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- PDB-8den: Heme-Free Cytochrome Variant ApoCyt -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8den
タイトルHeme-Free Cytochrome Variant ApoCyt
要素Soluble cytochrome b562
キーワードDE NOVO PROTEIN / apo cytochrome b562 / engineered protein
機能・相同性Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / electron transport chain / periplasmic space / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / Soluble cytochrome b562
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Hoffnagle, A.H. / Eng, V.H. / Tezcan, F.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-12948080 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Computationally Guided Redesign of a Heme-free Cytochrome with Native-like Structure and Stability.
著者: Hoffnagle, A.M. / Eng, V.H. / Markel, U. / Tezcan, F.A.
履歴
登録2022年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年10月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562
C: Soluble cytochrome b562
D: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,5774
ポリマ－47,5774
非ポリマー00
水7,566420
1
A: Soluble cytochrome b562
B: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7892
ポリマ－23,7892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10240 Å2
手法PISA
2
C: Soluble cytochrome b562

D: Soluble cytochrome b562


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7892
ポリマ－23,7892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.590, 85.880, 47.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Soluble cytochrome b562 / Cytochrome b-562


分子量: 11894.296 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
遺伝子: cybC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABE7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 22% PEG 2000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月5日
詳細: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→47.53 Å / Num. obs: 37769 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.095 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 1.69→1.72 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.627 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 1569 / CC1/2: 0.731 / Rpim(I) all: 0.279 / Rrim(I) all: 0.689 / Χ2: 0.75 / % possible all: 76.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8DEL

8del


解像度: 1.69→47.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.99
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2166 1986 5.26 %
Rwork0.1843 --
obs0.186 37726 94.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.36 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→47.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3340 0 0 420 3760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00673443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86824663
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.2355507
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056622
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.55061321
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.69-1.740.29641245.40.2746215482
1.74-1.780.28381425.20.2589258295
1.78-1.840.3111465.80.2367236890
1.84-1.890.262813750.2237262597
1.89-1.960.26891515.40.2105262598
1.96-2.040.237813750.2077261997
2.04-2.130.2431475.30.1883261597
2.13-2.250.21161475.40.1815255696
2.25-2.390.23911385.20.1858252494
2.39-2.570.19541455.20.1854264499
2.57-2.830.20461485.40.1928261097
2.83-3.240.21641465.40.1769256495
3.24-4.080.177213650.1527259895
4.08-47.530.18821425.10.1619265697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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