid 127...LB2 - 1262 - 129
222SERSERSERSER(chain L and (resid 2 through 126 or (resid 127...LB127130
232ILEILEARGARG(chain L and (resid 2 through 126 or (resid 127...LB2 - 2112 - 214
242ILEILEARGARG(chain L and (resid 2 through 126 or (resid 127...LB2 - 2112 - 214
252ILEILEARGARG(chain L and (resid 2 through 126 or (resid 127...LB2 - 2112 - 214
262ILEILEARGARG(chain L and (resid 2 through 126 or (resid 127...LB2 - 2112 - 214
113GLYGLYVALVALchain CCE1228 - 12428 - 22
213GLYGLYASPASP(chain D and (resid 1228 through 1236 or (resid 1237...DF1228 - 12368 - 16
223GLUGLUGLUGLU(chain D and (resid 1228 through 1236 or (resid 1237...DF123717
233GLYGLYVALVAL(chain D and (resid 1228 through 1236 or (resid 1237...DF1228 - 12428 - 22
243GLYGLYVALVAL(chain D and (resid 1228 through 1236 or (resid 1237...DF1228 - 12428 - 22
253GLYGLYVALVAL(chain D and (resid 1228 through 1236 or (resid 1237...DF1228 - 12428 - 22
263GLYGLYVALVAL(chain D and (resid 1228 through 1236 or (resid 1237...DF1228 - 12428 - 22

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体 Antibody CC68.109 Fab heavy chain


分子量: 23606.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody CC68.109 Fab light chain


分子量: 23869.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Spike protein S2'


分子量: 2985.236 Da / 分子数: 2 / Fragment: Stem helix domain, residues 1221-1247 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (isolate United Kingdom/H123990006/2012) (ウイルス)
参照: UniProt: K9N5Q8
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.17 M Sodium acetate, 25.5% (w/v) PEG 4000, 15% (v/v) Glycerol, 0.085 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 17356 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 53.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.87 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.952.60.7256310.450.5090.890.77173
2.95-32.60.6766920.4850.4740.8290.79975.5
3-3.062.60.557430.7470.3770.670.73682.1
3.06-3.122.70.527760.7660.3570.6330.79684.6
3.12-3.192.70.4138240.7930.2940.5090.84988.8
3.19-3.272.70.4468410.7920.3080.5440.80594.2
3.27-3.352.90.3488860.8910.2410.4250.86196.2
3.35-3.443.10.2958940.9240.1970.3560.89299
3.44-3.543.20.2689260.920.1780.3230.92899.4
3.54-3.653.20.229110.9550.1460.2650.92899.5
3.65-3.783.10.1669050.970.1130.2020.92599.5
3.78-3.942.90.1469280.9630.1010.1791.05399.8
3.94-4.1130.1199100.9740.0810.1450.94299.7
4.11-4.333.20.0929170.9850.0620.1110.99399.6
4.33-4.63.20.0819150.9870.0540.0981.04399
4.6-4.963.10.0689280.9910.0450.0820.96699.3
4.96-5.462.90.0639010.990.0440.0770.86898.9
5.46-6.243.20.0639300.9880.0420.0760.78199.5
6.24-7.863.10.0549410.9910.0360.0650.72799.5
7.86-5030.0439570.9940.0290.0530.57599.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JMW; 7KN4

7jmw

7kn4


解像度: 2.89→46.69 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2798 651 4.83 %
Rwork0.2327 12835 -
obs0.2351 13486 73.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 177.52 Å2 / Biso mean: 51.5285 Å2 / Biso min: 15.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.89→46.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6507 0 0 0 6507
残基数----888
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1298X-RAY DIFFRACTION9.667TORSIONAL
12H1298X-RAY DIFFRACTION9.667TORSIONAL
21B1288X-RAY DIFFRACTION9.667TORSIONAL
22L1288X-RAY DIFFRACTION9.667TORSIONAL
31C84X-RAY DIFFRACTION9.667TORSIONAL
32D84X-RAY DIFFRACTION9.667TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.89-3.120.3251600.3126940100028
3.12-3.430.3715930.2761975206857
3.43-3.930.30411640.25552901306583
3.93-4.950.28241730.20683462363599
4.95-46.690.23261610.22443557371899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -28.2564 Å / Origin y: -5.0219 Å / Origin z: -20.2292 Å
111213212223313233
T0.2485 Å20.0094 Å20.0971 Å2-0.1467 Å2-0.0314 Å2--0.1703 Å2
L1.3674 °20.2465 °20.5169 °2-0.841 °20.0427 °2--0.6598 °2
S0.1253 Å °0.1844 Å °0.1552 Å °-0.1707 Å °-0.1033 Å °-0.1983 Å °0.1548 Å °-0.0593 Å °-0.0072 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH4 - 214
2X-RAY DIFFRACTION1allL2 - 211
3X-RAY DIFFRACTION1allA4 - 214
4X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 211
5X-RAY DIFFRACTION1allC1228 - 1242
6X-RAY DIFFRACTION1allD1228 - 1242

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る