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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d9n | |||||||||
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タイトル | CryoEM structures of bAE1 captured in multiple states. | |||||||||
要素 | Anion exchange protein | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / cryoEM / Band3 / bAE1 (SLC4A1) / anion exchanger / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 monoatomic anion transmembrane transporter activity / solute:inorganic anion antiporter activity / bicarbonate transmembrane transporter activity / regulation of intracellular pH / basolateral plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhekova, H.R. / Wang, W.G. / Jiang, J.S. / Tsirulnikov, K. / Muhammad-Khan, G.H. / Azimov, R. / Abuladze, N. / Kao, L. / Newman, D. / Noskov, S.Y. ...Zhekova, H.R. / Wang, W.G. / Jiang, J.S. / Tsirulnikov, K. / Muhammad-Khan, G.H. / Azimov, R. / Abuladze, N. / Kao, L. / Newman, D. / Noskov, S.Y. / Tieleman, P. / Zhou, Z.H. / Pushkin, A. / Kurtz, I. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: CryoEM structures of anion exchanger 1 capture multiple states of inward- and outward-facing conformations. 著者: Hristina R Zhekova / Jiansen Jiang / Weiguang Wang / Kirill Tsirulnikov / Gülru Kayık / Hanif Muhammad Khan / Rustam Azimov / Natalia Abuladze / Liyo Kao / Debbie Newman / Sergei Yu Noskov ...著者: Hristina R Zhekova / Jiansen Jiang / Weiguang Wang / Kirill Tsirulnikov / Gülru Kayık / Hanif Muhammad Khan / Rustam Azimov / Natalia Abuladze / Liyo Kao / Debbie Newman / Sergei Yu Noskov / D Peter Tieleman / Z Hong Zhou / Alexander Pushkin / Ira Kurtz / 要旨: Anion exchanger 1 (AE1, band 3) is a major membrane protein of red blood cells and plays a key role in acid-base homeostasis, urine acidification, red blood cell shape regulation, and removal of ...Anion exchanger 1 (AE1, band 3) is a major membrane protein of red blood cells and plays a key role in acid-base homeostasis, urine acidification, red blood cell shape regulation, and removal of carbon dioxide during respiration. Though structures of the transmembrane domain (TMD) of three SLC4 transporters, including AE1, have been resolved previously in their outward-facing (OF) state, no mammalian SLC4 structure has been reported in the inward-facing (IF) conformation. Here we present the cryoEM structures of full-length bovine AE1 with its TMD captured in both IF and OF conformations. Remarkably, both IF-IF homodimers and IF-OF heterodimers were detected. The IF structures feature downward movement in the core domain with significant unexpected elongation of TM11. Molecular modeling and structure guided mutagenesis confirmed the functional significance of residues involved in TM11 elongation. Our data provide direct evidence for an elevator-like mechanism of ion transport by an SLC4 family member. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8d9n.cif.gz | 182.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8d9n.ent.gz | 136.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8d9n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8d9n_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8d9n_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8d9n_validation.xml.gz | 32 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8d9n_validation.cif.gz | 46.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/8d9n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d9/8d9n | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 27267MC 8e34C 8eeqC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 104474.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q9XSW5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: band 3 anion transport protein / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: all / 由来: NATURAL | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.104 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 倍率(補正後): 36764 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1400 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 12 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 48 / 利用したフレーム数/画像: 1-48 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Estimated by CTFFIND4. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2635578 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 251871 / クラス平均像の数: 2 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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