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- PDB-8dd5: Crystal structure of KAT6A in complex with inhibitor CTx-648 (PF-9363) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dd5
タイトルCrystal structure of KAT6A in complex with inhibitor CTx-648 (PF-9363)
要素Histone acetyltransferase KAT6A
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / histone lysine aceyltransferase / Inhibitor complex / Cancer / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3 acetyltransferase activity / myeloid cell differentiation / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / protein acetylation / histone acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / chromosome organization / histone H4K16 acetyltransferase activity ...histone H3 acetyltransferase activity / myeloid cell differentiation / MOZ/MORF histone acetyltransferase complex / regulation of developmental process / regulation of hemopoiesis / protein acetylation / histone acetyltransferase activity / acetyltransferase activity / chromosome organization / histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity / histone H3K122 acetyltransferase activity / histone H3K18 acetyltransferase activity / histone H3K9 acetyltransferase activity / histone H3K14 acetyltransferase activity / histone H4K5 acetyltransferase activity / histone H4K8 acetyltransferase activity / histone H4K12 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / regulation of signal transduction by p53 class mediator / transcription coregulator activity / PML body / cellular senescence / nucleosome / nucleosome assembly / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / nuclear speck / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Linker histone H1/H5, domain H15 ...: / SAM domain-containing protein 1, WH domain / SAMD1-like winged helix (WH) domain profile. / : / MYST, zinc finger domain / MYST family zinc finger domain / Histone acetyltransferase domain, MYST-type / MOZ/SAS family / MYST-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Linker histone H1/H5, domain H15 / Linker histone H1/H5 globular (H15) domain profile. / Domain in histone families 1 and 5 / PHD-finger / Acyl-CoA N-acyltransferase / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-R7L / Histone acetyltransferase KAT6A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Greasley, S.E. / Johnson, E. / Brodsky, O.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Targeting KAT6A/KAT6B dependencies in breast cancer with a novel selective, orally bioavailable KAT6 inhibitor, CTx-648/PF-9363
著者: Sharma, S. / Chung, J. / Uryu, S. / Rickard, A. / Nady, N. / Cao, J. / Greasley, S.E. / Brodsky, O. / Khan, S. / Wang, H. / Wang, Z. / Zhang, Y. / Tsaparikos, K. / Chen, L. / Mazurek, A. / ...著者: Sharma, S. / Chung, J. / Uryu, S. / Rickard, A. / Nady, N. / Cao, J. / Greasley, S.E. / Brodsky, O. / Khan, S. / Wang, H. / Wang, Z. / Zhang, Y. / Tsaparikos, K. / Chen, L. / Mazurek, A. / Lapek, J. / Kung, P.P. / Sutton, S. / Richardson, P.A. / Greenwald, E. / Yamazaki, S. / Jones, R. / Maegley, K. / Bingham, P. / Lam, H. / Stupple, A.E. / Kamal, A. / Chueh, A. / Cuzzupe, A. / Morrow, B. / Ren, B. / Carrasco-Pozo, C. / Tan, T.W. / Bhuva, D. / Allan, E. / Surgenor, E. / Vaillant, F. / Pehlivanoglu, H. / Falk, H. / Whittle, J. / Newman, J.M. / Cursons, J. / Doherty, J.P. / White, K.L. / MacPherson, L. / Devlin, M. / Dennis, M.L. / Hattarki, M.K. / De Silva, M. / Camerino, M.A. / Butler, M.S. / Dolezal, O. / Pilling, P. / Foitzik, R. / Stupple, P.A. / Lagiakos, R. / Walker, S. / Hediyeh-Zadeh, S. / Nuttall, S. / Spall, S. / Charman, S.A. / Connor, T. / Peat, T.S. / Avery, V.M. / Bozikis, Y.E. / Yang, Y. / Zhang, M. / Monahan, B.J. / Voss, A.K. / Thomas, T. / Street, I.P. / Dawson, S.J. / Dawson, M. / Lindeman, G.J. / Davis, M. / Visvader, J.E. / Paul, T.A.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone acetyltransferase KAT6A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2413
ポリマ－33,7311
非ポリマー5102
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.630, 59.630, 209.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Histone acetyltransferase KAT6A / MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 3 / MYST-3 / Monocytic leukemia zinc finger protein / Runt- ...MOZ / YBF2/SAS3 / SAS2 and TIP60 protein 3 / MYST-3 / Monocytic leukemia zinc finger protein / Runt-related transcription factor-binding protein 2 / Zinc finger protein 220


分子量: 33731.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KAT6A, MOZ, MYST3, RUNXBP2, ZNF220
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92794, histone acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-R7L / 2,6-dimethoxy-N-{4-methoxy-6-[(1H-pyrazol-1-yl)methyl]-1,2-benzoxazol-3-yl}benzene-1-sulfonamide


分子量: 444.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N4O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM sodium chloride 100 mM HEPES (pH 6.64) 1.8 M ammonium sulfate
PH範囲: 6.64

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→57.36 Å / Num. obs: 9547 / % possible obs: 92.6 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 91.15 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.58→2.82 Å / 冗長度: 10.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 477 / CC1/2: 0.661 / Rpim(I) all: 0.634 / % possible all: 16.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROCデータ削減
autoPROCデータスケーリング
BUSTER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.58→57.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.896 / SU R Cruickshank DPI: 1.734 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 4.534 / SU Rfree Blow DPI: 0.364 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.363
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 448 4.69 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.233 9546 75.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 156.15 Å2 / Biso mean: 79.44 Å2 / Biso min: 36.73 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9996 Å20 Å20 Å2
2--0.9996 Å20 Å2
3----1.9992 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.43 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→57.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2253 0 51 1 2305
Biso mean--42.18 64.52 -
残基数----272
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d822SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes396HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2367HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion287SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2670SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2367HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3216HARMONIC21.25
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.04
LS精密化 シェル解像度: 2.58→2.81 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3893 16 3.69 %
Rwork0.2599 418 -
all0.2641 434 -
obs--16.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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