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- PDB-8dfx: Crystal structure of Human BTN2A1-BTN3A1 Ectodomain Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dfx
タイトルCrystal structure of Human BTN2A1-BTN3A1 Ectodomain Complex
要素
  • Butyrophilin subfamily 2 member A1
  • Butyrophilin subfamily 3 member A1
キーワードIMMUNE SYSTEM / butyrophilins / T cells
機能・相同性
機能・相同性情報


Butyrophilin (BTN) family interactions / activated T cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of cytokine production / lipid metabolic process / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain ...Butyrophilin subfamily 1/2, SPRY/PRY domain / Butyrophilin subfamily 3, PRY/SPRY domain / SPRY-associated domain / SPRY-associated / PRY / Butyrophylin-like, SPRY domain / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Butyrophilin subfamily 3 member A1 / Butyrophilin subfamily 2 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 5.55 Å
データ登録者Fulford, T.S. / Soliman, C. / Castle, R.G. / Rigau, M. / Ruan, Z. / Dolezal, O. / Seneviratna, R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Hammet, A. ...Fulford, T.S. / Soliman, C. / Castle, R.G. / Rigau, M. / Ruan, Z. / Dolezal, O. / Seneviratna, R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Hammet, A. / Li, S. / Redmond, S.J. / Chung, A. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Patel, O. / Peat, T.S. / Newman, J. / Behren, A. / Gherardin, N.A. / Godfrey, D.I. / Uldrich, A.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1184906 オーストラリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Vgamma9-Vdelta2 T cells recognize butyrophilin 2A1 and 3A1 heteromers
著者: Fulford, T.S. / Soliman, C. / Castle, R.G. / Rigau, M. / Ruan, Z. / Dolezal, O. / Seneviratna, R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Hammet, A. / Li, S. / Redmond, S.J. / Chung, A. / Gorman, M.A. ...著者: Fulford, T.S. / Soliman, C. / Castle, R.G. / Rigau, M. / Ruan, Z. / Dolezal, O. / Seneviratna, R. / Brown, H.G. / Hanssen, E. / Hammet, A. / Li, S. / Redmond, S.J. / Chung, A. / Gorman, M.A. / Parker, M.W. / Patel, O. / Peat, T.S. / Newman, J. / Behren, A. / Gherardin, N.A. / Godfrey, D.I. / Uldrich, A.P.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Butyrophilin subfamily 2 member A1
B: Butyrophilin subfamily 3 member A1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8923
ポリマ－58,4682
非ポリマー4241
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance, fluorescence resonance energy transfer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)114.630, 138.930, 336.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222

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要素

#1: タンパク質 Butyrophilin subfamily 2 member A1


分子量: 25426.893 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN2A1, BT2.1, BTF1 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7KYR7
#2: タンパク質 Butyrophilin subfamily 3 member A1


分子量: 33041.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BTN3A1, BTF5 / 細胞株 (発現宿主): Expi293F GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00481
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 6% PEG 6000, 0.1 M magnesium sulfate, 0.1 M HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.55→47.4 Å / Num. obs: 2500 / % possible obs: 85.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 273.78 Å2 / CC1/2: 0.919 / Rpim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 5.55→6.62 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 278 / CC1/2: 0.373 / Rpim(I) all: 0.558 / % possible all: 49.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F80, BTN2A1

4f80


解像度: 5.55→47.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.747 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.696 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 2.553
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3361 226 9.04 %RANDOM
Rwork0.2899 ---
obs0.2942 2500 56.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 277.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-118.3093 Å20 Å20 Å2
2--139.4462 Å20 Å2
3----257.7555 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.87 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 5.55→47.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3277 0 28 0 3305
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0073380HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.914584HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1556SINUSOIDAL5
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes572HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3350HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.05
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion443SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2407SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 5.55→6.52 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3071 -10.09 %
Rwork0.2954 205 -
all0.2966 228 -
obs--13.58 %
精密化 TLS

L11: 16.6309 °2 / L22: 16.6309 °2 / L23: 5.8208 °2 / L33: 16.6309 °2 / S12: 1.0885 Å ° / S13: 1.0885 Å ° / S21: -1.0885 Å ° / S31: -1.0885 Å ° / S32: -1.0885 Å ° / T13: -0.304 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL12 (°2)L13 (°2)S11 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-5.8208-5.82080-1.08851.08851.08850.31820.304-0-0.304-0.540812.5303-15.6897-25.962
25.82085.82080.5627-0.52580.2483-0.03690.5457-0.304-0.60790.304046.1571-11.5456-21.6489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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