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万見
- PDB-8dgl: Crystal Structure of the RdfS Excisionase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dgl
タイトルCrystal Structure of the RdfS Excisionase
要素Recombination Directionality Factor RdfS
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Excisionase / Recombination Directionality Factor / winged helix-turn-helix / superhelix
機能・相同性Helix-turn-helix domain, group 17 / Helix-turn-helix domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Helix-turn-helix domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Mesorhizobium japonicum R7A (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Verdonk, C.J. / Ramsay, J.P. / Marshall, A.C. / Bond, C.S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT170100235 オーストラリア
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2022
タイトル: Crystallographic and X-ray scattering study of RdfS, a recombination directionality factor from an integrative and conjugative element.
著者: Verdonk, C.J. / Marshall, A.C. / Ramsay, J.P. / Bond, C.S.
履歴
登録2022年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination Directionality Factor RdfS
B: Recombination Directionality Factor RdfS
C: Recombination Directionality Factor RdfS
D: Recombination Directionality Factor RdfS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,26211
ポリマ－39,8444
非ポリマー4187
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Multiple peaks beyond monomer molecular weight
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.251, 119.204, 123.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Recombination Directionality Factor RdfS


分子量: 9960.901 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mesorhizobium japonicum R7A (根粒菌)
遺伝子: msi109, A8146_15230, BAE39_30655, EB815_31145 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): NiCo21(DE3) / 参照: UniProt: Q7AL96
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / Density meas: 518521.6 Mg/m3 / 溶媒含有率: 62.19 % / 解説: Multi-nuclear small needle-like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.05 M MES; pH 6.5, 4% w/v PEG 5000 MME, 5% v/v 1-propanol, 0.1 M sodium citrate; RdfS protein at 4.3 mg/mL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→42.87 Å / Num. obs: 19949 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 41.59 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.142 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 9 / Num. measured all: 132047 / Scaling rejects: 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.556.70.8551410821180.7440.3540.9272.494.7
8.83-42.875.60.10728185010.9880.0470.11716.499.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.31 Å42.87 Å
Translation5.31 Å42.87 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2精密化
XDSNov 1, 2016データ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
MOLREP11.7.03位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alphafold prediction

解像度: 2.45→42.87 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 933 4.69 %Random selection
Rwork0.1993 18958 --
obs0.2015 19891 99.39 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.6 Å2 / Biso mean: 44.7947 Å2 / Biso min: 23.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→42.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2160 0 22 177 2359
Biso mean--60.44 46.16 -
残基数----270
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.580.32131210.26462574269596
2.58-2.740.29831290.237426742803100
2.74-2.950.29651610.254126602821100
2.95-3.250.31831180.220626952813100
3.25-3.720.251400.200826902830100
3.72-4.680.20921240.157627502874100
4.68-42.870.19751400.186629153055100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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