PDB-8dda: Crystal structure of human aminoadipate semialdehyde synthase (AA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dda

タイトル

Crystal structure of human aminoadipate semialdehyde synthase (AASS), lysine ketoglutarate reductase (LKR) domain

要素

Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) / saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming) activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming) activity / saccharopine dehydrogenase activity / saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-lysine-forming) activity / lysine catabolic process / L-lysine catabolic process to acetyl-CoA via saccharopine / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / Lysine catabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Muniz, J.R.C. / Kopec, J. / Rembeza, E. / Burgess-Brown, N. / Bountra, C. / Yue, W.W.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human aminoadipate semialdehyde synthase (AASS), lysine ketoglutarate reductase (LKR) domain
著者: Muniz, J.R.C. / Kopec, J. / Rembeza, E. / Burgess-Brown, N. / Bountra, C. / Yue, W.W.

履歴

登録	2022年6月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dda.cif.gz	591 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dda.ent.gz	477.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dda.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dda_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dda_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8dda_validation.xml.gz	56.5 KB	表示
CIF形式データ	8dda_validation.cif.gz	78.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/8dda ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/8dda	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2q99S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

C: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

D: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

213 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

C: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

D: Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.045, 80.533, 91.508
Angle α, β, γ (deg.)	77.160, 67.635, 79.425
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Alpha-aminoadipic semialdehyde synthase, mitochondrial / LKR/SDH 分子量: 53138.730 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Lysine-ketoglutarate reductase (LKR) domain, residues 1-476 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AASS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9UDR5, saccharopine dehydrogenase (NADP+, L-lysine-forming), saccharopine dehydrogenase (NAD+, L-glutamate-forming)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG3350 -- 10% ethylene glycol -- 0.2M sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→78.04 Å / Num. obs: 71194 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 2.4 % / CC_1/2: 0.553 / R_merge(I) obs: 0.069 / R_pim(I) all: 0.069 / R_rim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 2.4→2.45 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.898 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 4508 / CC_1/2: 0.553 / R_pim(I) all: 0.898 / R_rim(I) all: 1.269 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2Q99

2q99

解像度: 2.4→78.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 21.638 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.488 / ESU R Free: 0.284 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	3439	4.852 %
R_work	0.2184	67434	-
all	0.22	-	-
obs	-	70873	89.614 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.209 Å²	-0.317 Å²	-0.745 Å²
2-	-	-0.959 Å²	0.253 Å²
3-	-	-	0.429 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→78.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12484	0	10	265	12759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	12786
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	11968
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.429	1.641	17365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.17	1.574	27566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.752	5	1599
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.705	21.963	657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.201	15	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.613	15	84
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	14458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	10585
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	5904
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	5464
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.161	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.135	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.217	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.105	4.55	6420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.105	4.55	6419
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.546	6.812	8005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.546	6.813	8006
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.815	4.712	6366
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.752	4.709	6359
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.989	7.008	9358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.98	7.004	9347
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.656	52.22	13192
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.644	52.201	13164
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.091	0.05	11747
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.091	0.05	11600
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.086	0.05	11798
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.1	0.05	11532
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.085	0.05	11703
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.094	0.05	11472

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.327	256	0.317	5106	X-RAY DIFFRACTION	91.6581
2.462-2.53	0.302	246	0.31	4934	X-RAY DIFFRACTION	90.7021
2.53-2.603	0.342	254	0.3	4670	X-RAY DIFFRACTION	88.9612
2.603-2.683	0.322	216	0.286	4280	X-RAY DIFFRACTION	83.0593
2.683-2.771	0.283	263	0.248	4611	X-RAY DIFFRACTION	94.0927
2.771-2.868	0.287	234	0.239	4484	X-RAY DIFFRACTION	93.5925
2.868-2.976	0.283	201	0.222	4344	X-RAY DIFFRACTION	93.1543
2.976-3.098	0.278	247	0.228	4079	X-RAY DIFFRACTION	92.0817
3.098-3.235	0.27	194	0.222	3896	X-RAY DIFFRACTION	91.4989
3.235-3.393	0.249	191	0.22	3688	X-RAY DIFFRACTION	89.5429
3.393-3.576	0.27	151	0.232	3270	X-RAY DIFFRACTION	84.2818
3.576-3.792	0.339	152	0.319	2932	X-RAY DIFFRACTION	79.546
3.792-4.054	0.235	156	0.196	3159	X-RAY DIFFRACTION	91.1215
4.054-4.378	0.208	140	0.169	2928	X-RAY DIFFRACTION	91.0926
4.378-4.794	0.19	126	0.152	2618	X-RAY DIFFRACTION	88.1465
4.794-5.358	0.2	111	0.162	2279	X-RAY DIFFRACTION	84.0366
5.358-6.182	0.286	107	0.19	2191	X-RAY DIFFRACTION	94.0262
6.182-7.561	0.233	79	0.188	1853	X-RAY DIFFRACTION	91.6074
7.561-10.65	0.201	80	0.181	1281	X-RAY DIFFRACTION	84.2724
10.65-78.04	0.252	35	0.224	830	X-RAY DIFFRACTION	95.0549

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3507	0.08	-0.1565	0.1572	0.0235	0.5766	0.0139	-0.2705	0.1894	0.074	-0.0023	-0.1747	-0.0073	0.0039	-0.0116	0.0824	-0.044	-0.1029	0.1088	-0.0421	0.2617	96.859	49.217	50.992
2	1.4462	0.3368	0.1426	0.4572	-0.0254	0.7954	-0.1294	0.2536	-0.2659	-0.2002	0.1423	-0.1762	0.0852	-0.1641	-0.013	0.1568	-0.0832	-0.0087	0.1125	-0.0674	0.1985	92.473	95.481	16.404
3	2.0427	0.4868	0.0542	0.2013	-0.1383	0.2836	-0.2022	0.48	0.402	-0.0765	0.1654	0.0849	0.0628	-0.0597	0.0368	0.0848	-0.0648	-0.0917	0.2024	0.0938	0.2352	71.176	51.648	24.197
4	0.6846	0.289	0.2209	1.0692	-0.0434	0.4746	0.143	-0.0133	-0.2832	0.4314	-0.1445	-0.3973	0.0846	-0.1116	0.0015	0.2215	-0.1011	-0.2075	0.0704	0.0578	0.3185	104.417	91.826	50.802

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 430
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	2 - 428
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	2 - 427
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	1 - 428

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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