ソフトウェア 名称 バージョン 分類 SCALA3.3.22データスケーリング REFMAC5.8.0258精密化 PDB_EXTRACT3.27 データ抽出 XDSデータ削減 MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 6UQV解像度 : 1.49→40.12 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.939 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.931 / SU B : 3.099 / SU ML : 0.056 / SU R Cruickshank DPI : 0.0853 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.085 / ESU R Free : 0.084 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2222 4323 4.9 % RANDOM Rwork 0.1974 - - - obs 0.1986 84446 92.35 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 81.87 Å2 / Biso mean : 25.269 Å2 / Biso min : 10.45 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- 1.99 Å2 -0 Å2 0.55 Å2 2- - -1.08 Å2 -0 Å2 3- - - -1.04 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.49→40.12 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 4448 0 26 486 4960 Biso mean - - 37.35 34.55 - 残基数 - - - - 573
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.016 0.013 4606 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.001 0.017 4161 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.133 1.644 6272 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.637 1.583 9578 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg6.84 5 579 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg30.858 20.536 280 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg14.034 15 679 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg21.607 15 48 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.11 0.2 561 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.013 0.02 5361 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.001 0.02 1083
LS精密化 シェル 解像度 : 1.49→1.529 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.271 260 - Rwork 0.241 5063 - all - 5323 - obs - - 75.45 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.1941 -0.0805 -0.0791 0.6888 0.0725 0.1912 0.0041 -0.0168 -0.0169 -0.0445 0.0103 0.013 -0.0161 -0.0106 -0.0144 0.008 -0.0013 -0.0159 0.0801 -0.0049 0.0751 -14.4074 -0.2141 37.6242 2 0.2052 -0.0307 -0.0129 0.2086 0.2741 0.7385 -0.0417 0.0111 -0.0126 -0.0266 -0.0363 0.0115 -0.0092 -0.0625 0.078 0.108 0.0093 0.0068 0.0404 -0.0128 0.028 -7.9854 -29.3173 -0.1708
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A22 - 501 2 X-RAY DIFFRACTION 2 B21 - 501