PDB-8deo: Structure of AAP A domain and B-repeats (residues 351-813) from S...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8deo

タイトル

Structure of AAP A domain and B-repeats (residues 351-813) from Staphylococcus epidermidis

要素

Accumulation associated protein

キーワード

CELL ADHESION / L-type lectin / Staphylococcus epidermidis

機能・相同性

機能・相同性情報

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Harris, G. / Whelan, F. / Clark, L. / Turkenburg, J.P. / Potts, J.R.

資金援助

英国, 3件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Staphylococcal Periscope proteins Aap, SasG, and Pls project noncanonical legume-like lectin adhesin domains from the bacterial surface.
著者: Clark, L.C. / Atkin, K.E. / Whelan, F. / Brentnall, A.S. / Harris, G. / Towell, A.M. / Turkenburg, J.P. / Liu, Y. / Feizi, T. / Griffiths, S.C. / Geoghegan, J.A. / Potts, J.R.

履歴

登録	2022年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8deo.cif.gz	454.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8deo.ent.gz	284.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8deo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8deo_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8deo_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8deo_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	8deo_validation.cif.gz	46 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8deo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8deo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7sieSC 7sjkC 7smhC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Accumulation associated protein

B: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, Predicted scattering by monomeric Aap 351-813 fits the measured solution scattering with a Chi-squared value of 1.1
50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Accumulation associated protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
50.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.482, 66.565, 66.873
Angle α, β, γ (deg.)	84.695, 80.489, 89.664
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 352 - 813 / Label seq-ID: 6 - 467

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Accumulation associated protein 分子量: 50670.117 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 351-813 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌) 株: ATCC 35984 / RP62A / 遺伝子: aap, SERP2398 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5HKE8
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 550 MME, 10% PEG 20K, 100 mM MOPS/HEPES pH 7 (Morpheus Buffer System 2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.709 Å / Num. obs: 42896 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2.2 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.08 / R_pim(I) all: 0.08 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 4.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.586 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4169 / CC_1/2: 0.764 / R_pim(I) all: 0.586 / R_rim(I) all: 0.829 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
xia2		データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
MOLREP	11.7.03	位相決定
Coot	0.9.8.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7SIE

7sie

解像度: 2.3→39.709 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / WR_factor R_free: 0.254 / WR_factor R_work: 0.204 / SU B: 19.63 / SU ML: 0.226 / Average fsc free: 0.9524 / Average fsc work: 0.9615 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.235 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2426	2120	4.942 %	RANDOM
R_work	0.1975	40775	-	-
all	0.2	-	-	-
obs	-	42895	97.517 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.537 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.365 Å²	0.378 Å²	0.289 Å²
2-	-	-2.534 Å²	-1.177 Å²
3-	-	-	5.386 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.709 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6692	0	4	168	6864

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.011	6871
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5790
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_b	0.056	0.1	47566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.672	9355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.492	1.565	13604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.534	5	908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.264	10	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.058	10	991
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.408	10	304
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	5086
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	3279
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.144	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.2	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.125	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.266	2.919	3637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.266	2.92	3636
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.589	4.373	4539
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.589	4.373	4540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.384	2.966	3234
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.384	2.966	3235
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.649	4.404	4815
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.649	4.403	4816
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.829	99.235	51677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.829	99.248	51663
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.066	0.05	13062

