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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8d8z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of ChoE N147A mutant in complex with thiocholine and chloride | ||||||
![]() | ChoE | ||||||
![]() | HYDROLASE / esterase | ||||||
機能・相同性 | GDSL lipase/esterase / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase / SGNH hydrolase superfamily / cholinesterase activity / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / extracellular region / 2-(TRIMETHYLAMMONIUM)ETHYL THIOL / ChoE![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pham, V.D. / Shi, R. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of bacterial acetylcholinesterase ChoE provide insights into the plasticity of catalytic Ser in regulating the active site geometry and the functional state of the SGNH hydrolases 著者: Pham, V.D. / Couture, M. / Lortie, L.-A. / Picard, M.-E. / Charette, S. / Levesque, R. / Shi, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 140.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 107.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 45.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31500.266 Da / 分子数: 2 / 変異: N147A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: choE, PA4921 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.13 % / Mosaicity: 0.17 ° |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 8000, 0.1M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月8日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.38→79.968 Å / Num. all: 110159 / Num. obs: 110159 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 3.4 % / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.043 / Rsym value: 0.036 / Net I/av σ(I): 13.7 / Net I/σ(I): 16.6 / Num. measured all: 375233 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6UQV 解像度: 1.38→35.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.276 / SU ML: 0.049 / SU R Cruickshank DPI: 0.0604 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 79.15 Å2 / Biso mean: 19.699 Å2 / Biso min: 8.52 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.38→35.95 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.38→1.416 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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