+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8dal | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The N-terminal domain of PA endonuclease from the influenza H1N1 viral polymerase in complex with 4-(benzyloxy)-6-bromo-3-hydroxypicolinonitrile | ||||||
![]() | Polymerase acidic protein | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / HYDROLASE/INHIBITOR / Drug discovery / metal-binding pharmacophore / isosteres / influenza endonuclease / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | : / Chem-R6O![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kohlbrand, A.J. / Stokes, R.W. / Karges, J. / Seo, H. / Sankaran, B. / Cohen, S.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Carboxylic Acid Isostere Derivatives of Hydroxypyridinones as Core Scaffolds for Influenza Endonuclease Inhibitors. 著者: Stokes, R.W. / Kohlbrand, A.J. / Seo, H. / Sankaran, B. / Karges, J. / Cohen, S.M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 69.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 801.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 802.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7v04C ![]() 8ctfC ![]() 8ddbC ![]() 8ddeC ![]() 8dhnC ![]() 8djvC ![]() 8djyC ![]() 6e6vS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22424.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/California/04/2009(H1N1) / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-R6O / | ||||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 % 解説: Hexagonal shaped crystals typically 50 to 150 microns in size. |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 32% PEG4000, 100 mM Tris, pH 8.35, 200-220 mM sodium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: APEX II CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年12月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40.15 Å / Num. obs: 19468 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 45.54 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 1.368 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1049 / CC1/2: 0.589 / Rpim(I) all: 0.415 / % possible all: 100 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6E6V 解像度: 2.2→40.15 Å / SU ML: 0.3255 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.301 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.45 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.15 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|