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Yorodumi- PDB-8df5: SARS-CoV-2 Beta RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab and S... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8df5 | ||||||
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Title | SARS-CoV-2 Beta RBD in complex with human ACE2 and S304 Fab and S309 Fab | ||||||
Components |
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Keywords | VIRAL PROTEIN/Hydrolase/Immune System / RBD / SARS-CoV-2 / COVID / S309 / beta / B.1.351 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Hydrolase-Immune System complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction ...positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases / angiotensin-mediated drinking behavior / tryptophan transport / positive regulation of gap junction assembly / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / regulation of vasoconstriction / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / angiotensin maturation / maternal process involved in female pregnancy / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / metallocarboxypeptidase activity / Attachment and Entry / negative regulation of signaling receptor activity / carboxypeptidase activity / regulation of cytokine production / positive regulation of cardiac muscle contraction / viral life cycle / blood vessel diameter maintenance / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / regulation of transmembrane transporter activity / brush border membrane / cilium / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endocytic vesicle membrane / metallopeptidase activity / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / virus receptor activity / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / endopeptidase activity / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / Potential therapeutics for SARS / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / membrane raft / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.7 Å | ||||||
Authors | McCallum, M. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Snell, G. / Veesler, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Science / Year: 2022 Title: Shifting mutational constraints in the SARS-CoV-2 receptor-binding domain during viral evolution. Authors: Starr, T.N. / Greaney, A.J. / Hannon, W.W. / Loes, A.N. / Hauser, K. / Dillen, J.R. / Ferri, E. / Farrell, A.G. / Dadonaite, B. / McCallum, M. / Matreyek, K.A. / Corti, D. / Veesler, D. / Snell, G. / Bloom, J.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8df5.cif.gz | 1.5 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8df5.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8df5.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/8df5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/8df5 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 7tn0S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules EFRS
#3: Protein | Mass: 92556.695 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ACE2, UNQ868/PRO1885 / Production host: Homo sapiens (human) References: UniProt: Q9BYF1, angiotensin-converting enzyme 2, Hydrolases; Acting on peptide bonds (peptidases); Metallocarboxypeptidases #6: Protein | Mass: 29343.143 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 Gene: S, 2 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: P0DTC2 |
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-Antibody , 4 types, 8 molecules ACBDHMLN
#1: Antibody | Mass: 24573.471 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #2: Antibody | Mass: 23204.697 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #4: Antibody | Mass: 23712.402 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) #5: Antibody | Mass: 23369.947 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Production host: Homo sapiens (human) |
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-Sugars , 2 types, 15 molecules
#7: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #11: Sugar | ChemComp-NAG / |
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-Non-polymers , 4 types, 1071 molecules
#8: Chemical | ChemComp-EDO / #9: Chemical | ChemComp-CL / #10: Chemical | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.23 Å3/Da / Density % sol: 61.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 10% w/v PEG 8000, 20% v/v ethylene glycol, 0.1 M Tris (base)/bicine pH 8.5, 3% w/v D- sorbitol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 19, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.7→46.27 Å / Num. obs: 180932 / % possible obs: 90.8 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 57.07 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rpim(I) all: 0.057 / Net I/σ(I): 12.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 13019 / CC1/2: 0.7 / Rpim(I) all: 0.487 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7TN0 Resolution: 2.7→46.27 Å / SU ML: 0.336 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 22.0388 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 65.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.7→46.27 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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