PDB-8dcb: RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii in complex with Ni2+ a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dcb

タイトル

RNA ligase RtcB from Pyrococcus horikoshii in complex with Ni2+ and GTP

要素

tRNA-splicing ligase RtcB

キーワード

LIGASE / RtcB / RNA ligase / tRNA splicing / RNA repair

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / RNA ligase (GTP) activity / RNA ligase (ATP) activity / intron homing / intein-mediated protein splicing / tRNA processing / GMP binding / manganese ion binding / endonuclease activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R35-GM126945	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	P30-CA008748	米国

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2022
タイトル: Structures of RNA ligase RtcB in complexes with divalent cations and GTP.
著者: Jacewicz, A. / Dantuluri, S. / Shuman, S.

履歴

登録	2022年6月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dcb.cif.gz	474.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dcb.ent.gz	324.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dcb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8dcb_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dcb_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	8dcb_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	8dcb_validation.cif.gz	48 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/8dcb	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8dc9C 8dcaC 8dcdC 8dcfC 8dcgC 4iszS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#131 - 2010年11月インテイン (Inteins) 類似性 (13) #219 - 2018年3月液胞型ATPアーゼ (Vacuolar ATPase) 類似性 (13)

登録構造単位

A: tRNA-splicing ligase RtcB

B: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

115 kDa, 2 ポリマー
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1

A: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
57.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: tRNA-splicing ligase RtcB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
57.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.241, 137.492, 149.559
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

tRNA-splicing ligase RtcB / 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase / tRNA ligase RtcB

分子量: 55753.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: rtcB, PH1602 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Codon Plus
参照: UniProt: O59245, 3'-phosphate/5'-hydroxy nucleic acid ligase

#2: 多糖

beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose

記述子	タイプ	プログラム
DFrufb2-1DGlcpa	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 37分子

#3: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM NiCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2.0 ...詳細: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM NiCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2.0 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 5 mM NiCl2, 5 mM GTP, 20 %(w/v) sucrose

結晶

マシュー密度: 3.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.16 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: apoenzyme: 0.12 mM protein, 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate soak: 2.1 M ammonium sulfate, 0.2 M lithium sulfate, 10 mM NiCl2, 10 mM GTP soak duration: 60 min cryoprotectant: 2.0 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.4857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.4857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.85 Å / Num. obs: 52086 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 53.1 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_pim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.68 Å / 冗長度: 13.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4421 / CC_1/2: 0.762 / R_pim(I) all: 0.326 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ISZ

4isz

解像度: 2.6→49.52 Å / SU ML: 0.3434 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.4527
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2086	4919	4.97 %
R_work	0.1704	94092	-
obs	0.1723	52016	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 67.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→49.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7534	0	173	17	7724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9688	10619
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0566	1128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0092	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0946	1130

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6-2.63	0.3265	176	0.2654	3115	X-RAY DIFFRACTION	97.98
2.63-2.66	0.2788	127	0.2509	3177	X-RAY DIFFRACTION	99.91
2.66-2.69	0.3204	186	0.2588	3088	X-RAY DIFFRACTION	99
2.69-2.73	0.2631	160	0.2572	3062	X-RAY DIFFRACTION	98.44
2.73-2.76	0.3331	167	0.2847	3154	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.76-2.8	0.3575	190	0.2976	3151	X-RAY DIFFRACTION	98.53
2.8-2.84	0.3152	162	0.2633	3122	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.84-2.88	0.333	175	0.2684	3132	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.88-2.93	0.2496	131	0.2412	3119	X-RAY DIFFRACTION	98.9
2.93-2.98	0.282	161	0.2099	3138	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.98-3.03	0.2286	153	0.2038	3151	X-RAY DIFFRACTION	99.25
3.03-3.08	0.254	162	0.2119	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.14	0.2474	180	0.2096	3129	X-RAY DIFFRACTION	99.19
3.14-3.21	0.2661	197	0.2175	3114	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.21-3.28	0.2802	143	0.2053	3148	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.28-3.35	0.2576	168	0.2143	3124	X-RAY DIFFRACTION	99.94
3.35-3.44	0.2819	188	0.2076	3118	X-RAY DIFFRACTION	99.64
3.44-3.53	0.2621	164	0.1797	3184	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.53-3.63	0.2167	152	0.1679	3075	X-RAY DIFFRACTION	98.09
3.63-3.75	0.2125	158	0.1569	3113	X-RAY DIFFRACTION	99.21
3.75-3.88	0.2119	176	0.1534	3176	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.88-4.04	0.1863	177	0.1448	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.22	0.2245	145	0.1325	3160	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.22-4.45	0.1202	142	0.1272	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
4.45-4.72	0.1545	181	0.1187	3165	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.72-5.09	0.1463	179	0.1321	3133	X-RAY DIFFRACTION	99.94
5.09-5.6	0.1966	173	0.1485	3120	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6-6.41	0.1973	177	0.1638	3144	X-RAY DIFFRACTION	99.97
6.41-8.07	0.1675	136	0.149	3151	X-RAY DIFFRACTION	98.68
8.07-49.52	0.1316	133	0.1541	3160	X-RAY DIFFRACTION	99.43