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06635	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06635	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.3-2.36	0.313	154	0.326	2988	0.325	3248	0.896	0.902	96.7365	0.324
2.36-2.424	0.3	146	0.294	2890	0.294	3123	0.934	0.93	97.2142	0.289
2.424-2.494	0.285	152	0.276	2839	0.276	3068	0.944	0.938	97.4902	0.27
2.494-2.57	0.311	127	0.27	2814	0.272	3022	0.926	0.946	97.3197	0.268
2.57-2.654	0.278	147	0.239	2678	0.241	2907	0.954	0.96	97.1792	0.232
2.654-2.747	0.254	125	0.224	2580	0.226	2769	0.961	0.961	97.6887	0.217
2.747-2.85	0.261	125	0.229	2508	0.231	2709	0.952	0.965	97.1945	0.22
2.85-2.966	0.267	151	0.21	2382	0.213	2599	0.956	0.971	97.4606	0.202
2.966-3.097	0.253	131	0.204	2331	0.206	2521	0.955	0.975	97.6597	0.198
3.097-3.247	0.248	97	0.194	2229	0.196	2378	0.96	0.977	97.8133	0.19
3.247-3.422	0.245	117	0.201	2120	0.203	2282	0.961	0.978	98.028	0.197
3.422-3.628	0.255	100	0.2	1993	0.203	2141	0.963	0.977	97.7581	0.202
3.628-3.876	0.253	100	0.181	1902	0.185	2042	0.963	0.981	98.0411	0.184
3.876-4.183	0.197	101	0.152	1755	0.155	1884	0.978	0.983	98.5138	0.159
4.183-4.577	0.188	83	0.138	1581	0.14	1699	0.982	0.989	97.94	0.154
4.577-5.109	0.172	83	0.14	1464	0.142	1582	0.986	0.988	97.7876	0.161
5.109-5.883	0.255	54	0.176	1298	0.179	1377	0.967	0.982	98.1845	0.203
5.883-7.166	0.3	47	0.195	1098	0.198	1177	0.954	0.977	97.2812	0.221
7.166-9.973	0.216	61	0.182	831	0.184	921	0.972	0.979	96.8512	0.211
9.973-39.709	0.252	19	0.188	493	0.19	528	0.962	0.977	96.9697	0.227

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3411	0.1212	-0.1067	3.0757	0.2266	1.7589	0.1243	0.0694	-0.154	0.0228	-0.086	0.0247	0.1495	-0.0188	-0.0383	0.1388	0.0044	-0.0735	0.005	-0.0089	0.0673	-35.6775	13.1951	5.988
2	8.6018	-2.936	1.7565	1.3148	-0.674	0.3765	0.0661	0.5648	0.1923	-0.0657	-0.1401	-0.1982	0.0177	0.0982	0.074	0.5964	0.122	0.0184	0.8258	-0.0837	0.8474	17.1122	-8.5072	-9.4604
3	3.8307	-3.3515	1.165	4.9531	-1.065	2.2017	0.0321	0.0404	0.2307	0.123	-0.0647	1.0318	-0.297	-0.9301	0.0325	0.2828	0.1319	0.0096	0.4846	-0.0027	0.7999	66.9067	-23.9877	-10.4412
4	6.5902	-3.3377	-1.1627	1.7102	0.595	0.2079	0.0412	0.0552	0.5402	-0.0294	0.0656	-0.2684	-0.0026	0.0231	-0.1068	0.379	0.0661	0.0531	0.4634	-0.0068	0.4186	115.7852	-44.949	-12.9768
5	2.0909	0.0528	-0.0647	3.2448	-0.2352	1.7647	0.0765	-0.0488	-0.1288	-0.0411	-0.0778	0.0847	0.1498	0.0685	0.0013	0.1125	-0.0239	-0.0438	0.0298	-0.014	0.0682	24.4168	46.5706	21.8197
6	8.0951	1.5712	-0.3438	2.6683	-0.0081	1.6809	0.0212	0.0072	-0.3312	-0.0786	-0.057	0.3583	0.1254	-0.1796	0.0358	0.4211	0.0013	-0.0129	0.4087	0.078	0.4592	-38.5523	20.1346	36.6455
7	6.6084	2.3751	0.1626	0.9236	0.0585	0.0324	0.2864	-0.4167	0.5973	0.1111	-0.2584	0.0293	0.0024	0.1012	-0.028	0.3287	-0.1137	-0.0169	0.639	0.0924	0.605	-53.1565	17.7811	37.458
8	9.2405	4.6745	-0.9568	2.3755	-0.4774	0.1108	0.3007	-0.3963	-0.0207	0.2068	-0.2253	-0.0483	-0.0304	0.0118	-0.0754	0.3744	-0.0932	0.0196	0.4926	0.0656	0.437	-128.6744	-12.8261	40.6342

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	351 - 612
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	613 - 685
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	A	686 - 737
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	A	738 - 813

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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