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万見
- PDB-8ddb: The N-terminal domain of PA endonuclease from the influenza H1N1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ddb
タイトルThe N-terminal domain of PA endonuclease from the influenza H1N1 viral polymerase in complex with 4-(benzyloxy)-6-bromo-3-hydroxypicolinic acid
要素Polymerase acidic protein
キーワードVIRAL PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / Drug discovery / metal-binding pharmacophore / isosteres / influenza endonuclease / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / Chem-R6X / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kohlbrand, A.J. / Stokes, R.W. / Karges, J. / Seo, H. / Sankaran, B. / Cohen, S.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI149444 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2023
タイトル: Carboxylic Acid Isostere Derivatives of Hydroxypyridinones as Core Scaffolds for Influenza Endonuclease Inhibitors.
著者: Stokes, R.W. / Kohlbrand, A.J. / Seo, H. / Sankaran, B. / Karges, J. / Cohen, S.M.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8666
ポリマ－22,3671
非ポリマー4995
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.228, 76.228, 121.608
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Space group name HallP622(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/3
#3: y,-x+y,z+2/3
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+2/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-435-

HOH

21A-454-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 22367.428 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/California/04/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
株: swl A/California/04/2009 H1N1 / 遺伝子: PA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
参照: UniProt: C3W5S0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 5種, 85分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-R6X / 6-bromo-3-hydroxy-4-oxo-1,4-dihydropyridine-2-carboxylic acid


分子量: 234.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H4BrNO4
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 32% PEG4000, 100 mM Tris, pH 8.35, 200-220 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→66.05 Å / Num. obs: 21524 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25 % / Biso Wilson estimate: 53.93 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/av σ(I): 25.6 / Net I/σ(I): 25.6
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 1.288 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1158 / CC1/2: 0.876 / Rpim(I) all: 0.4 / Rrim(I) all: 1.314 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6E6V

6e6v


解像度: 2.15→58.02 Å / SU ML: 0.284 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.424
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2406 2144 9.96 %
Rwork0.192 19380 -
obs0.1971 21524 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 70.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→58.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1490 0 23 80 1593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00251539
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51132065
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0393216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0046265
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.8333199
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20.37641460.29611295X-RAY DIFFRACTION99.79
2.2-2.260.33141410.29441300X-RAY DIFFRACTION99.93
2.26-2.320.32291440.27971300X-RAY DIFFRACTION99.93
2.32-2.380.24221380.26551298X-RAY DIFFRACTION99.86
2.38-2.460.35681410.24261275X-RAY DIFFRACTION99.93
2.46-2.550.2971460.2641295X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.38571440.25121276X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.770.25361420.25851290X-RAY DIFFRACTION99.93
2.77-2.920.3131450.2421295X-RAY DIFFRACTION99.86
2.92-3.10.29241410.22521291X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.340.27931430.23081294X-RAY DIFFRACTION100
3.34-3.680.28371470.17861296X-RAY DIFFRACTION100
3.68-4.210.1971450.14921289X-RAY DIFFRACTION100
4.21-5.30.18981370.13741290X-RAY DIFFRACTION100
5.3-58.020.18081440.17831296X-RAY DIFFRACTION99.65
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.783413965445.24118913870.5577762137884.2190960345-1.1493605860410.1857402891-0.2345126093141.42975361747-0.912205085236-0.9686985023030.5877368134390.4283519118150.4667388824320.177737926668-0.1853932348940.8358836868890.0741140113454-0.0168990761520.510816780142-0.1703267158780.65448364974129.53521399537.66275822061-20.432413176
26.874325023190.461431583831-1.036011099111.28071824525-0.06678280470392.365020338320.2394229009-0.140546970065-0.02896534724840.303815710289-0.09065826917970.365837878726-0.0529523045344-0.209863612515-0.1295152272610.587895262507-0.001302292203930.04994199178460.3248580750260.007761652845940.44304783711815.267480077813.0452182942-8.10126336644
37.91502014426-0.351670591880.402189351050.840556202943-0.3208245782441.463368820480.173653889945-0.3330436857610.5447484260760.293281745411-0.09716362358390.183800201117-0.16996800769-0.0549928262333-0.08492462300860.652259100731-0.03066904311190.04782342422690.321809636535-0.04358359270530.44416962749625.400035803719.9508555234-2.83078893681
49.63660066575-5.40750872981-4.994554033553.267708430272.657559678082.741436751320.3768205831680.586155799047-0.75812645861-0.00425207931588-0.2332620421730.937149836301-0.4736453995360.418290183379-0.08041611195920.6254570658520.023479711224-0.002456279186030.5682164619190.1093076506890.48577029027836.908042401619.9607610247-15.6305126722
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -1 through 31 )-1 - 311 - 33
22chain 'A' and (resid 32 through 126 )32 - 12634 - 108
33chain 'A' and (resid 127 through 184 )127 - 184109 - 166
44chain 'A' and (resid 185 through 197 )185 - 197167 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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