PDB-8dae: Arabidopsis thaliana bifunctional dihydrofolate reductase-thymidy...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8dae

タイトル

Arabidopsis thaliana bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 1

キーワード

TRANSFERASE / OXIDOREDUCTASE / apo

機能・相同性

機能・相同性情報

10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / one-carbon metabolic process / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Bond, C.S. / Haywood, J.

資金援助

オーストラリア, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Arabidopsis thaliana bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
著者: Bond, C.S. / Haywood, J.

履歴

登録	2022年6月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8dae.cif.gz	196.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8dae.ent.gz	149.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8dae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8dae_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8dae_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	8dae_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	8dae_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/8dae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/8dae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3i3rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 1

60.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: PISA assembly
241 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.717, 80.717, 181.757
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 1 / DHFR-TS 1 分子量: 60276.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: THY-1, At2g16370, F16F14.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q05762, dihydrofolate reductase, thymidylate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.63 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 35% w/v poly(acrylic acid sodium salt)2100

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→48.381 Å / Num. obs: 41582 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 26.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.2
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / Num. unique obs: 3010 / CC_1/2: 0.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3I3R

3i3r

解像度: 2→48.381 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.074 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	2072	4.99 %
R_work	0.2021	39447	-
all	0.204	-	-
obs	-	41519	99.952 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.554 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.713 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.713 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.426 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→48.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3651	0	0	90	3741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3812
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.015	3511
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.502	1.637	5193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.363	1.577	8078
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.184	5	479
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.531	22.527	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.809	15	604
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.004	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	498
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	896
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	687
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	3127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.313	5.444	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.313	5.442	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.947	8.14	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.946	8.143	2392
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.642	5.645	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.641	5.647	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.79	8.346	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.79	8.346	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.587	61.633	4058
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.586	61.648	4059

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.34	163	0.318	2840	X-RAY DIFFRACTION	99.7674
2.052-2.108	0.326	146	0.302	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.296	142	0.274	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.286	121	0.25	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.296	145	0.229	2559	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.306	138	0.23	2468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.481	0.278	120	0.235	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
2.481-2.582	0.252	143	0.207	2294	X-RAY DIFFRACTION	100
2.582-2.697	0.235	110	0.211	2234	X-RAY DIFFRACTION	100
2.697-2.828	0.25	110	0.218	2127	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.981	0.263	107	0.224	2051	X-RAY DIFFRACTION	100
2.981-3.162	0.291	96	0.226	1930	X-RAY DIFFRACTION	100
3.162-3.38	0.252	101	0.211	1818	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.651	0.242	98	0.21	1695	X-RAY DIFFRACTION	100
3.651-3.999	0.197	61	0.189	1595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.999-4.471	0.188	79	0.147	1438	X-RAY DIFFRACTION	100
4.471-5.162	0.182	60	0.145	1292	X-RAY DIFFRACTION	100
5.162-6.321	0.218	60	0.187	1111	X-RAY DIFFRACTION	100
6.321-8.934	0.259	48	0.205	881	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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