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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8de3 | |||||||||
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タイトル | Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in the presence of cocaine | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN / native membrane protein / serotonin transporter / cocaine / pig brain | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 serotonin:sodium:chloride symporter activity / antiporter activity / presynapse / endosome membrane / neuron projection / focal adhesion / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) Sus scrofa (ブタ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Yang, D. / Gouaux, E. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in the presence of cocaine 著者: Yang, D. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8de3.cif.gz | 170.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8de3.ent.gz | 127.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8de3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8de3_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8de3_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8de3_validation.xml.gz | 39 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8de3_validation.cif.gz | 53.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8de3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/de/8de3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27383MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 60778.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1TV69 |
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-抗体 , 2種, 2分子 BC
#2: 抗体 | 分子量: 12980.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
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#3: 抗体 | 分子量: 11776.065 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) 発現宿主: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) |
-糖 , 2種, 2分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#9: 糖 | ChemComp-LMT / |
-非ポリマー , 4種, 6分子
#5: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
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#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-COC / | #8: 化合物 | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in the presence of cocaine タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||
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由来(天然) |
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由来(組換発現) | 生物種: Baculovirus expression vector pFastBac1-HM (ウイルス) | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 243207 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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