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- PDB-8dg4: Group A streptococcus Enolase K252A, K255A, K434A, K435A mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dg4
タイトルGroup A streptococcus Enolase K252A, K255A, K434A, K435A mutant
要素Enolaseホスホピルビン酸ヒドラターゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / metalloenzyme (金属タンパク質) / hPg-receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / magnesium ion binding / 細胞膜 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / Enolase, conserved site / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase signature. / Enolase, C-terminal TIM barrel domain / Enolase, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ホスホピルビン酸ヒドラターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. 'group A' (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Tjia-Fleck, S.C. / Readnour, B.M. / Castellino, F.J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL013423 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: High-Resolution Single-Particle Cryo-EM Hydrated Structure of Enolase Offers Insights into Its Function as a Plasminogen Receptor.
著者: Sheiny Tjia-Fleck / Bradley M Readnour / Yetunde A Ayinuola / Francis J Castellino /
要旨: Cellular plasminogen (Pg) receptors (PgRs) are utilized to recruit Pg; stimulate its activation to the serine protease, plasmin (Pm); and sterically protect the surface Pm from inactivation by host ...Cellular plasminogen (Pg) receptors (PgRs) are utilized to recruit Pg; stimulate its activation to the serine protease, plasmin (Pm); and sterically protect the surface Pm from inactivation by host inhibitors. One such PgR is the moonlighting enzyme, enolase, some of which leaves the cytoplasm and resides at the cell surface to potentially function as a PgR. Since microbes employ conscription of host Pg by PgRs as one virulence mechanism, we explored the structural basis of the ability of enolase (Sen) to function in this manner. Employing single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), recombinant Sen from was modeled at 2.6 Å as a stable symmetrical doughnut-shaped homooctamer with point group 422 (D4) symmetry, with a monomeric subunit molecular weight of ∼49 kDa. Binding sites for hPg were reported in other studies to include an internal K and the COOH-terminal K residues of Sen. However, in native Sen, the latter are buried within the minor interfaces of the octamer and do not function as a Pg-binding epitope. Whereas Sen and hPg do not interact in solution, when Sen is bound to a surface, hPg interacts with Sen independently of K. PgRs devoid of COOH-terminal lysine utilize lysine isosteres comprising a basic residue, "", and an anionic residue at " + 3" around one turn of an α-helix. We highlight a number of surface-exposed potential hPg-binding lysine isosteres and further conclude that while the octameric structure of Sen is critical for hPg binding, disruption of this octamer without dissociation exposes hPg-binding epitopes.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Enolase
F: Enolase
G: Enolase
H: Enolase
C: Enolase
D: Enolase
A: Enolase
B: Enolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,4878
ポリマ－378,4878
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Enolase / ホスホピルビン酸ヒドラターゼ / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase


分子量: 47310.879 Da / 分子数: 8 / 変異: K252A, K255A, K434A, K435A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus sp. 'group A' (バクテリア)
遺伝子: eno, SPy_0731, M5005_Spy0556 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P69949, ホスホピルビン酸ヒドラターゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Octameric Structure of Enolase from Streptococcus Pyogenes
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: .396 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) / 株: AP53
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分濃度: 0.050 mM / 名称: Sodium Phospate / 式: NaH2PO4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 61.37 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2756
電子光学装置位相板: VOLTA PHASE PLATE

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2cryoSPARC3.3.1画像取得
4cryoSPARC3.3.1CTF補正
10cryoSPARC3.3.1初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.1分類
13cryoSPARC3.3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 20000000
対称性点対称性: D4 (2回x4回 2面回転対称)
3次元再構成解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 粒子像の数: 813556 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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