PDB-8ddp: Crystal structure of SRS57 from Toxoplasma gondii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ddp

タイトル

Crystal structure of SRS57 from Toxoplasma gondii

要素

SAG-related sequence SRS57

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Surface Antigen Glycoprotein / SAG / Related Sequences / SRS

機能・相同性

Protozoan surface antigen, SAG1 family / SRS domain / SRS domain / SRS domain superfamily / membrane / SAG-related sequence SRS57

機能・相同性情報

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.591 Å

データ登録者

Ramaswamy, R. / Boulanger, M.J.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of SRS29C from Toxoplasma gondii
著者: Ramaswamy, R. / Boulanger, M.J.

履歴

登録	2022年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ddp.cif.gz	79.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ddp.ent.gz	55.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ddp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ddp_validation.pdf.gz	433.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ddp_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
XML形式データ	8ddp_validation.xml.gz	15.1 KB	表示
CIF形式データ	8ddp_validation.cif.gz	22.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/8ddp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/8ddp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kzqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SAG-related sequence SRS57

ヘテロ分子

31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, eluted as a monomer in size exclusion chromatography

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.130, 59.710, 101.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	SAG-related sequence SRS57 分子量: 31226.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ) 株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: SRS57, TGME49_308020 / プラスミド: pAcGP67b / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A125YY85
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月14日詳細: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.59→43.48 Å / Num. obs: 40027 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 21.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.59→1.62 Å / R_merge(I) obs: 0.49 / Num. unique obs: 1927

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1KZQ

1kzq

解像度: 1.591→37.472 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.13 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1912	1950	4.88 %
R_work	0.1693	38011	-
obs	0.1704	39961	99.94 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 68.27 Å² / B_iso mean: 22.9616 Å² / B_iso min: 10.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.591→37.472 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2182	0	6	325	2513
B_iso mean	-	-	29.82	31.5	-
残基数	-	-	-	-	277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2268
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.275	3079
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	407
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.793	840

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
1.591-1.6308	0.2447	153	0.2199	2640
1.6308-1.6749	0.2347	134	0.2082	2669
1.6749-1.7242	0.2739	144	0.1948	2671
1.7242-1.7798	0.2478	142	0.1905	2680
1.7798-1.8434	0.2346	127	0.1809	2696
1.8434-1.9172	0.2255	146	0.1836	2678
1.9172-2.0045	0.2269	134	0.1683	2693
2.0045-2.1102	0.1694	137	0.1581	2699
2.1102-2.2424	0.189	141	0.1644	2695
2.2424-2.4155	0.1914	140	0.1607	2719
2.4155-2.6585	0.192	137	0.1689	2718
2.6585-3.043	0.1896	131	0.1628	2762
3.043-3.8333	0.1609	130	0.1621	2787

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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