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- PDB-8de5: Structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Paraco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8de5
タイトルStructure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Paracoccidioides lutzii
要素Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase / Paracoccidioides lutzii / Paracoccidioidomycosis / Aldonic Sugar Acid
機能・相同性
機能・相同性情報


glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating) / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / glycolytic process / glucose metabolic process / NAD binding / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
D-galactonic acid / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Paracoccidioides lutzii Pb01 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Hernandez-Prieto, J.H. / Martini, V.P. / Iulek, J.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Other government ブラジル
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2023
タイトル: Structure of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Paracoccidioides lutzii in complex with an aldonic sugar acid.
著者: Hernandez-Prieto, J.H. / Martini, V.P. / Iulek, J.
履歴
登録2022年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,05710
ポリマ－36,5481
非ポリマー1,5089
水7,458414
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,22640
ポリマ－146,1934
非ポリマー6,03336
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_544y+1/2,x-1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation10_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation16_444-y-1/2,-x-1/2,-z-1/21
Buried area25320 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area43700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.713, 118.713, 158.295
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-527-

HOH

21A-898-

HOH

31A-911-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase / GAPDH


分子量: 36548.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccidioides lutzii Pb01 (菌類)
株: ATCC MYA-826 / Pb01 / 遺伝子: GPD, PAAG_08468 / プラスミド: pET-28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8X1X3, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (phosphorylating)

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非ポリマー , 5種, 423分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-J0M / D-galactonic acid / D-galactonate / D-ガラクトン酸


分子量: 196.155 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H12O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 414 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.5 % / 解説: Tetragonal trapezohedral
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3 / 詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 25.5% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→83.94 Å / Num. obs: 37329 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 56.6 % / Biso Wilson estimate: 35.362 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.606 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.611 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.02→2.05 Å / 冗長度: 26.6 % / Rmerge(I) obs: 3.767 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1814 / CC1/2: 0.372 / Rpim(I) all: 0.742 / Rrim(I) all: 3.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALS2.2.11-gad03a188b-releaseデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7U4S

7u4s


解像度: 2.02→83.94 Å / SU ML: 0.2587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.0854
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1964 1936 5.21 %Random selection
Rwork0.1648 35203 --
obs0.1665 37139 99.54 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 49.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→83.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2541 0 98 414 3053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00262731
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56683707
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0469423
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2398997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.02-2.070.40141050.32592469X-RAY DIFFRACTION99.31
2.07-2.130.30711360.31222490X-RAY DIFFRACTION99.7
2.13-2.190.30111280.26032474X-RAY DIFFRACTION99.09
2.19-2.260.28881430.24362483X-RAY DIFFRACTION99.28
2.26-2.340.25341380.23232459X-RAY DIFFRACTION99.12
2.34-2.430.24341370.20512477X-RAY DIFFRACTION99.39
2.43-2.540.24851680.20152494X-RAY DIFFRACTION99.59
2.55-2.680.26391640.20272454X-RAY DIFFRACTION99.35
2.68-2.850.18731630.18962460X-RAY DIFFRACTION99.47
2.85-3.070.18811440.15142516X-RAY DIFFRACTION99.89
3.07-3.380.17721220.142554X-RAY DIFFRACTION99.74
3.38-3.860.1731080.13352580X-RAY DIFFRACTION99.74
3.87-4.870.14371410.1132571X-RAY DIFFRACTION99.89
4.87-83.940.16091390.14582722X-RAY DIFFRACTION99.93
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.677084236769 Å / Origin y: -39.9064479659 Å / Origin z: -24.9261160368 Å
111213212223313233
T0.337340252598 Å20.0699893829886 Å20.00967232545485 Å2-0.31480589726 Å2-0.087588644874 Å2--0.289604130193 Å2
L1.43327444678 °20.911943058606 °20.190300488273 °2-1.77639309556 °20.0982310635953 °2--1.15770807968 °2
S0.062300777178 Å °-0.302768669069 Å °0.426224541774 Å °0.24528468858 Å °-0.165861359954 Å °0.416075678551 Å °-0.170191293332 Å °-0.146765776608 Å °0.0299196251534 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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