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万見
- PDB-8dbz: CryoEM structure of Hantavirus ANDV Gn(H) protein complex with 2F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8dbz
タイトルCryoEM structure of Hantavirus ANDV Gn(H) protein complex with 2Fabs ANDV-5 and ANDV-34
要素
  • COV44-79 heavy chain constant domain
  • Fab Fc (L) KappaC
  • Fv (H) ANDV-34
  • Fv (H) ANDV-5
  • Fv (L) ANDV-34
  • Fv (L) ANDV-5
  • Glycoprotein N
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Fab / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / antibacterial humoral response ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / complement activation, classical pathway / antigen binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / antibacterial humoral response / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / blood microparticle / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal ...: / Hantavirus glycoprotein Gn, base / Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / ITAM motif hantavirus type profile. / : / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Andes orthohantavirus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Binshtein, E. / Crowe, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Advanced Research Projects AgencyP3 HR0011-18-2-0001 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Antigenic mapping and functional characterization of human New World hantavirus neutralizing antibodies.
著者: Taylor B Engdahl / Elad Binshtein / Rebecca L Brocato / Natalia A Kuzmina / Lucia M Principe / Steven A Kwilas / Robert K Kim / Nathaniel S Chapman / Monique S Porter / Pablo Guardado-Calvo / ...著者: Taylor B Engdahl / Elad Binshtein / Rebecca L Brocato / Natalia A Kuzmina / Lucia M Principe / Steven A Kwilas / Robert K Kim / Nathaniel S Chapman / Monique S Porter / Pablo Guardado-Calvo / Félix A Rey / Laura S Handal / Summer M Diaz / Irene A Zagol-Ikapitte / Minh H Tran / W Hayes McDonald / Jens Meiler / Joseph X Reidy / Andrew Trivette / Alexander Bukreyev / Jay W Hooper / James E Crowe /
要旨: Hantaviruses are high-priority emerging pathogens carried by rodents and transmitted to humans by aerosolized excreta or, in rare cases, person-to-person contact. While infections in humans are ...Hantaviruses are high-priority emerging pathogens carried by rodents and transmitted to humans by aerosolized excreta or, in rare cases, person-to-person contact. While infections in humans are relatively rare, mortality rates range from 1 to 40% depending on the hantavirus species. There are currently no FDA-approved vaccines or therapeutics for hantaviruses, and the only treatment for infection is supportive care for respiratory or kidney failure. Additionally, the human humoral immune response to hantavirus infection is incompletely understood, especially the location of major antigenic sites on the viral glycoproteins and conserved neutralizing epitopes. Here, we report antigenic mapping and functional characterization for four neutralizing hantavirus antibodies. The broadly neutralizing antibody SNV-53 targets an interface between Gn/Gc, neutralizes through fusion inhibition and cross-protects against the Old World hantavirus species Hantaan virus when administered pre- or post-exposure. Another broad antibody, SNV-24, also neutralizes through fusion inhibition but targets domain I of Gc and demonstrates weak neutralizing activity to authentic hantaviruses. ANDV-specific, neutralizing antibodies (ANDV-5 and ANDV-34) neutralize through attachment blocking and protect against hantavirus cardiopulmonary syndrome (HCPS) in animals but target two different antigenic faces on the head domain of Gn. Determining the antigenic sites for neutralizing antibodies will contribute to further therapeutic development for hantavirus-related diseases and inform the design of new broadly protective hantavirus vaccines.
履歴
登録2022年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein N
D: Fv (H) ANDV-34
E: Fv (L) ANDV-34
B: Fv (H) ANDV-5
C: Fv (L) ANDV-5
F: COV44-79 heavy chain constant domain
G: Fab Fc (L) KappaC
H: COV44-79 heavy chain constant domain
I: Fab Fc (L) KappaC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,3589
ポリマ－135,3589
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 AFH

#1: タンパク質 Glycoprotein N / Gn / Glycoprotein G1


分子量: 38767.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Andes orthohantavirus (ウイルス) / 遺伝子: GP, ADT63_77597gpM, ADT63_77598gpM / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9E006
#6: タンパク質 COV44-79 heavy chain constant domain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain / Immunoglobulin gamma-1 heavy chain NIE


分子量: 10585.920 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 120-222 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOX5

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抗体 , 5種, 6分子 DEBCGI

#2: 抗体 Fv (H) ANDV-34


分子量: 13609.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Fv (L) ANDV-34


分子量: 11912.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Fv (H) ANDV-5


分子量: 14013.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Fv (L) ANDV-5


分子量: 12187.647 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 Fab Fc (L) KappaC


分子量: 11848.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Gn(H) in complex with Fabs ANDV-5 ANDV-34 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4.34 sec. / 電子線照射量: 50.86 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3110

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION4初期オイラー角割当
10RELION4最終オイラー角割当
11RELION4分類
12RELION4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208851 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0038087
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66311050
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.641248
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0461322
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051455

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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