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万見
- PDB-8dfz: NMR shows why a small chemical change almost abolishes the antimi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dfz
タイトルNMR shows why a small chemical change almost abolishes the antimicrobial activity of GccF
要素Bacteriocin glycocin F
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / GccF / antimicrobial / bacteriostatic
機能・相同性killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region / Bacteriocin glycocin F
機能・相同性情報
生物種Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Harjes, E. / Edwards, P.J.B. / Norris, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: NMR Shows Why a Small Chemical Change Almost Abolishes the Antimicrobial Activity of Glycocin F.
著者: Harjes, E. / Edwards, P.J.B. / Bisset, S.W. / Patchett, M.L. / Jameson, G.B. / Yang, S.H. / Navo, C.D. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A. / Norris, G.E.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年9月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriocin glycocin F
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,2633
ポリマ－4,8201
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Bacteriocin glycocin F / GccF


分子量: 4820.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: gccF
発現宿主: Lactiplantibacillus plantarum (バクテリア)
参照: UniProt: E9K9Z1
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY
131isotropic12D DQF-COSY
141isotropic12D 1H-13C HSQC
151isotropic1HMBC
161isotropic13D 1H-13C TOCSY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM natural abundabnce GccF modified, 95% H2O/5% D2O
詳細: 40% d3-acetonitrile / water with 0.2% d3-acetic acid
Label: natural abbundance / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: GccF modified / Isotopic labeling: natural abundabnce
試料状態イオン強度: 0 mM / Label: condition1 / pH: 0 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 307 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Bruker Avance / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
YASARAElmer Krieger精密化
YASARAElmer Kriegerstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
ATNOSHermannpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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