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- PDB-8db5: Crystal structure of the GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8db5
タイトルCrystal structure of the GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase from Campylobacter jejuni, serotype HS:15
要素GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
キーワードISOMERASE / 3 / 5-epimerase / Campylobacter / capsular polysaccharide
機能・相同性dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / cytosol / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Thoden, J.B. / Ghosh, M.K. / Xiang, D.F. / Raushel, F.M. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM139428 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122825 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM134643 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: C3- and C3/C5-Epimerases Required for the Biosynthesis of the Capsular Polysaccharides from Campylobacter jejuni .
著者: Ghosh, M.K. / Xiang, D.F. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. / Raushel, F.M.
履歴
登録2022年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年10月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
B: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
C: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
D: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
E: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
F: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
G: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
H: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,10023
ポリマ－171,3068
非ポリマー3,79415
水18,8261045
1
A: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
B: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7846
ポリマ－42,8272
非ポリマー9574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area15090 Å2
手法PISA
2
C: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
D: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7485
ポリマ－42,8272
非ポリマー9223
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area15000 Å2
手法PISA
3
E: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
F: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7846
ポリマ－42,8272
非ポリマー9574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5370 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
4
G: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
H: GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,7846
ポリマ－42,8272
非ポリマー9574
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area15060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.549, 154.525, 120.506
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
GDP-D-glycero-4-keto-d-lyxo-heptose-3,5-epimerase


分子量: 21413.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: serotype HS:15
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: HS58.11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: A0A0S2CFK0, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1045 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Enzyme pre-incubated with 5 mM GDP; precipitant: 26-28% PEG8000, 100 mM MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 118325 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Rpim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 8051 / Rsym value: 0.389 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7M14

7m14


解像度: 1.9→36.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 4.509 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2357 5910 5 %RANDOM
Rwork0.1889 ---
obs0.1913 112415 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.27 Å2 / Biso mean: 14.664 Å2 / Biso min: 3.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20.01 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→36.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11618 0 231 1045 12894
Biso mean--20.56 21.46 -
残基数----1412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01312243
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01710958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.67116712
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2731.58725501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.53251421
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77823.349639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.057152021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3941548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022609
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 474 -
Rwork0.304 8051 -
all-8525 -
obs--96.85 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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