PDB-8dgd: Crystal Structure of GAF domain-containing protein, from Klebsiel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dgd

タイトル

Crystal Structure of GAF domain-containing protein, from Klebsiella pneumoniae

要素

GAF domain-containing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Delker, S.L. / Weiss, M.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of GAF domain-containing protein, from Klebsiella pneumoniae
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Delker, S.L. / Weiss, M.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2022年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Source and taxonomy カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dgd.cif.gz	149.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dgd.ent.gz	116.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dgd_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dgd_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	8dgd_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	8dgd_validation.cif.gz	24.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dg/8dgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1vhmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (3) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: GAF domain-containing protein

B: GAF domain-containing protein

ヘテロ分子

39.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GAF domain-containing protein

B: GAF domain-containing protein

ヘテロ分子

A: GAF domain-containing protein

B: GAF domain-containing protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
79.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.680, 114.380, 73.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-202- ZN

#1: タンパク質	GAF domain-containing protein 分子量: 19656.207 Da / 分子数: 2 / 断片: KlpnC.00048.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌) 株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_33640 / プラスミド: KlpnC.00048.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3GUR8
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID 分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 断片: KlpnC.00048.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.24 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus B3: 10% w/v PEG 4000, 20% v/v glycerol, 0.03M of each halide (0.3M sodium fluoride, 0.3M sodium bromide, 0.3M sodium iodide),0.1M MES/imidazole pH6.5: 321508B3, cok0-10

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月15日
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 23992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.92 % / B_iso Wilson estimate: 23.43 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 23.49
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / R_merge(I) obs: 0.556 / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique obs: 1754 / CC_1/2: 0.902

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1VHM

1vhm

解像度: 1.9→46.64 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2196	1939	8.08 %
R_work	0.1724	-	-
obs	0.1763	23989	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→46.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2506	0	2	256	2764

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.942	396
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.171	410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	471

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.2607	144	0.2094	1550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.95-2	0.2779	136	0.2045	1562	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.06	0.2407	127	0.1903	1534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.13	0.2368	124	0.1727	1596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.2	0.2328	143	0.1765	1525	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.29	0.2794	118	0.1761	1588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.29-2.39	0.2203	143	0.177	1568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.52	0.2094	155	0.1782	1545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.68	0.2538	125	0.1891	1569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.68-2.88	0.2194	141	0.1858	1566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.88-3.17	0.2425	152	0.184	1575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.63	0.2012	142	0.1531	1588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-4.58	0.185	169	0.1452	1572	X-RAY DIFFRACTION	100
4.58-46.64	0.2128	120	0.1753	1712	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3824	0.2824	0.3652	1.9289	-0.5058	2.4086	-0.0117	0.08	0.1798	0.0208	0.0061	0.0199	-0.1618	-0.1139	0.0046	0.1172	0.0012	0.0039	0.1329	0.0161	0.121	18.6567	-6.0262	13.7944
2	5.7296	3.7995	-2.0315	7.444	-1.2832	1.9593	0.2689	-0.0998	-0.2107	-0.6247	0.1325	2.1961	-0.239	-1.1151	-0.3543	0.5745	0.2641	-0.0796	0.6547	0.0471	0.7746	3.4336	-0.859	14.7142
3	0.9518	-0.2572	-0.1271	5.0947	0.2398	1.6698	-0.0381	0.1265	0.0746	-0.1433	-0.0378	0.067	-0.0419	-0.0311	0.0671	0.0882	0	-0.0183	0.1449	0.0227	0.0928	18.6717	-8.4935	8.2964
4	7.2034	0.5931	3.4286	4.3474	-0.2108	6.1642	-0.0386	-0.6435	0.5086	0.4059	-0.0059	0.381	0.1077	-1.6014	0.1493	0.1918	-0.0175	0.0404	0.4153	0.0336	0.2695	5.359	-17.1572	37.7037
5	6.5407	0.8183	0.1149	3.5427	0.283	4.9196	0.0726	0.0207	0.1417	0.0831	-0.0301	0.3558	0.0261	-0.853	-0.0695	0.1366	-0.0067	0.0192	0.1978	0.0543	0.161	10.7371	-17.3449	25.8677
6	5.2392	-3.0657	-2.6037	6.677	2.3266	6.2771	-0.0023	-0.2612	0.0631	0.0142	-0.0412	0.0898	-0.1015	0.0056	-0.014	0.1379	-0.0237	-0.0221	0.1442	0.0335	0.1587	21.4125	-17.3681	30.2023
7	2.8323	-0.5386	-0.4758	4.0967	0.5331	4.4866	0.1403	-0.0765	-0.1199	-0.0168	-0.2399	-0.4299	0.2157	0.3163	0.1239	0.152	-0.0018	0.0051	0.1797	0.0587	0.1979	28.16	-22.2625	26.394
8	2.8687	0.4116	1.6868	9.0707	6.1095	4.8989	0.0457	-0.7307	0.0684	0.4182	-0.0004	-0.7354	0.133	0.2815	0.0697	0.3311	-0.0609	-0.0381	0.3685	0.0853	0.3103	27.4777	-24.0176	41.209
9	4.4667	1.088	-2.6082	5.0092	-3.8954	5.9443	0.0087	-0.4968	0.4409	-1.2361	0.4986	-0.2448	1.1063	0.1743	-0.4985	0.565	0.0079	-0.069	0.6297	0.1397	0.5251	34.1043	-18.3369	35.0292
10	2.6769	-0.584	-0.1788	6.5038	2.797	6.3418	-0.0298	-0.0454	-0.3875	-0.3381	-0.0365	0.0344	0.4523	-0.104	0.078	0.1752	-0.0279	-0.0118	0.1579	0.0599	0.1723	20.0538	-25.9489	31.8555
11	2.2944	0.634	-0.4074	2.8543	-0.0888	5.5189	0.1712	-0.3586	-0.1456	0.4126	-0.0167	0.0801	0.2959	-0.3076	-0.1083	0.1844	-0.005	0.0274	0.1794	0.0479	0.1702	14.8697	-22.2253	38.7375
12	4.3524	1.2978	-1.8532	4.4972	-1.2857	5.9593	-0.0345	0.368	-0.6717	-0.3403	0.0084	-0.1859	0.6813	-0.2436	0.0238	0.4298	-0.1558	-0.0139	0.3061	-0.042	0.2652	14.1614	-30.4401	17.8331

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 94 through 105 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 106 through 164 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 18 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 19 through 38 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 39 through 51 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 52 through 81 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 82 through 93 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 94 through 105 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 106 through 126 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 127 through 151 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 152 through 162 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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