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- PDB-8dc1: Structural and biochemical characterization of L. interrogans Lsa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dc1
タイトルStructural and biochemical characterization of L. interrogans Lsa45 reveals a penicillin-binding protein with esterase activity
要素Lsa45
キーワードHYDROLASE / Leptospira / esterase / PBP / Beta-Lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Putative lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Santos, J.C. / Nascimento, A.L.T.O.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)14/50981-0 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2019/17488-2 ブラジル
引用ジャーナル: Process Biochem / 年: 2023
タイトル: Structural and biochemical characterization of Leptospira interrogans Lsa45 reveals a penicillin-binding protein with esterase activity.
著者: Santos, J.C. / Handa, S. / Fernandes, L.G.V. / Bleicher, L. / Gandin, C.A. / de Oliveira-Neto, M. / Ghosh, P. / Nascimento, A.L.T.O.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lsa45
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,96219
ポリマ－38,8291
非ポリマー2,13418
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.141, 74.862, 113.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lsa45


分子量: 38828.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans serovar Copenhageni (バクテリア)
株: Fiocruz L1-130 / 遺伝子: LIC_10731 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72UC8
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Solution consisting of 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, 30% PEG 1500 and 8% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.5499 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月15日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.62→45.22 Å / Num. obs: 48588 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 31.5 % / Biso Wilson estimate: 17.64 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.62→1.65 Å / 冗長度: 20.9 % / Rmerge(I) obs: 2.786 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2223 / CC1/2: 0.524 / Rpim(I) all: 0.619 / Rrim(I) all: 2.858 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.62→41.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.485 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21059 2405 5 %RANDOM
Rwork0.18474 ---
obs0.186 46108 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.489 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.05 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3---1.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.62→41.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2734 0 30 216 2980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0182818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0192753
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3361.8923802
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1092.7136360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6475345
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96622.153144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.40715520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8081519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02630
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7860.6871371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7860.6871370
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3961.0321713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.3951.0321714
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.6531.1811447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.6521.1841448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.7631.5472088
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.59710.0143245
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.5829.5883210
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.662 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 172 -
Rwork0.265 3232 -
obs--96.43 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.354 Å / Origin y: 46.933 Å / Origin z: 81.809 Å
111213212223313233
T0.1089 Å20.0084 Å2-0.0033 Å2-0.0614 Å20.0173 Å2--0.0067 Å2
L1.146 °20.3864 °2-0.6761 °2-1.3542 °2-0.4022 °2--1.5146 °2
S0.0096 Å °-0.0589 Å °-0.0211 Å °0.2417 Å °-0.0257 Å °0.0103 Å °-0.0239 Å °0.0366 Å °0.0161 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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