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万見
- PDB-8dfv: Structural Basis of MicroRNA Biogenesis by Dicer-1 and Its Partne... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dfv
タイトルStructural Basis of MicroRNA Biogenesis by Dicer-1 and Its Partner Protein Loqs-PB - complex IIa
要素
  • Endoribonuclease Dcr-1
  • Loquacious, isoform B
  • RNA (60-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Dicer / Dcr-1 / Loquacious / Loqs-P / miRNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic cell cycle, embryonic / germarium-derived female germ-line cyst formation / germarium-derived oocyte fate determination / germ-line stem cell division / pole cell formation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / segment polarity determination / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / PKR-mediated signaling ...mitotic cell cycle, embryonic / germarium-derived female germ-line cyst formation / germarium-derived oocyte fate determination / germ-line stem cell division / pole cell formation / MicroRNA (miRNA) biogenesis / segment polarity determination / Small interfering RNA (siRNA) biogenesis / female germ-line stem cell asymmetric division / PKR-mediated signaling / regulation of regulatory ncRNA processing / dosage compensation by hyperactivation of X chromosome / pre-miRNA binding / RISC complex binding / apoptotic DNA fragmentation / germ-line stem cell population maintenance / ribonuclease III / deoxyribonuclease I activity / miRNA metabolic process / RISC-loading complex / regulatory ncRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / RISC complex assembly / miRNA processing / ribonuclease III activity / pre-miRNA processing / siRNA processing / siRNA binding / RISC complex / dendrite morphogenesis / response to starvation / RNA endonuclease activity / central nervous system development / helicase activity / double-stranded RNA binding / single-stranded RNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain ...Dicer, double-stranded RNA-binding domain / : / Dicer, partner-binding domain / Dicer, dsRNA-binding domain / : / : / Dicer, platform domain / Dicer dimerisation domain / Dicer dimerisation domain superfamily / Dicer dimerisation domain / Dicer double-stranded RNA-binding fold domain profile. / Ribonuclease III family signature. / Ribonuclease III domain / Ribonuclease III family domain profile. / Ribonuclease III family / Ribonuclease III domain / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Double-stranded RNA binding motif / Double-stranded RNA binding motif / Ribonuclease III, endonuclease domain superfamily / Double stranded RNA-binding domain (dsRBD) profile. / Double-stranded RNA-binding domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Helicase, C-terminal / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Endoribonuclease Dcr-1 / Protein Loquacious
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Jouravleva, K. / Golovenko, D. / Demo, G. / Dutcher, R.C. / Tanaka Hall, T.M. / Zamore, P.D. / Korostelev, A.A.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM136275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM127094 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIA50165 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: Structural basis of microRNA biogenesis by Dicer-1 and its partner protein Loqs-PB.
著者: Karina Jouravleva / Dmitrij Golovenko / Gabriel Demo / Robert C Dutcher / Traci M Tanaka Hall / Phillip D Zamore / Andrei A Korostelev /
要旨: In animals and plants, Dicer enzymes collaborate with double-stranded RNA-binding domain (dsRBD) proteins to convert precursor-microRNAs (pre-miRNAs) into miRNA duplexes. We report six cryo-EM ...In animals and plants, Dicer enzymes collaborate with double-stranded RNA-binding domain (dsRBD) proteins to convert precursor-microRNAs (pre-miRNAs) into miRNA duplexes. We report six cryo-EM structures of Drosophila Dicer-1 that show how Dicer-1 and its partner Loqs‑PB cooperate (1) before binding pre-miRNA, (2) after binding and in a catalytically competent state, (3) after nicking one arm of the pre-miRNA, and (4) following complete dicing and initial product release. Our reconstructions suggest that pre-miRNA binds a rare, open conformation of the Dicer‑1⋅Loqs‑PB heterodimer. The Dicer-1 dsRBD and three Loqs‑PB dsRBDs form a tight belt around the pre-miRNA, distorting the RNA helix to place the scissile phosphodiester bonds in the RNase III active sites. Pre-miRNA cleavage shifts the dsRBDs and partially closes Dicer-1, which may promote product release. Our data suggest a model for how the Dicer‑1⋅Loqs‑PB complex affects a complete cycle of pre-miRNA recognition, stepwise endonuclease cleavage, and product release.
履歴
登録2022年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月12日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease Dcr-1
E: RNA (60-MER)
K: Loquacious, isoform B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)325,38713
ポリマ－324,9863
非ポリマー40110
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease Dcr-1 / Protein dicer-1


分子量: 255733.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Dcr-1, CG4792 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス)
参照: UniProt: Q9VCU9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: RNA鎖 RNA (60-MER)


分子量: 19102.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: タンパク質 Loquacious, isoform B / R3D1-L / RE14437p


分子量: 50149.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG6866 / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9VJY9
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of Dicer-1 and Loqs-PB binding pre-miRNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
由来(組換発現)生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
緩衝液pH: 7.9
緩衝液成分濃度: 20 mM / 名称: HEPES-KOH / 式: HEPES-KOH
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 65.5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11RELION分類
12cryoSPARC３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 2023692
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 149443 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 71.84 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010117191
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.151723573
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.06352675
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00952829
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.79092824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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