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.57020804206	0.982773836136	-1.02877253968	1.79899731522	-0.230054881608	4.02637733944	0.125920817467	-0.17059857136	-0.635638172384	-0.134346197571	0.00333969260427	-0.0104336131275	0.562094934848	-0.154465538692	-0.115037328184	0.539619972432	0.000781111814104	-0.0909152668073	0.397611169431	0.108023709986	0.508021773868	5.18849603618	4.18177930396	18.8009085787
2	1.45592084714	0.517489296018	0.51349481848	1.65298234434	0.056513517575	1.21276045435	0.240237117291	-0.888359451302	-0.2305864725	0.43571821234	-0.201574146883	-0.156211405889	0.10582374062	-0.0314362729117	-0.000158959825359	0.497756938504	-0.0604394391568	-0.0749840426327	0.708844626675	0.128928708328	0.399318316845	23.4755751813	20.9797341461	41.8780738181
3	2.47795466562	1.35088796567	0.157949568716	1.99831963893	0.212213714101	1.33110314102	0.17846336455	-0.638286863377	-0.16845324299	0.197552818909	-0.198486184381	0.0391336699068	0.12094147371	-0.190641817004	0.0239425431951	0.471620525645	0.0190843546667	-0.0181770088992	0.57165877151	0.151006476756	0.355769899912	12.2928158523	18.843764887	35.6175605956
4	2.74844525586	1.76137599379	0.10680156679	1.55676343998	0.951467411269	2.0500152196	0.103748303998	-0.255742877764	-0.861522919223	-0.0649401434727	0.130414003283	-0.474814096672	0.428763541645	0.266197940313	-0.244076418552	0.568352179122	0.0504330942956	0.00109345923274	0.518742382915	0.154664593612	0.607527675587	25.6128390999	13.4802775774	23.8800607016
5	3.39193689394	1.29070882724	-0.352890471718	4.82520861024	-0.196648813279	2.51011384049	-0.12079020576	0.783875901224	0.066706016879	-0.515436282682	0.0319961346305	-0.0363675159315	0.250053681706	0.242353100116	0.0990487485398	0.425887091038	0.0353544654873	-0.0312258096023	0.521338757017	0.0623262750543	0.374436156131	55.2378923684	-14.91515999	43.6549978503
6	2.2025761082	0.118167934101	-0.928094218687	0.834802451019	-0.113243442893	1.77513106323	0.200949669555	0.400644046004	1.00721448608	0.102751884072	0.0816450064325	0.335782446219	-0.524650761832	-0.279649642709	-0.295675557349	0.597144599206	0.0591259508147	0.0160189161046	0.494386068736	0.168310377461	0.789540316631	35.8860954107	7.23723904718	60.6581176285
7	3.06859368262	0.447668100368	-1.62973467639	1.51891013666	-0.313295743305	2.45325594825	0.027836328092	0.262015565429	0.575133626396	0.0672613336559	0.0678734607742	0.0286279972284	-0.220915969295	-0.0222342719611	-0.081678722441	0.433858288518	-0.015121539819	-0.104836166448	0.368378397842	0.111008838828	0.480482533247	47.2442670697	1.3585657889	58.2907214899
8	2.34911474883	-0.511417198276	-2.09997545729	2.1632455289	0.279097662255	1.90773497501	-0.0159905185548	1.05427691107	0.0897016542825	-0.268487046659	-0.0480277381511	0.350632639146	0.273247483007	-0.62937452782	0.064646236685	0.567064316372	-0.070525798345	-0.0851860345094	0.649565805954	0.0974208232022	0.494609516599	34.4634382373	-11.0489727793	53.342878578

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 88 )	A	A	1 - 88	1 - 88
2	2	chain 'A' and (resid 89 through 157 )	A	A	89 - 157	89 - 157
3	3	chain 'A' and (resid 158 through 383 )	A	A	158 - 383	158 - 383
4	4	chain 'A' and (resid 384 through 481 )	A	A	384 - 481	384 - 481
5	5	chain 'B' and (resid 1 through 88 )	B	E	1 - 88	1 - 88
6	6	chain 'B' and (resid 89 through 158 )	B	E	89 - 158	89 - 158
7	7	chain 'B' and (resid 159 through 384 )	B	E	159 - 384	159 - 384
8	8	chain 'B' and (resid 385 through 481 )	B	E	385 - 481	385 - 481

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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