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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dgl | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the RdfS Excisionase | ||||||
要素 | Recombination Directionality Factor RdfS | ||||||
キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Excisionase / Recombination Directionality Factor / winged helix-turn-helix / superhelix | ||||||
機能・相同性 | Helix-turn-helix domain, group 17 / Helix-turn-helix domain / Putative DNA-binding domain superfamily / DNA binding / DNA-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mesorhizobium japonicum R7A (根粒菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å | ||||||
データ登録者 | Verdonk, C.J. / Ramsay, J.P. / Marshall, A.C. / Bond, C.S. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022 タイトル: Crystallographic and X-ray scattering study of RdfS, a recombination directionality factor from an integrative and conjugative element. 著者: Verdonk, C.J. / Marshall, A.C. / Ramsay, J.P. / Bond, C.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8dgl.cif.gz | 72.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8dgl.ent.gz | 52.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8dgl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dgl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dgl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9960.901 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mesorhizobium japonicum R7A (根粒菌) 遺伝子: msi109, A8146_15230, BAE39_30655, EB815_31145 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: Q7AL96 #2: 化合物 | ChemComp-CL / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / Density meas: 518521.6 Mg/m3 / 溶媒含有率: 62.19 % / 解説: Multi-nuclear small needle-like |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.05 M MES; pH 6.5, 4% w/v PEG 5000 MME, 5% v/v 1-propanol, 0.1 M sodium citrate; RdfS protein at 4.3 mg/mL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月26日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.953 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.45→42.87 Å / Num. obs: 19949 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 41.59 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 132047 / Scaling rejects: 21 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: alphafold prediction 解像度: 2.45→42.87 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97.6 Å2 / Biso mean: 44.7947 Å2 / Biso min: 23.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.45→42.87 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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